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万見
- PDB-5v1e: Suboptimization of a glycine rich peptide allows the combinatoria... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v1e
タイトルSuboptimization of a glycine rich peptide allows the combinatorial space exploration for designing novel antimicrobial peptides
要素Guavanin 2
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / antibacterial / helix.
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR
データ登録者Alves, E.S.F. / Matos, C.O.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: In silico optimization of a guava antimicrobial peptide enables combinatorial exploration for peptide design.
著者: Porto, W.F. / Irazazabal, L. / Alves, E.S.F. / Ribeiro, S.M. / Matos, C.O. / Pires, A.S. / Fensterseifer, I.C.M. / Miranda, V.J. / Haney, E.F. / Humblot, V. / Torres, M.D.T. / Hancock, R.E.W. ...著者: Porto, W.F. / Irazazabal, L. / Alves, E.S.F. / Ribeiro, S.M. / Matos, C.O. / Pires, A.S. / Fensterseifer, I.C.M. / Miranda, V.J. / Haney, E.F. / Humblot, V. / Torres, M.D.T. / Hancock, R.E.W. / Liao, L.M. / Ladram, A. / Lu, T.K. / de la Fuente-Nunez, C. / Franco, O.L.
履歴
登録2017年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guavanin 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,6481
ポリマ－2,6481
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Guavanin 2


分子量: 2648.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Peptide derived from the guava peptide Pg-AMP1, by means of genetic algorithm
由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
121isotropic12D 1H-1H NOESY
131isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 100 mM dodecylphosphocholine, 5 % D2O, 1 mM peptide, 5 % sodium 2,2-dimethyl-2-silapentane-5-sulfonate, 90 % H2O, 90% H2O/10% D2O
Label: guavanin 2 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
100 mMdodecylphosphocholinenatural abundance1
5 %D2Onatural abundance1
1 mMpeptidenatural abundance1
5 %sodium 2,2-dimethyl-2-silapentane-5-sulfonatenatural abundance1
90 %H2Onatural abundance1
試料状態詳細: The NMR sample were prepared by dissolving guavanin 2 in a micellar solution containing 100 mM of deuterated dodecylphosphocholine (DPC-d38), and 5% D2O at 1 mM concentration.
イオン強度: 0.01 Not defined / Label: conditions_1 / pH: 4 / 圧: 1 atm / 温度: 289 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
X-PLOR NIH2.28Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIH2.28Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
QUEENNabuurs, Spronk, Krieger, Maassen, Vriend and Vuisterデータ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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