PDB-5v84: CECR2 in complex with Cpd6 (6-allyl-N,2-dimethyl-7-oxo-N-(1-(1-ph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v84

タイトル

CECR2 in complex with Cpd6 (6-allyl-N,2-dimethyl-7-oxo-N-(1-(1-phenylethyl)piperidin-4-yl)-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridine-4-carboxamide)

要素

Cat eye syndrome critical region protein 2

キーワード

Transcription/Inhibitor / Bromodomain / SBDD / Transcription-Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

CERF complex / neural fold formation / inner ear receptor cell stereocilium organization / cytoskeleton-dependent cytokinesis / apoptotic DNA fragmentation / ATP-dependent chromatin remodeler activity / execution phase of apoptosis / cochlea development / single fertilization / vesicle-mediated transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Murray, J.M. / Kiefer, J.R. / Jayaran, H. / Bellon, S. / Boy, F.

引用

ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2017
タイトル: GNE-886: A Potent and Selective Inhibitor of the Cat Eye Syndrome Chromosome Region Candidate 2 Bromodomain (CECR2).
著者: Crawford, T.D. / Audia, J.E. / Bellon, S. / Burdick, D.J. / Bommi-Reddy, A. / Cote, A. / Cummings, R.T. / Duplessis, M. / Flynn, E.M. / Hewitt, M. / Huang, H.R. / Jayaram, H. / Jiang, Y. / ...

履歴

登録	2017年3月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v84.cif.gz	192.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v84.ent.gz	154.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v84.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5v84_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5v84_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	5v84_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	5v84_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/5v84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/5v84	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nxbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4g59-1 4g59-2 4by5-1 4nlo-d 1khv-2 4nox-d 4nru-2 5lzi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cat eye syndrome critical region protein 2

B: Cat eye syndrome critical region protein 2

C: Cat eye syndrome critical region protein 2

D: Cat eye syndrome critical region protein 2

ヘテロ分子

68.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.184, 116.488, 132.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Cat eye syndrome critical region protein 2 分子量: 16639.842 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 404-518 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CECR2, KIAA1740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BXF3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-96V / N,2-dimethyl-7-oxo-N-{1-[(1S)-1-phenylethyl]piperidin-4-yl}-6-(prop-2-en-1-yl)-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridine-4- carboxamide / 6-allyl-N,2-dimethyl-7-oxo-N-(1-(1-phenylethyl)piperidin-4-yl)-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridine-4-carboxamide 分子量: 432.558 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₃₂N₄O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.2 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.5 M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→43.81 Å / Num. obs: 21604 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 72.81 Å² / R_merge(I) obs: 0.112 / Χ²: 1.036 / Net I/σ(I): 6.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.7-2.8	6.2	0.853	1.008	1	100
2.8-2.91	6.3	0.664	1.058	1	100
2.91-3.04	6.3	0.491	1.066	1	100
3.04-3.2	6.3	0.325	1.051	1	100
3.2-3.4	6.3	0.23	1.046	1	100
3.4-3.66	6.2	0.14	1.052	1	100
3.66-4.03	6.2	0.099	1.004	1	100
4.03-4.62	6.2	0.079	1.012	1	100
4.62-5.81	6.1	0.084	1.05	1	99.9
5.81-50	5.9	0.034	1.013	1	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
BUSTER	2.11.7	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
PHASER		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NXB

3nxb

解像度: 2.7→43.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.381 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.376 / SU R_free Blow DPI: 0.239 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.242

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.222	1108	5.13 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
obs	0.207	21600	98.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 174.89 Å² / B_iso mean: 84.34 Å² / B_iso min: 44.05 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.3199 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.0428 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.2771 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.38 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→43.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3359	0	142	20	3521
B_iso mean	-	-	80.2	60.61	-
残基数	-	-	-	-	406

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1270	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	97	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	506	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	3591	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	422	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	4094	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	3591	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	4832	HARMONIC	2	1.03
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.55
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				21.22

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.83 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	144	5.61 %
R_work	0.244	2422	-
all	0.245	2566	-
obs	-	-	88.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.0681	1.196	-2.2882	7.0348	0.8018	5.7811	-0.3317	-0.0723	-0.8115	-0.0017	0.5185	-0.4052	0.6792	1.1608	-0.1867	0.5828	0.0375	-0.0496	0.6914	-0.6511	1.1301	43.7109	19.5723	30.8739
2	10.5264	-2.835	0.2257	1.986	0.7346	2.2706	-0.0529	1.4843	1.6051	-0.427	0.1357	0.0206	-0.1453	0.4103	-0.0827	0.4848	-0.0796	-0.1049	0.7563	-0.3051	1.1334	36.0025	33.8004	26.2221
3	15.5357	-4.0497	2.2226	0.2026	-0.0149	1.6454	-0.4868	0.0451	1.1286	0.1621	0.1161	-0.0721	-0.2431	0.3705	0.3708	0.5116	-0.0536	-0.1078	0.6624	-0.5768	1.0786	41.8101	34.2269	35.6358
4	3.5201	-2.1784	-1.3454	0.9924	1.6948	8.8303	-0.1032	-0.5111	-0.3111	0.6055	0.1228	0.53	0.1448	0.1189	-0.0196	0.7988	-0.2242	0.2785	0.7526	-0.4751	0.9189	22.9281	3.8613	26.9581
5	0.8779	-4.065	2.6589	2.286	-0.9715	0.0878	0.1624	0.4601	-0.0506	-0.7608	-0.356	0.3482	-1.4449	-0.0362	0.1936	0.6442	-0.1894	0.2318	0.6973	-0.5456	0.6941	22.8723	6.6253	6.815
6	0	-1.4662	1.5238	0.2677	0.8246	3.5981	0.1502	0.4068	-0.6041	0.1145	-0.1769	1.0173	-0.1877	-0.4402	0.0268	0.6032	-0.24	0.4428	0.696	-0.7519	1.1349	14.196	7.8785	17.9068
7	0.0845	1.4186	-2.3728	0	1.8668	8.5489	0.0634	0.1106	-0.9735	0.349	-0.36	0.7452	0.7776	-0.5457	0.2966	0.6063	-0.0972	0.1805	0.6758	-0.5832	1.29	15.0319	-2.3557	16.991
8	4.9334	3.0722	-0.7142	2.6728	-5.8306	7.9428	0.6693	-0.7858	-0.2667	0.5077	0.0343	0.5402	0.3437	0.3222	-0.7036	0.869	-0.151	0.2407	0.6189	-0.405	1.1511	22.552	-5.8468	23.8717
9	8.4468	-1.1326	-0.7997	2.9114	1.0552	5.4823	-0.3648	0.5975	-0.4551	-0.3444	-0.2432	-0.5163	0.974	0.45	0.608	0.585	-0.05	0.1686	0.5548	-0.2859	0.5773	45.3325	7.5304	12.2452
10	5.0762	0.4499	3.1386	7.784	-6.853	8.5788	0.1627	0.378	1.198	0.4052	0.0487	-0.7705	-1.0993	-0.4742	-0.2114	0.7992	0.0393	0.1134	0.5712	-0.1248	0.7553	42.4056	26.8069	9.9959
11	4.7092	1.3355	-2.2761	2.9616	0.9481	0.3348	-0.1803	0.8038	0.0646	-0.2034	0.0194	0.1856	0.1106	-0.6552	0.1609	0.6347	-0.0819	0.095	0.7279	-0.3062	0.4622	38.112	11.4955	10.8976
12	0	1.594	-3.0426	7.65	2.28	3.026	-0.2475	-1.099	-0.1496	0.9419	0.3465	-0.636	0.3999	0.5839	-0.099	0.6846	0.0835	0.0103	0.8342	-0.4556	0.6254	17.8701	26.3439	41.9621
13	0	0.0872	2.168	6.5246	3.1635	4.2967	-0.4396	-0.4131	0.4645	0.1809	-0.118	0.3844	0.1332	-0.661	0.5576	0.3467	-0.1025	0.1015	0.8714	-0.8681	0.9412	5.9078	28.3228	30.1969
14	12.3303	-0.6905	0.1792	4.321	0.9882	0.0959	0.0611	0.5493	-0.4538	-0.0491	-0.1262	-0.0824	0.5381	-0.273	0.0651	0.5043	-0.0943	0.1445	0.5422	-0.4383	0.5997	12.4844	19.5356	27.082
15	9.2045	-1.5073	3.8932	0.1897	0.4681	0.6155	-0.1305	1.2463	0.8906	-0.4397	-0.2461	-0.364	0.3314	0.517	0.3766	0.534	-0.0673	0.064	0.6588	-0.281	0.7176	17.3094	27.7439	24.1521
16	9.1037	-0.7484	6.1193	1.5447	1.4955	5.0622	-0.9121	-0.1836	0.9079	-0.1724	0.305	-0.3767	-0.5992	-0.0405	0.6071	0.5233	-0.0724	0.0185	0.6115	-0.3756	1.0347	15.5953	35.6071	31.7081

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|437 - A\|452 }	A	437 - 452
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|453 - A\|495 }	A	453 - 495
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|496 - A\|538 }	A	496 - 538
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|438 - B\|459 }	B	438 - 459
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ B\|460 - B\|470 }	B	460 - 470
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ B\|471 - B\|495 }	B	471 - 495
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ B\|496 - B\|518 }	B	496 - 518
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ B\|519 - B\|538 }	B	519 - 538
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ C\|437 - C\|464 }	C	437 - 464
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ C\|465 - C\|480 }	C	465 - 480
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ C\|481 - C\|538 }	C	481 - 538
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ D\|438 - D\|452 }	D	438 - 452
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ D\|453 - D\|464 }	D	453 - 464
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ D\|465 - D\|495 }	D	465 - 495
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ D\|496 - D\|518 }	D	496 - 518
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{ D\|519 - D\|538 }	D	519 - 538

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)