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万見
- PDB-5v62: Phospho-ERK2 bound to bivalent inhibitor SBP3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v62
タイトルPhospho-ERK2 bound to bivalent inhibitor SBP3
要素
  • Mitogen-activated protein kinase 1
  • Ribosomal protein S6 kinase alpha-1
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / kinase / MAPK / phosphorylation / cancer / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation in response to stress / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / ribosomal protein S6 kinase activity / CREB phosphorylation / hepatocyte proliferation / positive regulation of hepatic stellate cell activation / phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis ...regulation of translation in response to stress / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / ribosomal protein S6 kinase activity / CREB phosphorylation / hepatocyte proliferation / positive regulation of hepatic stellate cell activation / phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / response to epidermal growth factor / ERKs are inactivated / Signaling by MAP2K mutants / Signaling by NODAL / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / negative regulation of TOR signaling / positive regulation of macrophage proliferation / Regulation of the apoptosome activity / outer ear morphogenesis / regulation of cellular pH / regulation of Golgi inheritance / Signaling by LTK in cancer / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / IFNG signaling activates MAPKs / Frs2-mediated activation / positive regulation of macrophage chemotaxis / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / lung morphogenesis / response to exogenous dsRNA / Activation of the AP-1 family of transcription factors / ERK/MAPK targets / regulation of cytoskeleton organization / face development / androgen receptor signaling pathway / pseudopodium / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / : / positive regulation of telomere capping / Recycling pathway of L1 / MAPK1 (ERK2) activation / Bergmann glial cell differentiation / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / thyroid gland development / negative regulation of cell differentiation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / steroid hormone receptor signaling pathway / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / MAP kinase activity / regulation of ossification / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / mitogen-activated protein kinase / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / phosphatase binding / Signal attenuation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / progesterone receptor signaling pathway / Schwann cell development / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Growth hormone receptor signaling / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / phosphotyrosine residue binding / NPAS4 regulates expression of target genes / cellular response to cadmium ion / myelination / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to amino acid starvation / NCAM signaling for neurite out-growth / ESR-mediated signaling / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / : / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Signal transduction by L1 / Regulation of PTEN gene transcription / long-term synaptic potentiation / response to nicotine / peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of cell differentiation / Negative regulation of FGFR2 signaling / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Negative regulation of FGFR3 signaling
類似検索 - 分子機能
Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / : / AGC-kinase, C-terminal ...Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / : / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(hex-5-yn-1-yl)hexanamide / Chem-FRZ / Mitogen-activated protein kinase 1 / Ribosomal protein S6 kinase alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lechtenberg, B.C. / Riedl, S.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA160457 米国
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2017
タイトル: Structure-Guided Strategy for the Development of Potent Bivalent ERK Inhibitors.
著者: Lechtenberg, B.C. / Mace, P.D. / Sessions, E.H. / Williamson, R. / Stalder, R. / Wallez, Y. / Roth, G.P. / Riedl, S.J. / Pasquale, E.B.
履歴
登録2017年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年4月18日Group: Advisory / Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
I: Ribosomal protein S6 kinase alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2999
ポリマ－43,3162
非ポリマー9837
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area17360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.327, 77.888, 152.938
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AI

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK ...MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAPK 2


分子量: 40918.828 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 10-360 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Dual phosphorylated ERK2 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK1, ERK2, PRKM1, PRKM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28482, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein S6 kinase alpha-1 / S6K-alpha-1 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 1 / p90S6K / MAP kinase-activated protein kinase ...S6K-alpha-1 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 1 / p90S6K / MAP kinase-activated protein kinase 1a / MAPKAPK-1a / Ribosomal S6 kinase 1 / RSK-1


分子量: 2396.858 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 713-729 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Bivalent ERK inhibitor / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q15418, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 4種, 262分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-FRZ / 5-(2-PHENYLPYRAZOLO[1,5-A]PYRIDIN-3-YL)-1H-PYRAZOLO[3,4-C]PYRIDAZIN-3-AMINE / FR180204 / FR-180204


分子量: 327.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H13N7
#5: 化合物 ChemComp-AKS / N-(hex-5-yn-1-yl)hexanamide


分子量: 195.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H21NO
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細Ligand AKS links FRZ and azido-lysine (AZK) of peptide inhibitor to form bivalent ERK inhibitor SBP3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-Bicine pH 8.5, 0.02 M each of 1,6-Hexanediol, 1-Butanol, 1,2-Propanediol, 2-Propanol, 1,4-Butanediol, 1,3-Propanediol, 20% v/v PEG550MME, 10% w/v PEG20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→19.79 Å / Num. obs: 40711 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 21.4 / Num. measured all: 266416 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.9-1.946.81.1120.6650.4581.20499.8
8.91-19.795.60.01710.0080.01990.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
Aimless0.3.8データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化解像度: 1.9→19.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / WRfactor Rfree: 0.1908 / WRfactor Rwork: 0.1623 / FOM work R set: 0.8565 / SU B: 6.338 / SU ML: 0.09 / SU R Cruickshank DPI: 0.1222 / SU Rfree: 0.1169 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2033 2030 5 %RANDOM
Rwork0.1709 ---
obs0.1725 38622 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 107.89 Å2 / Biso mean: 41.355 Å2 / Biso min: 22.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.75 Å20 Å20 Å2
2--0.8 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2990 0 30 255 3275
Biso mean--78.3 47.21 -
残基数----367
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193236
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6981.9984390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98137013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0635388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.74723.907151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.01415572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4621522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213541
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02655
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 131 -
Rwork0.275 2792 -
all-2923 -
obs--99.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.86340.2242-0.01390.96060.26921.75570.0396-0.0236-0.04640.19080.0302-0.03830.12950.083-0.06980.05010.0278-0.01030.0438-0.00270.00565.981618.45323.7987
24.2666-0.8045-1.85339.59452.05521.8570.09960.23580.7544-0.2720.2364-0.1917-0.5401-0.021-0.3360.286-0.00250.01670.11270.03230.13447.333436.310714.4722
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 360
2X-RAY DIFFRACTION2I713 - 726

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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