PDB-5v0x: Crystal structure of glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v0x

タイトル

Crystal structure of glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase from Plasmodium vivax in complex with inhibitor IMP-0001114

要素

Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / SSGCID / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / N-myristoyltransferase / NMT / Plasmodium vival / Salvador I / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase from Plasmodium vivax in complex with inhibitor IMP-0001114
著者: Mayclin, S.J. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v0x.cif.gz	503.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v0x.ent.gz	408.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v0x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5v0x_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5v0x_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	5v0x_validation.xml.gz	52.5 KB	表示
CIF形式データ	5v0x_validation.cif.gz	77.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/5v0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/5v0x	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4b14S 5v0w S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ynd-2 4ufx-2 3mz0-d 6nxg-2 3jtk-1 6nxg-1 6maz-1 6mb1-1 5o4v-2 4ufv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-PlviB.18219.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

C: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

148 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.200, 118.010, 173.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 分子量: 47250.945 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア病原虫) 遺伝子: PVC01_130042700, PVP01_1336100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A1G4HIY1, UniProt: A5K1A2*PLUS, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

#1: タンパク質

Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

分子量: 47250.945 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)
遺伝子: PVC01_130042700, PVP01_1336100 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A1G4HIY1, UniProt: A5K1A2*PLUS, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 1017分子

#2: 化合物	ChemComp-MYA / TETRADECANOYL-COA / MYRISTOYL-COA / ミリストイルCoA 分子量: 977.890 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₆₂N₇O₁₇P₃S
#3: 化合物	ChemComp-8RD / {4-[2-(5-fluoro-2-{3-[(methylamino)methyl][1,2,4]triazolo[4,3-a]pyridin-6-yl}phenoxy)ethyl]-1,5-dimethyl-1H-pyrazol-3-yl}(morpholin-4-yl)methanone 分子量: 507.560 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₃₀FN₇O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 991 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 22% PEG 3350, 200 mM Ammonium Sulfate, 100 mM BisTris pH 5.5, 0.5mM IMP-0001114, 0.5mM myristoyl CoA: protein conc 12.53mg/mL: hdg0-1

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→48.808 Å / Num. obs: 69068 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.103 % / B_iso Wilson estimate: 16.83 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.128 / R_rim(I) all: 0.148 / Χ²: 1.017 / Net I/σ(I): 11.25

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.15	3.873	0.447	3.74	4904	0.824	0.519	97
2.15-2.21	4.18	0.423	4.31	4932	0.85	0.487	99.2
2.21-2.28	4.169	0.381	4.73	4806	0.881	0.439	99.8
2.28-2.35	4.18	0.337	5.31	4629	0.908	0.389	99.4
2.35-2.42	4.183	0.298	5.89	4524	0.926	0.343	99.4
2.42-2.51	4.179	0.277	6.2	4387	0.938	0.319	99.6
2.51-2.6	4.156	0.248	6.98	4235	0.946	0.286	99.6
2.6-2.71	4.166	0.219	7.75	4089	0.953	0.253	99.9
2.71-2.83	4.163	0.189	8.84	3918	0.962	0.218	99.7
2.83-2.97	4.15	0.162	10.18	3741	0.972	0.187	99.8
2.97-3.13	4.119	0.127	12.56	3576	0.982	0.147	99.7
3.13-3.32	4.088	0.097	15.54	3398	0.989	0.112	99.5
3.32-3.55	4.062	0.082	17.87	3205	0.991	0.095	99.4
3.55-3.83	4.039	0.069	20.44	2981	0.993	0.08	99.2
3.83-4.2	4.035	0.057	23.33	2724	0.995	0.067	99
4.2-4.7	4.046	0.047	26.27	2506	0.996	0.055	98.8
4.7-5.42	4.063	0.049	24.56	2205	0.996	0.057	99.1
5.42-6.64	4.028	0.063	18.91	1919	0.995	0.073	99.8
6.64-9.39	3.949	0.039	25.7	1517	0.998	0.046	99.8
9.39-50	3.665	0.029	31.36	872	0.999	0.034	97.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4b14

4b14

解像度: 2.1→48.808 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.56

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2212	1977	2.86 %
R_work	0.1626	-	-
obs	0.1643	69063	99.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.66 Å² / B_iso mean: 19.8306 Å² / B_iso min: 0.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→48.808 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9311	0	388	1002	10701
B_iso mean	-	-	24.44	27.26	-
残基数	-	-	-	-	1143

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9972
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.909	13586
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1457
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1670
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.868	5834

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.1525	0.2624	138	0.2007	4601	4739	97
2.1525-2.2107	0.2566	155	0.1859	4703	4858	99
2.2107-2.2758	0.2319	121	0.1768	4778	4899	100
2.2758-2.3492	0.2325	144	0.1738	4719	4863	99
2.3492-2.4332	0.2474	143	0.1711	4727	4870	99
2.4332-2.5306	0.2896	160	0.1762	4771	4931	100
2.5306-2.6458	0.2454	131	0.177	4754	4885	100
2.6458-2.7853	0.2182	143	0.167	4796	4939	100
2.7853-2.9598	0.2898	157	0.1787	4780	4937	100
2.9598-3.1882	0.2064	128	0.1679	4836	4964	100
3.1882-3.509	0.2201	131	0.158	4802	4933	99
3.509-4.0166	0.1849	144	0.1356	4821	4965	99
4.0166-5.0596	0.1567	139	0.1247	4893	5032	99
5.0596-48.8207	0.2063	143	0.1761	5105	5248	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1438	-0.0428	-0.4015	1.061	0.0318	0.7029	-0.0347	-0.0142	-0.0308	-0.0285	0.0024	0.1038	0.0234	-0.0998	0.0414	0.0902	-0.0063	-0.0065	0.1136	-0.0086	0.1023	-7.6227	-71.3194	-13.979
2	2.2001	0.6422	-0.178	0.7671	-0.2241	0.5026	-0.0326	-0.1537	0.085	0.035	0.0059	0.0207	-0.0275	-0.0775	0.0113	0.107	0.0158	-0.0025	0.1067	-0.0192	0.0713	-3.6075	-62.6273	-7.2695
3	3.4304	1.1546	1.0444	2.4177	1.889	1.9765	-0.0215	0.2306	-0.1855	-0.1833	0.1098	0.0888	0.079	0.2042	-0.121	0.0897	0.0186	0.0108	0.1573	-0.025	0.111	44.4105	-33.3154	-25.7602
4	0.8571	-0.2551	-0.1561	1.2396	0.2992	0.4911	0.0008	-0.0169	0.0872	0.0511	0.0217	-0.1134	-0.024	0.0353	-0.0306	0.0918	-0.0128	-0.0097	0.1139	-0.0011	0.0962	36.4503	-19.0293	-12.2471
5	0.724	0.0852	0.0614	0.4446	-0.0578	0.1772	-0.0171	0.1069	0.0405	-0.048	-0.0024	0.0916	-0.0269	0.0028	0.0114	0.1322	0.0002	-0.0025	0.1343	0.0138	0.108	12.0458	-16.8339	-27.983
6	1.8953	-0.1023	-0.1086	1.9253	0.222	1.8863	-0.0377	-0.1685	-0.2263	0.1421	0.0245	0.0787	0.1103	-0.0364	0.0137	0.0943	-0.0061	-0.0019	0.1009	0.0204	0.107	17.7632	-33.5277	-11.9891
7	1.5104	0.3285	-0.1332	1.5999	0.1306	1.0744	0.014	0.0422	0.0213	-0.0198	-0.0329	0.073	-0.01	-0.0421	-0.0017	0.0747	0.0093	-0.0041	0.0933	0.0127	0.0736	11.7528	-22.3499	-21.8352
8	3.1623	-0.3832	1.0112	0.9923	-0.6344	2.0254	0.0497	0.1033	-0.2206	-0.1205	-0.0309	0.1671	0.0005	0.0634	-0.0306	0.0961	-0.0134	-0.0018	0.0778	-0.026	0.0917	30.8727	-31.3508	-25.5628
9	2.988	1.0496	1.084	2.7049	1.4568	3.1016	-0.006	-0.2777	0.2484	0.0748	-0.1158	0.0602	-0.2227	0.0703	0.0836	0.0997	0.0047	0.0263	0.1715	-0.016	0.131	-5.1924	-41.6735	-39.3126
10	1.7981	0.2169	0.2467	0.7085	-0.3342	0.8561	-0.0226	0.2134	-0.0588	-0.1066	-0.0041	-0.0156	0.0373	-0.024	0.0296	0.1062	0.0133	0.0046	0.1341	-0.0155	0.0933	2.6077	-47.5346	-58.0761
11	0.4649	0.3686	0.3193	0.6545	-0.1492	0.2639	-0.0528	0.0257	0.1328	-0.0533	0.0205	-0.0739	-0.0726	0.0649	0.0079	0.1309	-0.0116	0.0101	0.1181	0.0097	0.1323	27.5535	-32.2202	-53.2042
12	1.9733	-0.1889	-0.0522	2.3549	0.0049	2.079	0.0596	0.0458	-0.3997	0.0191	-0.0953	-0.0979	0.0454	-0.045	0.0033	0.0776	-0.0181	-0.0131	0.1424	0.0186	0.1568	21.2599	-54.2127	-45.428
13	1.893	-0.0265	0.2775	0.5352	0.1834	0.9873	-0.0214	0.0095	-0.0441	-0.0787	0.0525	-0.091	0.0267	0.0255	-0.0383	0.0974	-0.0029	0.0196	0.1047	0.0049	0.1271	28.3469	-43.2081	-52.1952
14	3.8178	0.5002	-1.0464	0.2887	-0.2506	0.7409	0.0555	-0.1316	0.0856	-0.0041	-0.0907	0.0131	-0.0906	0.043	0.0064	0.1121	-0.0066	-0.0026	0.0825	-0.0074	0.0785	17.4935	-37.5533	-45.2577
15	2.0837	-1.3529	0.246	2.9462	-0.6223	0.4907	-0.1426	0.0858	0.2433	0.1895	-0.0019	-0.0892	-0.2376	-0.0556	0.1351	0.1214	-0.0461	-0.0326	0.1124	-0.0066	0.1842	23.7905	-58.2962	-12.4993
16	1.1401	0.0319	-0.1246	0.7718	-0.1179	0.7053	-0.009	-0.0605	-0.0911	0.0348	0.0065	0.0004	0.0877	-0.016	0.0057	0.0956	0.0061	-0.0091	0.1032	-0.0089	0.1043	15.4708	-77.608	-8.7559
17	0.5951	-0.3596	0.3006	0.3868	0.0653	0.4444	-0.1281	-0.1643	-0.1047	0.1221	0.0582	0.0424	0.0633	0.0011	0.0452	0.1969	0.0355	0.0427	0.1678	-0.0277	0.1349	-3.6479	-65.1728	3.6168

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 246 through 331 )	C	246 - 331
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 332 through 410 )	C	332 - 410
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 26 through 59 )	A	26 - 59
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 60 through 198 )	A	60 - 198
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 199 through 257 )	A	199 - 257
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 258 through 296 )	A	258 - 296
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 297 through 386 )	A	297 - 386
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 387 through 410 )	A	387 - 410
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 26 through 59 )	B	26 - 59
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 60 through 198 )	B	60 - 198
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 199 through 257 )	B	199 - 257
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 258 through 296 )	B	258 - 296
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 297 through 358 )	B	297 - 358
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 359 through 410 )	B	359 - 410
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 26 through 59 )	C	26 - 59
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 60 through 198 )	C	60 - 198
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 199 through 245 )	C	199 - 245

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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