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- PDB-4dh6: Structure of Bace-1 (Beta-Secretase) in Complex with (2R)-N-((2S,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dh6
タイトルStructure of Bace-1 (Beta-Secretase) in Complex with (2R)-N-((2S,3R)-1-(benzo[d][1,3]dioxol-5-yl)-3-hydroxy-4-((S)-6'-neopentyl-3',4'-dihydrospiro[cyclobutane-1,2'-pyrano[2,3-b]pyridine]-4'-ylamino)butan-2-yl)-2-methoxypropanamide
要素Beta-secretase 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Bace-1 / Beta-Secretase / Aspartyl protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / prepulse inhibition / cellular response to copper ion / multivesicular body / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / protein serine/threonine kinase binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / trans-Golgi network / response to lead ion / recycling endosome / protein processing / cellular response to amyloid-beta / late endosome / synaptic vesicle / peptidase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / lysosome / endosome membrane / endosome / Amyloid fiber formation / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0KN / IODIDE ION / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sickmier, E.A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Design and preparation of a potent series of hydroxyethylamine containing beta-secretase inhibitors that demonstrate robust reduction of central beta-amyloid.
著者: Weiss, M.M. / Williamson, T. / Babu-Khan, S. / Bartberger, M.D. / Brown, J. / Chen, K. / Cheng, Y. / Citron, M. / Croghan, M.D. / Dineen, T.A. / Esmay, J. / Graceffa, R.F. / Harried, S.S. / ...著者: Weiss, M.M. / Williamson, T. / Babu-Khan, S. / Bartberger, M.D. / Brown, J. / Chen, K. / Cheng, Y. / Citron, M. / Croghan, M.D. / Dineen, T.A. / Esmay, J. / Graceffa, R.F. / Harried, S.S. / Hickman, D. / Hitchcock, S.A. / Horne, D.B. / Huang, H. / Imbeah-Ampiah, R. / Judd, T. / Kaller, M.R. / Kreiman, C.R. / La, D.S. / Li, V. / Lopez, P. / Louie, S. / Monenschein, H. / Nguyen, T.T. / Pennington, L.D. / Rattan, C. / San Miguel, T. / Sickmier, E.A. / Wahl, R.C. / Wen, P.H. / Wood, S. / Xue, Q. / Yang, B.H. / Patel, V.F. / Zhong, W.
履歴
登録2012年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,57612
ポリマ－45,8221
非ポリマー1,75311
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.694, 103.694, 168.866
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta- ...Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2


分子量: 45822.445 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 43-453 / 変異: R-5K, R-4K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-0KN / (2R)-N-[(2S,3R)-1-(1,3-benzodioxol-5-yl)-4-{[(4'S)-6'-(2,2-dimethylpropyl)-3',4'-dihydrospiro[cyclobutane-1,2'-pyrano[2,3-b]pyridin]-4'-yl]amino}-3-hydroxybutan-2-yl]-2-methoxypropanamide / (2R)-N-((2S,3R)-1-(benzo[d][1,3]dioxol-5-yl)-3-hydroxy-4-((S)-6'-neopentyl-3',4'-dihydrospiro[cyclobutane-1,2'-pyrano[2,3-b]pyridine]-4'-ylamino)butan-2-yl)-2-methoxypropanamide


分子量: 553.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H43N3O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 20 % (w/v) PEG 5000 monomethylethyl ether (MME), 200 mM sodium citrate (pH 6.6) and 200 mM sodium iodide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.000036 Å
検出器日付: 2009年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000036 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 19204 / Num. obs: 19204 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.033 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.5911.40.37418430.89198.8
2.59-2.6911.50.318600.923198.7
2.69-2.8211.40.24218780.952198.8
2.82-2.9611.50.17518731.026198.9
2.96-3.1511.50.12718871.054199.2
3.15-3.3911.50.09718931.095199.3
3.39-3.7311.50.0719281.103199.6
3.73-4.2711.50.05419361.015199.6
4.27-5.3811.40.04619881.113199.8
5.38-3010.60.03921181.143199.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / WRfactor Rfree: 0.2634 / WRfactor Rwork: 0.2185 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.7987 / SU B: 8.678 / SU ML: 0.195 / SU R Cruickshank DPI: 0.4618 / SU Rfree: 0.2966 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.462 / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2706 1949 10.2 %RANDOM
Rwork0.2263 ---
obs0.2308 19077 99.03 %-
all-19077 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 440 Å2 / Biso mean: 40.5371 Å2 / Biso min: 14.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å2-0.09 Å20 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2898 0 60 88 3046
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.023028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1681.9644115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2415363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.25623.723137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.85715475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.9381517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212301
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 136 -
Rwork0.292 1051 -
all-1187 -
obs--98.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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