PDB-5v36: 1.88 Angstrom Resolution Crystal Structure of Glutathione Reducta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v36

タイトル

1.88 Angstrom Resolution Crystal Structure of Glutathione Reductase from Streptococcus mutans UA159 in Complex with FAD

要素

Glutathione reductase

キーワード

HYDROLASE / OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Glutathione Reductase / FAD

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione-disulfide reductase / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / cellular response to oxidative stress / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus mutans serotype c (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.88 Angstrom Resolution Crystal Structure of Glutathione Reductase from Streptococcus mutans UA159 in Complex with FAD.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2017年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	5v36_full_validation.pdf.gz	992.3 KB	表示
XML形式データ	5v36_validation.xml.gz	47.2 KB	表示
CIF形式データ	5v36_validation.cif.gz	72.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/5v36 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/5v36	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5u1oS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5u1o-1 4dna-d 6du7-4 6b4o-1 6du7-2 1grg-1 2wov-1 5grt-1 1gxf-d 5u1o-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP07311

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (8) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (8) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#153 - 2012年9月
ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (8)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (8)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (2)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutathione reductase

B: Glutathione reductase

ヘテロ分子

104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

2

A: Glutathione reductase

B: Glutathione reductase

ヘテロ分子

A: Glutathione reductase

B: Glutathione reductase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
209 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.333, 126.333, 247.876
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質

Glutathione reductase

分子量: 49307.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptococcus mutans serotype c (strain ATCC 700610 / UA159) (バクテリア)
株: ATCC 700610 / UA159 / 遺伝子: gshR, SMU_838 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic
参照: UniProt: Q8DUR5, adenosylhomocysteinase, glutathione-disulfide reductase

#8: 糖

ChemComp-BDF / beta-D-fructopyranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

-
非ポリマー , 7種, 1082分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL 分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1034 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.1 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein: 8.0 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris HCl (pH 8.3), 1.mM FAD; Screen: Classics II (A5), 2M Ammonium sulfate, 0.1 HEPES (pH 7.5); Cryo: 4M Ammonium sulfate : 50% Sucrose (1:1)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月23日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→30 Å / Num. obs: 95700 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.1 % / B_iso Wilson estimate: 27.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.02 / R_sym value: 0.076 / Χ²: 1.003 / Net I/σ(I): 35.2
反射シェル	解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 0.775 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 4685 / CC_1/2: 0.888 / R_pim(I) all: 0.21 / R_sym value: 0.775 / Χ²: 0.997 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5U1O

5u1o

解像度: 1.88→29.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 4.126 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17048	4741	5 %	RANDOM
R_work	0.14286	-	-	-
obs	0.14424	90417	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.111 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.32 Å²	-0.16 Å²	0 Å²
2-	-	-0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.88→29.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6914	0	329	1034	8277

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	7886
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7037
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.377	1.983	10782
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.849	3.001	16353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.865	5	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.838	24.435	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.103	15	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.813	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.023	0.02	8947
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.019	0.02	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.94	1.946	3890
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.939	1.945	3889
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.402	2.913	4950
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.402	2.914	4951
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.838	2.362	3996
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.837	2.362	3996
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.756	3.446	5833
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.924	25.807	9291
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.653	24.678	9006
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.21	338	-
R_work	0.184	6531	-
obs	-	-	99.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7616	0.3063	0.2882	3.1904	0.3726	1.7112	-0.0551	0.213	0.0252	-0.412	-0.0073	-0.0904	0.0554	-0.0011	0.0623	0.1141	-0.0398	-0.0019	0.0961	0.0357	0.0214	15.6827	82.1498	-6.387
2	1.8825	-0.2206	0.8651	0.1514	0.0355	0.7472	-0.0739	0.0104	0.2031	-0.0347	0.0213	-0.0542	-0.1329	-0.0164	0.0526	0.0895	-0.0339	0.0037	0.0721	0.0481	0.1035	40.0923	96.14	11.0238
3	0.7164	0.6175	0.5624	1.2125	0.4414	1.2151	-0.0948	0.0894	0.049	-0.2069	0.0811	0.0546	-0.1131	-0.0874	0.0137	0.0629	-0.0094	-0.0157	0.0817	0.0534	0.0509	15.0242	91.6588	0.6294
4	0.9558	-0.4827	0.1554	0.9255	-0.3011	1.323	0.012	-0.0432	0.1317	0.0351	0.0336	0.0463	-0.2281	-0.0495	-0.0455	0.0645	-0.0227	0.0087	0.0476	0.0104	0.0457	26.8359	101.0937	26.4315
5	0.3487	0.1589	0.1319	0.3088	0.002	0.5583	0.0331	-0.0554	0.0043	-0.0229	-0.0391	0.0513	0.0288	-0.0984	0.0061	0.0405	-0.0235	-0.0163	0.0705	0.0331	0.0456	16.5121	83.1628	13.2792
6	3.1869	2.1729	-0.8146	2.427	-0.1007	0.4984	0.0731	-0.1977	-0.0031	0.1388	-0.0595	-0.0029	0.0191	0.0113	-0.0136	0.0959	-0.0384	-0.0326	0.135	0.0559	0.0519	34.729	77.1085	33.9041
7	0.7396	0.0498	-0.0296	1.079	0.281	0.5262	0.0012	-0.0954	-0.0679	0.0093	-0.0182	-0.0066	0.0494	-0.0226	0.017	0.0547	-0.034	-0.0204	0.082	0.0636	0.0522	37.1495	71.9827	25.7651
8	3.069	0.4066	-0.3863	3.0913	-0.8256	1.7531	-0.0162	-0.2771	0.0854	0.3234	-0.0304	0.0048	-0.0596	0.0622	0.0466	0.0762	0.0105	0.0083	0.0493	0.007	0.0127	59.9056	60.9661	44.5634
9	0.4599	-0.1789	0.038	0.6196	-0.1822	0.2856	-0.0184	-0.0308	0.0626	0.056	0.0061	-0.0376	-0.0041	0.0804	0.0123	0.0364	-0.0139	-0.0001	0.0505	0.0083	0.0309	62.4673	75.9986	30.4177
10	1.1873	0.0869	0.3183	0.6107	0.2242	0.4576	0.0132	0.0217	0.035	-0.0445	0.0269	-0.0142	0.046	0.0048	-0.04	0.0859	-0.0388	0.0048	0.0551	0.0317	0.0459	62.6707	77.0186	10.0167
11	2.1397	-0.1875	0.0037	1.4563	0.008	1.1234	0.0005	0.0344	0.0794	-0.216	-0.0056	-0.0958	0.0955	0.1715	0.005	0.0821	-0.0152	0.0234	0.0732	0.0167	0.0297	75.5707	77.0195	9.2802
12	1.7191	0.2403	0.0359	1.2567	-0.2309	1.1466	-0.0253	0.0491	-0.0742	-0.0956	0.0223	0.0522	0.1463	-0.0131	0.0031	0.0748	0.0083	0.0096	0.039	0.0317	0.0361	57.6502	54.8311	31.0968
13	0.746	0.3431	-0.3789	2.4187	0.051	0.292	-0.0085	0.03	-0.0543	-0.194	-0.0095	-0.041	0.0045	0.0039	0.018	0.0872	-0.0372	-0.0213	0.0641	0.0429	0.0512	44.6142	69.7342	7.574
14	0.7541	0.2927	-0.0494	1.4212	0.1786	0.5522	0.0212	-0.0097	-0.0437	-0.1154	-0.0249	0.0794	0.0296	-0.0433	0.0036	0.0724	-0.0227	-0.024	0.0585	0.0508	0.0578	35.5571	71.1476	13.4778

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 37
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	38 - 98
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	99 - 161
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	162 - 249
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	250 - 360
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	361 - 401
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	402 - 450
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	0 - 37
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	38 - 161
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	162 - 220
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	221 - 263
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	264 - 337
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	338 - 410
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	411 - 450

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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