PDB-3rp9: Crystal Structure of the apo MapK from Toxoplasma Gondii, 25.m017...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rp9

タイトル

Crystal Structure of the apo MapK from Toxoplasma Gondii, 25.m01780 or TGME49_007820

要素

Mitogen-activated protein kinase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Wernimont, A.K. / Crombet, L. / Pizarro, J.C. / Crowther, G.J. / Van Voorhis, W.C. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Hui, R. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the apo MapK from Toxoplasma Gondii, 25.m01780 or TGME49_007820
著者: Wernimont, A.K. / Crombet, L. / Pizarro, J.C. / Crowther, G.J. / Van Voorhis, W.C. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Lin, Y.H.

履歴

登録	2011年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rp9.cif.gz	161.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rp9.ent.gz	126.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rp9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/3rp9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/3rp9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nieS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5f84-d 6ter-3 1uby-d 2wlr-d 6x44-1 2ilv-d 5v62-d 4qbj-d 1ubx-d 2fys-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase

ヘテロ分子

52.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.508, 97.454, 48.374
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.920, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase / MapK / MAP kinase 分子量: 52738.086 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 92-548 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 株: ME49 / 遺伝子: 25.m01780, TGME49_007820 / プラスミド: pet15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B6KP12, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 10 mM magnesium chloride, 10 mM TCEP, cryoprotectant: 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 1.00724

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00724 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→33.732 Å / Num. all: 33792 / Num. obs: 17378 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 49.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / Χ²: 1.418 / Net I/σ(I): 12.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.35-2.39	3.2	0.55	2.41	879	1.265	100
2.39-2.43	3.3	0.48	2.78	869	1.196	99.9
2.43-2.48	3.7	0.445		835	1.329	100
2.48-2.53	3.8	0.369		885	1.264	100
2.53-2.59	3.8	0.305		883	1.222	100
2.59-2.65	3.8	0.291		844	1.309	100
2.65-2.71	3.8	0.214		854	1.271	100
2.71-2.79	3.8	0.185		875	1.328	100
2.79-2.87	3.8	0.159		860	1.412	100
2.87-2.96	3.8	0.132		867	1.395	100
2.96-3.07	3.8	0.104		866	1.372	100
3.07-3.19	3.8	0.078		866	1.354	100
3.19-3.33	3.8	0.065		875	1.41	100
3.33-3.51	3.8	0.05		859	1.346	100
3.51-3.73	3.8	0.04		875	1.344	100
3.73-4.02	3.8	0.034		867	1.3	100
4.02-4.42	3.8	0.036		879	1.766	100
4.42-5.06	3.7	0.043		857	2.453	99.8
5.06-6.37	3.7	0.04		885	1.95	99.9
6.37-40	3.6	0.023		898	1.053	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NIE

3nie

解像度: 2.4→33.732 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / WR_factor R_free: 0.2326 / WR_factor R_work: 0.1994 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8228 / SU B: 19.291 / SU ML: 0.203 / SU R Cruickshank DPI: 0.4385 / SU R_free: 0.2533 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.438 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2375	823	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2012	-	-	-
obs	0.2031	16264	99.58 %	-
all	-	16332	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 51.89 Å² / B_iso mean: 48.039 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0 Å²	-0.88 Å²
2-	-	1.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→33.732 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2827	0	5	41	2873

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2961
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.223	1.959	4028
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.86	3	4887
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.271	5	358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.52	23.6	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.347	15	503
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.657	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	452
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3294
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	616
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.486	1.5	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.101	1.5	707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.918	2	2914
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.427	3	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.266	4.5	1114

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.416	62	-
R_work	0.295	1131	-
all	-	1193	-
obs	-	-	99.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1465	-1.1472	5.0831	1.623	-6.0501	24.5976	-0.0843	-0.4046	-0.0152	0.0261	-0.1531	-0.0559	-0.0202	-0.8565	0.2373	0.7326	-0.0989	0.116	0.7932	-0.1167	0.4464	-7.7344	-3.3551	18.742
2	29.4686	-9.909	-4.3813	40.0811	16.8984	7.1333	1.3042	-3.8055	-1.9751	2.4807	-1.4899	0.2069	1.0087	-0.6552	0.1857	0.7433	-0.3136	-0.0863	0.8527	0.1914	0.2221	-10.4021	-8.2689	11.3815
3	2.2642	0.6041	0.5687	2.6974	1.5151	2.3516	0.024	-0.1549	0.0442	0.421	-0.005	0.0571	0.0894	-0.0521	-0.019	0.1008	0.0188	0.0136	0.0863	0.0498	0.0414	-3.0479	-8.9268	-2.4027
4	27.0844	8.7634	0.3665	2.9268	0.0903	0.0147	0.741	-3.067	-1.283	0.2966	-0.7853	-0.4704	0.0032	-0.1003	0.0443	0.3973	-0.0093	-0.0108	0.7054	-0.0308	0.4321	9.1278	-21.8916	-5.7355
5	3.4797	-0.1246	-0.4934	2.987	0.9553	2.9097	-0.0003	-0.0978	-0.4132	0.0684	0.0158	-0.0028	0.5224	0.1124	-0.0155	0.1335	0.0041	-0.0172	0.0916	0.0478	0.0696	-0.9458	-25.9331	-14.21
6	15.4718	-3.2299	-0.749	5.5731	6.2333	7.5874	-0.5104	0.5315	0.8797	-0.0827	0.606	-0.305	-0.1748	0.8278	-0.0956	0.3089	0.1226	0.1019	0.3332	0.0134	0.3354	14.838	-27.2782	-22.9654
7	2.0589	-0.3829	1.0569	2.8136	0.8663	2.8723	0.0711	0.4399	-0.2931	-0.3865	-0.0174	0.0983	0.2736	-0.1044	-0.0537	0.1646	-0.0491	-0.0242	0.2131	-0.0364	0.1178	-7.4234	-22.6312	-23.4401
8	3.0125	0.945	1.2015	2.8167	2.0124	3.9134	-0.0333	0.0651	0.5271	0.0887	0.1996	-0.199	-0.1832	0.4053	-0.1663	0.1639	0.0122	-0.005	0.0732	-0.0075	0.1751	4.4476	1.4939	-2.5166

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	45 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	59 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	79 - 214
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	215 - 248
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	249 - 337
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	338 - 355
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	356 - 401
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	402 - 450

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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