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- PDB-5v0n: BACE1 in complex with inhibitor 5g -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v0n
タイトルBACE1 in complex with inhibitor 5g
要素Beta-secretase 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / BACE1-inhibitor complex / Memapsin 2 / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / multivesicular body / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / response to lead ion / trans-Golgi network / recycling endosome / protein processing / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to amyloid-beta / late endosome / synaptic vesicle / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / lysosome / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / endosome membrane / endosome / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8W4 / UREA / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.155 Å
データ登録者Mesecar, A. / Ghosh, A. / Yen, Y.-C.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2017
タイトル: Design, synthesis, and X-ray structural studies of BACE-1 inhibitors containing substituted 2-oxopiperazines as P1'-P2' ligands.
著者: Ghosh, A.K. / Brindisi, M. / Yen, Y.C. / Cardenas, E.L. / Ella-Menye, J.R. / Kumaragurubaran, N. / Huang, X. / Tang, J. / Mesecar, A.D.
履歴
登録2017年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
B: Beta-secretase 1
C: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,75920
ポリマ－146,5173
非ポリマー3,24217
水12,340685
1
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8456
ポリマ－48,8391
非ポリマー1,0065
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0338
ポリマ－48,8391
非ポリマー1,1947
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8816
ポリマ－48,8391
非ポリマー1,0425
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.040, 103.545, 99.765
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2


分子量: 48838.926 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 14-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2

-
非ポリマー , 5種, 702分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-8W4 / N-{(1S,2S)-1-[(2S)-4-benzyl-3-oxopiperazin-2-yl]-1-hydroxy-3-phenylpropan-2-yl}-7-ethyl-1,3,3-trimethyl-2,2-dioxo-1,2,3,4-tetrahydro-2lambda~6~-[1,2,5]thiadiazepino[3,4,5-hi]indole-9-carboxamide


分子量: 657.822 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H43N5O5S
#4: 化合物 ChemComp-URE / UREA / 尿素


分子量: 60.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2O
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 685 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.07 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M MgSO4, 0.1 M Na citrate (pH varied from 5.0 to 6.0) and 14 % to 20 % PEG4000
PH範囲: 5.0-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→103.54 Å / Num. obs: 86932 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.433 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 12672 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.22:21/07/13データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SGZ

1sgz


解像度: 2.155→40.475 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2023 1999 2.3 %1999
Rwork0.1611 ---
obs0.162 86883 99.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.155→40.475 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8820 0 210 685 9715
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0149266
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.44712599
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3633265
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081603
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1546-2.20850.2811430.23466061X-RAY DIFFRACTION100
2.2085-2.26820.24471410.21356016X-RAY DIFFRACTION100
2.2682-2.33490.25491440.19886064X-RAY DIFFRACTION100
2.3349-2.41030.28991430.2066082X-RAY DIFFRACTION100
2.4103-2.49640.2571430.2036071X-RAY DIFFRACTION100
2.4964-2.59630.24051420.1926031X-RAY DIFFRACTION100
2.5963-2.71450.2641430.19196084X-RAY DIFFRACTION100
2.7145-2.85760.2361430.18646048X-RAY DIFFRACTION100
2.8576-3.03650.25351430.17656096X-RAY DIFFRACTION100
3.0365-3.27090.19131420.16956067X-RAY DIFFRACTION100
3.2709-3.59990.19161420.15026065X-RAY DIFFRACTION100
3.5999-4.12040.18131440.1366066X-RAY DIFFRACTION99
4.1204-5.18950.14721420.12136052X-RAY DIFFRACTION99
5.1895-40.48220.17481440.15346081X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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