[日本語] English
万見
- PDB-5v6o: Crystal Structure of the highly open channel-stabilized mutant G-... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v6o
タイトルCrystal Structure of the highly open channel-stabilized mutant G-2'I + I9'A of GLIC
要素Proton-gated ion channel
キーワードmembrane protein / metal transport / GLIC / Cys-loop receptors / ion channel / GluCl / ELIC
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain ...Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Proton-gated ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種Gloeobacter violaceus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.121 Å
データ登録者Gonzalez-Gutierrez, G. / Grosman, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01-NS042169 米国
引用ジャーナル: J. Gen. Physiol. / 年: 2017
タイトル: Chasing the open-state structure of pentameric ligand-gated ion channels.
著者: Gonzalez-Gutierrez, G. / Wang, Y. / Cymes, G.D. / Tajkhorshid, E. / Grosman, C.
履歴
登録2017年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Proton-gated ion channel
B: Proton-gated ion channel
D: Proton-gated ion channel
E: Proton-gated ion channel
C: Proton-gated ion channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,74927
ポリマ－177,5255
非ポリマー4,22522
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27010 Å2
ΔGint-260 kcal/mol
Surface area63560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.388, 133.338, 160.312
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.770, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
51chain E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA8 - 323
211chain BB8 - 321
311chain CC8 - 321
411chain DD8 - 321
511chain EE8 - 321

-
要素

#1: タンパク質
Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC


分子量: 35504.910 Da / 分子数: 5 / 断片: unp residues 50-359 / 変異: C27S, K33C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (strain PCC 7421) (バクテリア)
株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#2: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Sodium Acetate 50 mM pH 3.9-4.2 Ammonium Sulfate 200-250 mM PEG 4000 10-12%
PH範囲: 3.9-4.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.121→105.979 Å / Num. obs: 65357 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 66.78 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.186 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 276516
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.121-3.1324.31.090.7640.6021.24899.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EHZ

3ehz


解像度: 3.121→70.443 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2795 3249 4.98 %
Rwork0.2403 --
obs0.2423 65223 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 142.87 Å2 / Biso mean: 67.4838 Å2 / Biso min: 38.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.121→70.443 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12583 0 128 0 12711
Biso mean--82.81 --
残基数----1550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01113029
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.54917776
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0652060
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082208
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3024662
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7322X-RAY DIFFRACTION7.702TORSIONAL
12B7322X-RAY DIFFRACTION7.702TORSIONAL
13C7322X-RAY DIFFRACTION7.702TORSIONAL
14D7322X-RAY DIFFRACTION7.702TORSIONAL
15E7322X-RAY DIFFRACTION7.702TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1212-3.16780.45011510.387827002851100
3.1678-3.21730.43441460.379926462792100
3.2173-3.270.42161390.35952705284499
3.27-3.32640.38481300.34412655278599
3.3264-3.38690.34411430.316527012844100
3.3869-3.45210.33361200.29712688280899
3.4521-3.52250.32351420.284326822824100
3.5225-3.59910.32931560.269627002856100
3.5991-3.68280.34641420.270126372779100
3.6828-3.77490.31421370.260926902827100
3.7749-3.8770.33121300.2527182848100
3.877-3.99110.30681530.240726882841100
3.9911-4.11990.24981580.212126702828100
4.1199-4.26710.22151450.202927072852100
4.2671-4.43790.25551600.205726582818100
4.4379-4.63990.24191280.18127052833100
4.6399-4.88440.2111450.172526822827100
4.8844-5.19040.22061570.17626782835100
5.1904-5.5910.24651680.203627042872100
5.591-6.15330.27781410.217327142855100
6.1533-7.0430.26151320.220627222854100
7.043-8.87070.24251120.22527572869100
8.8707-70.46050.24151140.25772767288198

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る