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- PDB-5v2k: Crystal structure of UDP-glucosyltransferase, UGT74F2 (T15A), wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v2k
タイトルCrystal structure of UDP-glucosyltransferase, UGT74F2 (T15A), with UDP and 2-bromobenzoic acid
要素UDP-glycosyltransferase 74F2
キーワードTRANSFERASE / UDP-glucosyltransferase / Salicylic acid / Salicylic acid glucoside / Salicylic acid glucose ester
機能・相同性
機能・相同性情報


para-aminobenzoic acid metabolic process / salicylic acid glucosyltransferase (ester-forming) activity / salicylic acid glucosyltransferase (glucoside-forming) activity / benzoic acid glucosyltransferase activity / UDP-glucose:4-aminobenzoate acylglucosyltransferase activity / nicotinate-O-glucosyltransferase activity / positive regulation of seed germination / benzoate metabolic process / salicylic acid metabolic process / UDP-glucosyltransferase activity ...para-aminobenzoic acid metabolic process / salicylic acid glucosyltransferase (ester-forming) activity / salicylic acid glucosyltransferase (glucoside-forming) activity / benzoic acid glucosyltransferase activity / UDP-glucose:4-aminobenzoate acylglucosyltransferase activity / nicotinate-O-glucosyltransferase activity / positive regulation of seed germination / benzoate metabolic process / salicylic acid metabolic process / UDP-glucosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-glycosyltransferase family, conserved site / UDP-glycosyltransferases signature. / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-laminaribiose / 2-bromobenzoic acid / beta-D-glucopyranose / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-glycosyltransferase 74F2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.002 Å
データ登録者George Thompson, A.M. / Iancu, C.V. / Dean, J.V. / Choe, J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Differences in salicylic acid glucose conjugations by UGT74F1 and UGT74F2 from Arabidopsis thaliana.
著者: George Thompson, A.M. / Iancu, C.V. / Neet, K.E. / Dean, J.V. / Choe, J.Y.
履歴
登録2017年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glycosyltransferase 74F2
B: UDP-glycosyltransferase 74F2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,83810
ポリマ－101,5832
非ポリマー2,2558
水2,090116
1
A: UDP-glycosyltransferase 74F2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9195
ポリマ－50,7921
非ポリマー1,1284
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UDP-glycosyltransferase 74F2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9195
ポリマ－50,7921
非ポリマー1,1284
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.122, 87.270, 162.674
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 UDP-glycosyltransferase 74F2 / AtSGT1 / Salicylic acid glucosyltransferase 1


分子量: 50791.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: UGT74F2, GT, SAGT1, SGT1, At2g43820, F18O19.7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O22822, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose / beta-laminaribiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗菌剤 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-laminaribiose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5]/1-1/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(1+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 120分子

#4: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#5: 化合物 ChemComp-7WV / 2-bromobenzoic acid / 2-ブロモ安息香酸


分子量: 201.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5BrO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 22-26 % (w/v) PEG 3350. 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97972 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 63121 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 29.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2666: ???)精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5U6M

5u6m


解像度: 2.002→43.927 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 3060 4.85 %
Rwork0.1927 --
obs0.1953 63039 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.002→43.927 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7070 0 136 116 7322
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087392
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91810042
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.9384320
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531124
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061266
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0017-2.03290.32641150.27772508X-RAY DIFFRACTION92
2.0329-2.06630.31261460.26552673X-RAY DIFFRACTION100
2.0663-2.10190.30411240.25072730X-RAY DIFFRACTION100
2.1019-2.14010.27961130.24632720X-RAY DIFFRACTION100
2.1401-2.18130.30641240.24092699X-RAY DIFFRACTION100
2.1813-2.22580.30581350.24092711X-RAY DIFFRACTION100
2.2258-2.27420.2791480.23732696X-RAY DIFFRACTION100
2.2742-2.32710.24251250.21722722X-RAY DIFFRACTION100
2.3271-2.38530.29251510.22922682X-RAY DIFFRACTION100
2.3853-2.44980.32541500.23122699X-RAY DIFFRACTION100
2.4498-2.52190.27941370.2272721X-RAY DIFFRACTION100
2.5219-2.60330.28051500.22682724X-RAY DIFFRACTION100
2.6033-2.69630.25051540.21562699X-RAY DIFFRACTION100
2.6963-2.80420.28521290.23142740X-RAY DIFFRACTION100
2.8042-2.93180.28341510.23532716X-RAY DIFFRACTION100
2.9318-3.08640.31371450.24692734X-RAY DIFFRACTION100
3.0864-3.27970.30491280.2272759X-RAY DIFFRACTION100
3.2797-3.53280.25681190.20862772X-RAY DIFFRACTION100
3.5328-3.88810.2471420.18672767X-RAY DIFFRACTION100
3.8881-4.45030.20031670.15292754X-RAY DIFFRACTION100
4.4503-5.6050.20521490.14342825X-RAY DIFFRACTION100
5.605-43.93710.18451580.1482928X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.1961 Å / Origin y: -8.1763 Å / Origin z: 17.997 Å
111213212223313233
T0.2804 Å2-0.0349 Å2-0.0328 Å2-0.3091 Å2-0.0214 Å2--0.3443 Å2
L0.0529 °2-0.4813 °20.2038 °2-0.6397 °2-0.5716 °2--0.972 °2
S-0.0521 Å °-0.0141 Å °0.0359 Å °0.0179 Å °-0.0151 Å °-0.052 Å °0.1087 Å °-0.0058 Å °0.0672 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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