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- PDB-5v04: Crystal structure of human exonuclease 1 Exo1 (WT) in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v04
タイトルCrystal structure of human exonuclease 1 Exo1 (WT) in complex with 5' recessed-end DNA (rII)
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*G)-3')
  • Exonuclease 1
キーワードHYDROLASE/DNA / exonuclease / endonuclease / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / flap endonuclease activity / t-circle formation / 5'-flap endonuclease activity / DNA double-strand break processing / 5'-3' exonuclease activity / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / isotype switching / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) ...double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / flap endonuclease activity / t-circle formation / 5'-flap endonuclease activity / DNA double-strand break processing / 5'-3' exonuclease activity / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / isotype switching / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / exonuclease activity / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / 5'-3' DNA exonuclease activity / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / mismatch repair / meiotic cell cycle / HDR through Homologous Recombination (HRR) / G2/M DNA damage checkpoint / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / Processing of DNA double-strand break ends / DNA recombination / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nuclear body / DNA repair / chromatin binding / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Exonuclease 1-like, PIN-like domain / Exonuclease-1, H3TH domain / XPG protein signature 2. / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region ...Exonuclease 1-like, PIN-like domain / Exonuclease-1, H3TH domain / XPG protein signature 2. / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region / Xeroderma pigmentosum G N-region / 5'-nuclease / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Exonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Shi, Y. / Beese, L.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM091487 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P01 CA092584 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Interplay of catalysis, fidelity, threading, and processivity in the exo- and endonucleolytic reactions of human exonuclease I.
著者: Shi, Y. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S.
履歴
登録2017年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Z: Exonuclease 1
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*AP*T)-3')
B: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3744
ポリマ－47,3513
非ポリマー231
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.815, 73.815, 180.947
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Exonuclease 1 / hExo1 / Exonuclease I / hExoI


分子量: 40354.762 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-352 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXO1, EXOI, HEX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UQ84, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*AP*T)-3')


分子量: 3951.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3045.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.74 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM sodium acetate, pH 7.0, 10 mM potassium chloride, 2-4% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月14日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 15277 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.87 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 26.65
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.655 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / Num. unique obs: 707 / Rrim(I) all: 0.708 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1839精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3QEA

3qea


解像度: 2.65→38.57 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2558 1232 8.1 %
Rwork0.2292 --
obs0.2314 15206 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→38.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2739 468 1 51 3259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033307
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5354554
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.821278
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022513
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002505
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6483-2.75430.37741270.35661499X-RAY DIFFRACTION99
2.7543-2.87960.36441360.34471517X-RAY DIFFRACTION100
2.8796-3.03140.39891340.31171519X-RAY DIFFRACTION100
3.0314-3.22120.29641370.29741532X-RAY DIFFRACTION100
3.2212-3.46980.2531370.26171534X-RAY DIFFRACTION100
3.4698-3.81870.26821330.24811542X-RAY DIFFRACTION100
3.8187-4.37060.23521390.23141565X-RAY DIFFRACTION99
4.3706-5.50390.24971420.20911580X-RAY DIFFRACTION99
5.5039-38.57410.22851470.18651686X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.63781.3095-0.99570.8219-0.56313.61221.9672-0.8940.68470.14250.75861.38261.92331.97520.41951.6440.5567-0.01241.2770.33761.6568-24.303246.5895-19.1515
21.11151.3423-0.79786.4004-1.3120.50972.585-0.4314-0.56873.0035-0.88723.06491.043-0.92450.16142.59230.065-0.72511.27690.60031.674-27.595630.2577-8.7199
30.45680.03780.18040.09990.15260.2108-0.50120.7445-1.02780.34190.99620.42510.3573.76310.01051.7960.5994-0.211.97450.40871.6819-19.778233.0451-8.6747
44.92140.78770.97690.10420.40770.45982.03661.53750.72570.7366-1.18820.76560.4148-0.38421.66061.75640.1168-0.17410.93310.64121.7608-30.819743.1266-19.6054
50.73230.0401-0.17840.8258-0.15440.01590.4445-0.2509-0.1051-1.276-0.87340.752-1.0434-2.051-00.88470.0623-0.01041.0193-0.10130.9158-13.901737.8387-18.9997
61.74740.96152.14461.1775-0.85790.51760.05250.4349-0.24650.25470.2414-0.73330.56290.1831-00.87510.1244-0.06570.892-0.24750.919-2.178422.2444-14.9009
70.12-0.02290.07160.146-0.23840.12561.4968-0.14940.2827-2.2238-0.1718-0.3627-0.58590.671201.0794-0.01560.14550.6909-0.0440.8246-13.150625.4058-1.9671
80.17480.0205-0.00780.033-0.31860.2746-0.483-0.0957-0.47210.1538-0.40360.26012.3147-1.2717-01.1602-0.10750.11911.25510.00961.2148-22.335719.93956.3968
90.5312-0.46590.50480.2743-0.94960.4064-0.36960.0492-1.3407-0.281-0.2270.71641.72330.398701.36760.0832-0.02550.8877-0.11431.0394-7.940915.2999-4.1608
10-0.09490.3108-0.03730.38970.0528-0.01290.1178-1.155-1.3081-0.5874-0.0420.5325-0.79390.2637-00.928-0.0224-0.0850.8946-0.07820.8172-2.054725.7893-0.4936
111.3472-0.1264-0.81160.11850.01980.5667-0.1774-1.6405-0.44141.26220.73480.9069-0.62231.55460.00591.0203-0.07030.11180.5445-0.13641.4564-9.223742.58724.8558
120.4865-0.74480.26130.2257-1.681.3431-0.39270.0683-1.11060.91490.31610.8416-0.3856-0.2349-0.00051.19980.19220.30131.248-0.16882.272-28.150334.08296.827
130.4939-0.3962-0.92310.29030.28091.45062.6432-3.19042.67041.3082-0.29992.7082-2.17760.3070.28690.820.71480.0180.34430.72822.0908-29.325126.36090.9956
14-0.11850.2124-0.05030.8203-0.49270.203-1.1458-1.72040.97532.11781.3518-0.56110.80830.822601.13180.2607-0.00460.7658-0.05030.9502-6.194520.66556.8833
15-0.28390.5916-0.09680.642-1.44811.03320.331-0.16640.27030.19960.1642-0.1529-0.36030.500500.81280.0282-0.02550.8472-0.11340.89691.160232.5866-2.3849
16-0.0528-1.24950.12990.5028-0.80271.1421-0.19330.2296-0.14990.37810.2764-0.0316-0.22520.749700.71030.0992-0.04840.6912-0.12080.8893-4.626632.3765-11.7061
17-0.075-0.33830.47590.8631-0.60230.13880.60960.2884-0.754-0.2552-0.6343-0.07470.1326-0.6339-00.9556-0.0166-0.13360.7978-0.18470.8709-10.141921.4034-15.207
183.5609-0.1855-0.55362.65350.03471.14650.24540.38250.0046-0.5256-0.2019-0.061-0.2917-0.24201.00140.12130.03210.7801-0.10270.6751-6.451144.0879-17.739
191.8267-2.4922-0.28381.46150.20010.36381.151.0555-0.287-0.6969-1.1120.1531-1.07660.2839-01.50170.10130.01950.803-0.05430.9155-9.6855.1776-18.6078
20-0.1317-0.41850.0869-0.05280.0720.1747-0.90830.21530.54970.1862-0.83410.58540.61340.4101.24850.0038-0.1151.0250.02531.2333-14.70261.5995-16.6803
210.5917-0.94861.3879-1.17290.50553.1122-0.0637-0.1972-0.04090.485-0.04080.1825-1.07480.5769-00.7896-0.0723-0.01380.7964-0.10240.80441.225344.2897-1.8768
220.1948-0.31740.22410.51490.08740.0871-0.2813-0.58032.00620.44150.5519-1.298-0.9131.2522-01.1592-0.2325-0.00540.9768-0.18281.39656.006352.9379-0.8634
23-0.5938-0.54920.68351.1268-0.47021.93220.3233-0.49770.50151.1998-0.16940.1208-0.2417-0.0104-01.107-0.0919-0.04541.0212-0.09790.85670.312435.410912.2626
240.15680.1297-0.0026-0.11040.0865-0.05110.44160.2341-1.93060.3449-1.5591-0.0488-1.037-1.107-01.03050.1572-0.21.20580.17121.15367.385320.566912.2303
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:5)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 6:11)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 1:4)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 5:10)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain Z and resid 2:12)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain Z and resid 13:31)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain Z and resid 32:36)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain Z and resid 37:53)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain Z and resid 54:71)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain Z and resid 72:79)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain Z and resid 80:85)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain Z and resid 86:111)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain Z and resid 112:124)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain Z and resid 125:142)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain Z and resid 143:164)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain Z and resid 165:184)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain Z and resid 185:195)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain Z and resid 196:229)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain Z and resid 230:255)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain Z and resid 256:270)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain Z and resid 271:300)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain Z and resid 301:310)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain Z and resid 311:338)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain Z and resid 339:346)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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