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- PDB-5v0c: Crystal structure of human exonuclease 1 Exo1 (WT) in complex wit... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5v0c | |||||||||
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Title | Crystal structure of human exonuclease 1 Exo1 (WT) in complex with 5' flap DNA (f2I) | |||||||||
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![]() | HYDROLASE/DNA / ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Shi, Y. / Beese, L.S. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Interplay of catalysis, fidelity, threading, and processivity in the exo- and endonucleolytic reactions of human exonuclease I. Authors: Shi, Y. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 177.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 138.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5uzvC ![]() 5v04C ![]() 5v05C ![]() 5v06C ![]() 5v07C ![]() 5v08C ![]() 5v09C ![]() 5v0aC ![]() 5v0bC ![]() 5v0dC ![]() 5v0eC ![]() 3qeaS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 40354.762 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 1-352 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9UQ84, ![]() |
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#2: DNA chain | Mass: 3926.573 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#3: DNA chain | Mass: 3662.404 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#4: Chemical | ChemComp-NA / |
#5: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.76 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 100 mM sodium acetate, pH 7.0, 10 mM potassium chloride, 2-4% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 23, 2015 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.58→50 Å / Num. obs: 28650 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 3.74 % / CC1/2: 0.877 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 19.82 |
Reflection shell | Resolution: 2.58→2.73 Å / Redundancy: 3.74 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4605 / Rrim(I) all: 0.662 / % possible all: 99.5 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB entry 3QEA Resolution: 2.58→46.331 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.24 / Phase error: 30.48
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.58→46.331 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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