PDB-5v8k: Homodimeric reaction center of H. modesticaldum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v8k

タイトル

Homodimeric reaction center of H. modesticaldum

要素

p800 reaction center core protein
proteinsubunit pshX

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / reaction center / homodimeric

機能・相同性

機能・相同性情報

thylakoid / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Heliobacterium modesticaldum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Gisriel, C. / Sarrou, I. / Ferlez, B. / Golbeck, J. / Redding, K.E. / Fromme, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Structure of a symmetric photosynthetic reaction center-photosystem.
著者: Gisriel, C. / Sarrou, I. / Ferlez, B. / Golbeck, J.H. / Redding, K.E. / Fromme, R.

履歴

登録	2017年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Structure summary カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / exptl_crystal / exptl_crystal_grow / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _entity.pdbx_description / _exptl_crystal.density_percent_sol / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _struct.pdbx_descriptor
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v8k.cif.gz	502.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v8k.ent.gz	433.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v8k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/5v8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/5v8k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jb0
類似構造データ	6fpo-d 6fpi-d 3ayx-d 3ayz-d 6fpw-d 5a4m-d 6g7r-d 5lry-d 1kee-3 5y34-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (3) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (3) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: p800 reaction center core protein

B: proteinsubunit pshX

ヘテロ分子

97.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: p800 reaction center core protein

B: proteinsubunit pshX

ヘテロ分子

A: p800 reaction center core protein

B: proteinsubunit pshX

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: The [Fe4-S4] cluster is shared between two monomers of the reaction center. The monomer can not make charge separation
196 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.358, 89.714, 111.637
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.15, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1280- HOH

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 4分子 AB

#1: タンパク質	p800 reaction center core protein 分子量: 66920.359 Da / 分子数: 1 / 断片: reaction center protein / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Heliobacterium modesticaldum (バクテリア) 参照: UniProt: Q1MX24
#2: タンパク質・ペプチド	proteinsubunit pshX 分子量: 3053.593 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 13-37 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Heliobacterium modesticaldum (strain ATCC 51547 / Ice1) (バクテリア) 株: ATCC 51547 / Ice1 / 参照: UniProt: B0TAT4
#9: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 8種, 275分子

#3: 化合物	ChemComp-GB0 / Bacteriochlorophyll g' 分子量: 819.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅₀H₅₈MgN₄O₅
#4: 化合物	... ChemComp-GBF / Bacteriochlorophyll g 分子量: 819.324 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₀H₅₈MgN₄O₅
#5: 化合物	ChemComp-AOH / 8(1)-OH-Chlorophyll aF 分子量: 837.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₀H₆₀MgN₄O₆
#6: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#7: 化合物	ChemComp-DGG / 1-[GLYCEROLYLPHOSPHONYL]-2-[8-(2-HEXYL-CYCLOPROPYL)-OCTANAL-1-YL]-3-[HEXADECANAL-1-YL]-GLYCEROL 分子量: 734.981 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₉H₇₅O₁₀P
#8: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 化合物	ChemComp-C4D / 4,4'-Diaponeurosporene / (4E,6E,8E,10E,12E,14E,16E,18E)-2,6,10,15,19,23-hexamethyltetracosa-2,4,6,8,10,12,14,16,18,22-decaene 分子量: 402.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₄₂
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 0.3 mM HbRC, 100 mM Tris-HCl (ph 8.2), 600 mM NH4Cl, 0.02 % b-DDM, up to 1% n-heptyl-b-D-glucopyranoside, up to 20 % PEG 500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.0088 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0088 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→29.1 Å / Num. obs: 61415 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 41.31 Å² / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.48 / % possible all: 89

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	DEV_2450	精密化
Aimless		データスケーリング
BUCCANEER		モデル構築
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
SHELXE		モデル構築

精密化

解像度: 2.2→29.08 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.67 / 詳細: MOLECULAR REPLACEMENT FROM 1JB0 DERIVED MODELS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	2936	4.78 %
R_work	0.158	-	-
obs	0.16	61363	98.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4898	0	1821	239	6958

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	7120
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.57	10091
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.073	3767
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	880
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1077

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2007-2.2368	0.3384	131	0.292	2259	X-RAY DIFFRACTION	81
2.2368-2.2754	0.2773	144	0.2354	2658	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2754-2.3167	0.2447	147	0.2137	2735	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3167-2.3613	0.2327	120	0.1914	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3613-2.4094	0.2478	122	0.1884	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4094-2.4618	0.2158	136	0.1696	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4618-2.519	0.2006	123	0.1593	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.519-2.582	0.1947	157	0.1523	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.582-2.6518	0.1951	141	0.1483	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6518-2.7297	0.1986	153	0.138	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7297-2.8178	0.1728	138	0.1372	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8178-2.9184	0.1799	135	0.1412	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9184-3.0351	0.1997	136	0.1396	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0351-3.1731	0.1831	164	0.1414	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1731-3.3402	0.1744	119	0.1384	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3402-3.5491	0.1644	143	0.138	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5491-3.8226	0.1544	148	0.1362	2809	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8226-4.2062	0.1578	117	0.139	2829	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2062-4.8125	0.1563	151	0.1457	2798	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8125-6.0542	0.2038	160	0.1724	2783	X-RAY DIFFRACTION	98
6.0542-29.0842	0.2267	151	0.1948	2807	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1053	0.1756	0.169	0.9584	0.1111	1.2388	0.1389	-0.2022	-0.2475	0.3145	-0.0744	-0.347	0.1704	0.3106	-0.0435	0.4059	-0.0931	-0.1075	0.5212	0.0866	0.5014	158.6813	80.8766	25.5174
2	1.2159	-0.2931	0.2829	1.0322	-0.007	1.7426	0.2388	-0.576	-0.1002	0.7349	-0.2531	-0.0451	0.0693	0.0832	-0.0334	0.6847	-0.2218	-0.0557	0.6718	0.1002	0.3697	145.9776	82.2399	39.4001
3	1.3312	0.154	0.2272	1.3081	-0.1045	1.347	0.1776	-0.2818	0.0915	0.2027	-0.1746	0.0165	-0.1263	0.086	0.0037	0.3588	-0.0995	0.0063	0.416	0.0181	0.3427	143.247	89.3039	22.7282
4	1.1897	0.0468	-0.0064	2.1293	-0.5326	1.587	0.1317	-0.4052	-0.3483	0.4002	-0.1521	-0.0831	0.2944	-0.1192	-0.0935	0.4583	-0.1462	0.0104	0.5452	0.0744	0.4621	121.6948	70.73	21.8092
5	1.1163	-0.1005	0.1088	0.9312	0.0791	1.2617	0.1433	-0.1425	-0.0867	0.1437	-0.1106	0.0179	0.0696	-0.0388	-0.0344	0.281	-0.0506	0.0085	0.3112	0.0217	0.3346	131.797	82.1867	9.7714
6	1.5852	0.255	0.01	2.058	0.0003	1.3108	0.2647	0.1979	-0.0495	-0.1923	-0.0367	-0.3452	0.0894	0.4244	-0.0224	0.8088	0.0472	0.0195	1.1862	-0.0636	1.2321	159.9803	86.6846	-3.365
7	1.1055	-0.3614	-1.5965	1.8556	0.8627	2.9033	0.1938	-0.0726	-0.2337	0.137	-0.1283	-0.2204	0.3137	0.2908	-0.0455	1.0211	0.0964	-0.0871	0.9757	0.0886	0.973	152.3976	68.7978	0.8115

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 9 THROUGH 145 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 146 THROUGH 232 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 233 THROUGH 299 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 300 THROUGH 352 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 353 THROUGH 608 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 13 THROUGH 31 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 32 THROUGH 37 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)