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万見
- PDB-5v79: E. coli dihydropteroate synthase complexed with an 8-mercaptoguan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v79
タイトルE. coli dihydropteroate synthase complexed with an 8-mercaptoguanine derivative: 2-((2-amino-9-methyl-6-oxo-6,9-dihydro-1H-purin-8-yl)thio)-N-phenylacetamide
要素Dihydropteroate synthase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / DHPS / complex / pterin site / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dihydropteroate synthase signature 1. / Dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase domain / Dihydropteroate synthase signature 2. / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel ...Dihydropteroate synthase signature 1. / Dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase domain / Dihydropteroate synthase signature 2. / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8Y4 / NITRATE ION / Dihydropteroate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O6:H1 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Dennis, M.L. / Peat, T.S. / Swarbrick, J.D.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2018
タイトル: 8-Mercaptoguanine Derivatives as Inhibitors of Dihydropteroate Synthase.
著者: Dennis, M.L. / Lee, M.D. / Harjani, J.R. / Ahmed, M. / DeBono, A.J. / Pitcher, N.P. / Wang, Z.C. / Chhabra, S. / Barlow, N. / Rahmani, R. / Cleary, B. / Dolezal, O. / Hattarki, M. / Aurelio, ...著者: Dennis, M.L. / Lee, M.D. / Harjani, J.R. / Ahmed, M. / DeBono, A.J. / Pitcher, N.P. / Wang, Z.C. / Chhabra, S. / Barlow, N. / Rahmani, R. / Cleary, B. / Dolezal, O. / Hattarki, M. / Aurelio, L. / Shonberg, J. / Graham, B. / Peat, T.S. / Baell, J.B. / Swarbrick, J.D.
履歴
登録2017年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydropteroate synthase
B: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3776
ポリマ－61,5922
非ポリマー7854
水2,108117
1
A: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2514
ポリマ－30,7961
非ポリマー4543
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1272
ポリマ－30,7961
非ポリマー3301
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Dihydropteroate synthase
B: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子

A: Dihydropteroate synthase
B: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,75412
ポリマ－123,1854
非ポリマー1,5698
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
Buried area7610 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area40510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.364, 85.621, 83.865
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.67, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Dihydropteroate synthase / DHPS / Dihydropteroate pyrophosphorylase


分子量: 30796.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O6:H1 (strain CFT073 / ATCC 700928 / UPEC) (大腸菌)
株: CFT073 / ATCC 700928 / UPEC / 遺伝子: folP, c3933 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AC14, dihydropteroate synthase
#2: 化合物 ChemComp-8Y4 / 2-[(2-amino-9-methyl-6-oxo-6,9-dihydro-1H-purin-8-yl)sulfanyl]-N-phenylacetamide


分子量: 330.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14N6O2S
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 0.248 M magnesium nitrate 20.3 %(w/v) PEG 8000 0.1 M tris chloride, pH 8.8 Protein at 11.1 mg.mL-1 1:1 (150:150 nL) reservoir:protein Ligand soaked into crystal (~4 h, ~2 mM)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→46.3 Å / Num. obs: 29678 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 7.32 % / Rmerge(I) obs: 1.112 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. measured obs: 2754 / CC1/2: 0.865 / Rpim(I) all: 0.447 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AJ2

1aj2


解像度: 2.25→46.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.205 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23162 1465 4.9 %RANDOM
Rwork0.19669 ---
obs0.19846 28201 98.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.806 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.67 Å20 Å21.58 Å2
2--0.23 Å2-0 Å2
3----2.41 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.25→46.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3983 0 54 117 4154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194101
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024033
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4111.9785544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.72439261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5125520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.82724.524168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14815714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0061524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02890
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1963.8372095
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.193.8352094
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5895.7322610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5895.7342611
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3884.1362006
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3884.1372001
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9816.0812929
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.75229.74472
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.75129.6994473
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 100 -
Rwork0.268 2124 -
obs--99.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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