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万見
- PDB-5v30: Crystal structure of the sensor domain of the transcriptional reg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v30
タイトルCrystal structure of the sensor domain of the transcriptional regulator HcpR from Porphyromonas Gingivalis
要素Transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Beta barrel / Dimerization helix / Transcriptional regulator / Heme binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Transcriptional regulator, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Musayev, F.N. / Belvin, B.R. / Escalante, C.R. / Turner, J. / Lewis, J.P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)1R01DE023304 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)1F31DE025158 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Nitrosative stress sensing in Porphyromonas gingivalis: structure of and heme binding by the transcriptional regulator HcpR.
著者: Belvin, B.R. / Musayev, F.N. / Burgner, J. / Scarsdale, J.N. / Escalante, C.R. / Lewis, J.P.
履歴
登録2017年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年4月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_seq_id / _citation.journal_abbrev ..._atom_site.auth_seq_id / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator
B: Transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9599
ポリマ－34,3022
非ポリマー6577
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area13120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.970, 144.970, 77.965
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
詳細Dimer as determined by native gel electrophoresis

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator


分子量: 17151.102 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 2-155 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
遺伝子: AT291_03060 / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A0A134DM59, UniProt: Q7MVK4*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M Na Acetate (pH 4.5), 1-2-1.4M Ammonium sulfate, 0.2M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年3月24日 / 詳細: Rigaku varimax confocal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→29.93 Å / Num. obs: 14801 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.22 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 3.15→3.26 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Num. unique obs: 1429 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.15→28.994 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.33
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2392 756 5.11 %RANDOM
Rwork0.1948 ---
obs0.1971 14781 99.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→28.994 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2332 0 39 22 2393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012399
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2923229
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.911891
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005405
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.15-3.39290.35841404.860.279274099
3.3929-3.73370.28751505.140.24142769100
3.7337-4.27250.24391414.830.17882781100
4.2725-5.37730.18771755.880.16992805100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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