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- PDB-5v5g: OTU protease of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus bound to ub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v5g
タイトルOTU protease of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus bound to ubiquitin variant CC.4
要素
  • RNA-directed RNA polymerase L
  • Ubiquitin variant CC.4
キーワードhydrolase / transferase / Ovarian Tumor Domain protease / deubiquitinase / ubiquitin variant
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / endoplasmic reticulum unfolded protein response / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway ...RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / endoplasmic reticulum unfolded protein response / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, nairovirus / : / Cathepsin B; Chain A - #80 / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile. / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. ...RNA-directed RNA polymerase, nairovirus / : / Cathepsin B; Chain A - #80 / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile. / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Khare, B. / Mark, B.L.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2015-05310 カナダ
Research Manitoba カナダ
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: Potent and selective inhibition of pathogenic viruses by engineered ubiquitin variants.
著者: Zhang, W. / Bailey-Elkin, B.A. / Knaap, R.C.M. / Khare, B. / Dalebout, T.J. / Johnson, G.G. / van Kasteren, P.B. / McLeish, N.J. / Gu, J. / He, W. / Kikkert, M. / Mark, B.L. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2017年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase L
B: Ubiquitin variant CC.4
C: RNA-directed RNA polymerase L
D: Ubiquitin variant CC.4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,69611
ポリマ－66,3794
非ポリマー3177
水3,819212
1
A: RNA-directed RNA polymerase L
B: Ubiquitin variant CC.4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3996
ポリマ－33,1892
非ポリマー2094
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: RNA-directed RNA polymerase L
D: Ubiquitin variant CC.4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2975
ポリマ－33,1892
非ポリマー1083
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.312, 64.312, 277.578
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L / Protein L / Large structural protein / Replicase / Transcriptase


分子量: 21084.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (strain Nigeria/IbAr10200/1970) (ウイルス)
株: Nigeria/IbAr10200/1970 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q6TQR6, ubiquitinyl hydrolase 1, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 Ubiquitin variant CC.4


分子量: 12104.788 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 7.0, 0.2 M sodium chloride and Silver Bullet formulation #G1 (0.16% (w/v) each of 5-Sulfosalicylic acid dehydrate, dodecanedioic acid, hippuric acid, mellitic ...詳細: 25% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 7.0, 0.2 M sodium chloride and Silver Bullet formulation #G1 (0.16% (w/v) each of 5-Sulfosalicylic acid dehydrate, dodecanedioic acid, hippuric acid, mellitic acid, oxalacetic acid, suberic acid and 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.17 Å / Num. obs: 34979 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.927 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2828 / CC1/2: 0.926 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2328: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PT2

3pt2


解像度: 2.1→47.17 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2288 1998 5.73 %
Rwork0.1744 --
obs0.1775 34878 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3878 0 19 212 4109
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013982
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.045387
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8682362
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057599
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007686
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1001-2.15260.33121400.24612307X-RAY DIFFRACTION99
2.1526-2.21080.30371420.21642315X-RAY DIFFRACTION99
2.2108-2.27580.25871390.20892273X-RAY DIFFRACTION99
2.2758-2.34930.2971390.19392287X-RAY DIFFRACTION99
2.3493-2.43320.26391400.18972311X-RAY DIFFRACTION99
2.4332-2.53070.25211430.18042337X-RAY DIFFRACTION100
2.5307-2.64580.25051400.192314X-RAY DIFFRACTION99
2.6458-2.78530.25971430.19092351X-RAY DIFFRACTION99
2.7853-2.95980.28121400.19442326X-RAY DIFFRACTION99
2.9598-3.18830.24981440.19722360X-RAY DIFFRACTION99
3.1883-3.5090.22591430.16792367X-RAY DIFFRACTION99
3.509-4.01660.20131440.15712380X-RAY DIFFRACTION98
4.0166-5.05950.16411460.1362398X-RAY DIFFRACTION98
5.0595-47.18190.22041550.17392554X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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