PDB-5v24: Structure-based drug design of novel ASK1 inhibitors using a full...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v24

タイトル

Structure-based drug design of novel ASK1 inhibitors using a fully integrated lead optimization strategy

要素

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE / METAL-BINDING / APOPTOSIS / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to reactive nitrogen species / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / protein kinase complex / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / programmed necrotic cell death / JUN kinase kinase kinase activity / endothelial cell apoptotic process / positive regulation of p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Dougan, D.R. / Lawson, J.D.

引用

ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2017
タイトル: Structure-based drug design of novel ASK1 inhibitors using an integrated lead optimization strategy.
著者: Gibson, T.S. / Johnson, B. / Fanjul, A. / Halkowycz, P. / Dougan, D.R. / Cole, D. / Swann, S.

履歴

登録	2017年3月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月12日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v24.cif.gz	219.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v24.ent.gz	178.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v24.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5v24_validation.pdf.gz	997.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5v24_full_validation.pdf.gz	1000.8 KB	表示
XML形式データ	5v24_validation.xml.gz	19.8 KB	表示
CIF形式データ	5v24_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/5v24 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/5v24	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5v19C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xih-2 5v19-1 5uor-2 4zs4-1 5os5-d 6xih-1 5v19-2 4bie-1 5up3-2 4bid-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

ヘテロ分子

61.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.610, 78.610, 429.785
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5 / Apoptosis signal-regulating kinase 1 / ASK-1 / MAPK/ERK kinase kinase 5 / MEKK 5 分子量: 30509.900 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 670-940 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K5, ASK1, MAPKKK5, MEKK5 / プラスミド: pEH8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) pLysS 参照: UniProt: Q99683, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物	ChemComp-8V7 / 2-[4-(propan-2-yl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl]-N-(pyridin-2-yl)-1,3-thiazole-4-carboxamide 分子量: 314.366 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₄N₆OS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.84 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 6% polyethylene glycol 2000 MME, 0.1M MES, pH 6.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 28407 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.072 / Χ²: 1.001 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 159982

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	4.8	0.59	0.785	0.295	0.663	0.985	99.9
2.54-2.59	5.3	0.479	0.864	0.23	0.533	1	100
2.59-2.64	5.7	0.405	0.913	0.185	0.447	1.002	100
2.64-2.69	6	0.337	0.949	0.15	0.369	1.012	100
2.69-2.75	6	0.301	0.952	0.134	0.33	1.033	100
2.75-2.82	6	0.232	0.97	0.104	0.254	0.978	100
2.82-2.89	6	0.2	0.982	0.089	0.22	1.006	99.9
2.89-2.96	5.9	0.164	0.984	0.074	0.181	0.994	99.9
2.96-3.05	6	0.136	0.99	0.06	0.149	1.003	100
3.05-3.15	6	0.114	0.992	0.051	0.125	0.982	100
3.15-3.26	5.9	0.091	0.995	0.04	0.1	1	100
3.26-3.39	5.9	0.076	0.996	0.034	0.084	1.004	100
3.39-3.55	5.9	0.065	0.997	0.029	0.072	0.966	100
3.55-3.73	4.8	0.071	0.991	0.036	0.08	1.067	82.1
3.73-3.97	5.8	0.053	0.998	0.024	0.058	0.999	99.9
3.97-4.27	5.7	0.05	0.997	0.022	0.055	0.978	100
4.27-4.7	5.7	0.056	0.997	0.025	0.061	1.002	99.7
4.7-5.38	5.3	0.057	0.996	0.027	0.063	1.02	100
5.38-6.78	5.3	0.056	0.996	0.026	0.062	1.053	99.9
6.78-50	4.9	0.035	0.998	0.017	0.039	0.966	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0135	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 19.141 / SU ML: 0.21 / SU R Cruickshank DPI: 0.3853 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.385 / ESU R Free: 0.268
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2659	1430	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2343	-	-	-
obs	0.2359	26851	98.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 138.12 Å² / B_iso mean: 69.477 Å² / B_iso min: 36.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.57 Å²	0.29 Å²	-0 Å²
2-	-	0.57 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4077	0	44	60	4181
B_iso mean	-	-	46.67	54.43	-
残基数	-	-	-	-	512

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	4221
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4005
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.309	1.984	5689
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.915	3	9264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.953	5	507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.588	24.663	193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.039	15	752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.194	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	604
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4702
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	924

LS精密化シェル

解像度: 2.501→2.566 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.365	95	-
R_work	0.301	1928	-
all	-	2023	-
obs	-	-	99.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.9324	-0.5131	2.4046	2.875	0.0345	4.4145	-0.0797	-0.1724	0.4675	-0.0431	-0.1661	0.1178	-0.0252	-0.3625	0.2458	0.1428	0.0427	0.0376	0.1039	0.0307	0.1051	17.0799	65.789	-14.8992
2	4.3085	0.2422	-0.3361	1.3407	0.583	2.6904	0.1161	0.2055	-0.6365	-0.4542	-0.1838	-0.1163	0.3395	-0.3	0.0677	0.3363	-0.0418	-0.0185	0.2427	0.0638	0.1453	8.7526	56.234	-15.0077
3	1.0661	0.2096	-0.3911	2.1428	-0.2082	2.9494	0.0971	0.0803	-0.1752	0.0104	-0.0954	0.1791	0.1954	-0.5008	-0.0018	0.1341	-0.0947	-0.038	0.1667	0.0509	0.1436	3.8028	54.6411	-0.7274
4	4.501	3.6961	0.7493	3.8859	2.1542	3.6288	-0.1496	0.4714	-0.2477	-0.079	0.1081	-0.0667	0.6514	-0.5464	0.0415	0.4814	-0.1215	-0.1172	0.2574	0.0093	0.1587	2.1039	45.7055	-6.1719
5	6.3743	4.2457	1.7448	4.0195	0.4223	3.1577	0.3189	0.5478	-0.7928	0.2906	-0.1161	-0.0866	1.0151	0.188	-0.2028	0.517	-0.2082	-0.003	0.3933	-0.1145	0.4841	4.5795	39.4748	4.48
6	0.7523	-1.1915	0.3381	2.7806	-0.712	0.206	0.1887	0.4447	0.0931	-0.3837	-0.4127	-1.0401	0.2305	0.1664	0.224	1.0187	0.0541	-0.0367	0.7359	-0.0584	0.9967	16.0171	34.7875	8.0351
7	4.3742	1.1346	2.2642	5.3145	0.2296	2.1397	0.22	-0.2126	-0.1848	0.7221	-0.1917	0.3635	0.609	-0.5833	-0.0282	0.5122	-0.2798	0.0696	0.399	0.0936	0.243	-1.3082	41.266	14.1885
8	4.4743	-1.0337	0.0949	4.0211	-1.3362	2.715	-0.0125	0.2561	-0.0058	-0.5268	-0.0006	0.0731	0.0521	0.0854	0.0132	0.1702	-0.0806	-0.015	0.0692	0.0018	0.0375	-5.132	2.4069	18.0643
9	1.542	0.8559	0.6184	2.0068	0.8542	4.3423	0.0271	0.3142	-0.093	-0.1973	0.0892	-0.2876	-0.0726	0.6316	-0.1164	0.0907	-0.0331	0.0499	0.1816	-0.0159	0.0704	9.4032	7.6423	25.2357
10	2.6234	-0.3855	-0.741	4.0969	0.2333	5.497	-0.0824	0.1691	-0.028	-0.1293	0.0669	-0.208	-0.7099	0.8745	0.0155	0.2657	-0.2841	0.0024	0.3136	-0.0063	0.1288	18.3561	23.4558	28.9575

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	671 - 684
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	685 - 731
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	732 - 817
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	818 - 842
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	843 - 876
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	877 - 897
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	898 - 939
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	670 - 718
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	719 - 842
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	843 - 940

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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