PDB-5uzx: Crystal Structure of Putative short-chain dehydrogenase/reductase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uzx

タイトル

Crystal Structure of Putative short-chain dehydrogenase/reductase from Burkholderia multivorans with bound NADP

要素

Putative short-chain alcohol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase/reductase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia multivorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Putative short-chain dehydrogenase/reductase from Burkholderia multivorans with bound NADP
著者: Delker, S.L. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uzx.cif.gz	205.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uzx.ent.gz	161.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uzx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uzx_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uzx_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5uzx_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	5uzx_validation.cif.gz	35.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/5uzx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/5uzx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tt1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1wpr-d 3zyr-d 4z3u-2 2cvf-d 3kxp-6 3tuh-d 3u1x-d 6cw1-2 3kxp-3 3myw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BumuA.00010.z

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative short-chain alcohol dehydrogenase

B: Putative short-chain alcohol dehydrogenase

ヘテロ分子

55.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Putative short-chain alcohol dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Putative short-chain alcohol dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
55.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.400, 76.150, 65.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.860, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Putative short-chain alcohol dehydrogenase / BumuA.00010.z.B1 分子量: 26763.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia multivorans (strain ATCC 17616 / 249) (バクテリア) 遺伝子: BMULJ_04988 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3KNM5

-
非ポリマー , 5種, 466分子

#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.49 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: MCSG-1 F10(287571F10): 0.1 M Tris HCl, pH 8.5, 2 M Ammonium Sulfate, cryo: 25% Ethylene Glycol +5mM NADP: BumuA.00010.z.B1.PS37887at 20 mg/ml, puck wdq6-5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月15日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→43.195 Å / Num. obs: 67944 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.071 % / B_iso Wilson estimate: 18.85 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_rim(I) all: 0.054 / Χ²: 1.018 / Net I/σ(I): 14.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.5-1.54	3.292	0.556	2.01	4815	0.779	0.662	95.2
1.54-1.58	3.929	0.446	2.86	4854	0.851	0.516	99.2
1.58-1.63	4.16	0.372	3.6	4785	0.911	0.426	99.7
1.63-1.68	4.154	0.296	4.47	4671	0.94	0.339	99.6
1.68-1.73	4.169	0.236	5.56	4484	0.96	0.27	99.6
1.73-1.79	4.175	0.184	7.12	4334	0.975	0.21	99.7
1.79-1.86	4.177	0.14	9.06	4211	0.985	0.161	99.6
1.86-1.94	4.175	0.104	11.82	4066	0.991	0.119	99.7
1.94-2.02	4.179	0.084	14.51	3856	0.994	0.096	99.7
2.02-2.12	4.17	0.067	18.07	3708	0.995	0.077	99.5
2.12-2.24	4.157	0.058	20.74	3525	0.997	0.066	99.5
2.24-2.37	4.141	0.051	23.62	3317	0.997	0.058	99.3
2.37-2.54	4.134	0.047	25.52	3118	0.997	0.053	99.2
2.54-2.74	4.092	0.045	27.72	2936	0.997	0.051	98.9
2.74-3	4.106	0.041	30.05	2663	0.997	0.047	98.8
3-3.35	4.094	0.038	32.43	2426	0.998	0.043	98.8
3.35-3.87	4.108	0.035	34.34	2172	0.997	0.041	98.8
3.87-4.74	4.104	0.031	35.06	1798	0.998	0.036	99.1
4.74-6.71	4.101	0.029	35.03	1433	0.998	0.033	99.4
6.71-43.195	3.983	0.027	34.81	772	0.998	0.031	96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_2666	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
MOLREP		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5tt1

5tt1

解像度: 1.5→43.195 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1991	1948	2.87 %
R_work	0.1646	-	-
obs	0.1656	67939	99.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.46 Å² / B_iso mean: 25.499 Å² / B_iso min: 12.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→43.195 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3471	0	157	456	4084
B_iso mean	-	-	29.8	35.6	-
残基数	-	-	-	-	462

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3780
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.866	5149
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	591
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	703
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.366	1464

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4999-1.5374	0.279	146	0.2357	4490	4636	95
1.5374-1.579	0.2401	146	0.2129	4648	4794	99
1.579-1.6255	0.2052	124	0.1898	4761	4885	100
1.6255-1.6779	0.2286	124	0.186	4757	4881	100
1.6779-1.7379	0.2495	150	0.1818	4703	4853	100
1.7379-1.8075	0.2087	113	0.1722	4726	4839	100
1.8075-1.8898	0.1987	125	0.1703	4765	4890	100
1.8898-1.9894	0.2052	135	0.1698	4745	4880	100
1.9894-2.114	0.2141	139	0.1646	4732	4871	100
2.114-2.2773	0.1907	178	0.1635	4683	4861	100
2.2773-2.5064	0.2075	127	0.1612	4724	4851	99
2.5064-2.869	0.2048	128	0.1646	4765	4893	99
2.869-3.6144	0.2268	170	0.1575	4700	4870	99
3.6144-43.2131	0.1557	143	0.1532	4792	4935	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5975	1.4551	-0.1538	3.8309	-0.9559	1.2971	0.0083	0.2298	0.1757	-0.1775	0.0502	0.1717	-0.1456	-0.1277	-0.0576	0.2004	0.0329	-0.0159	0.1738	-0.0073	0.1207	-7.6419	4.2954	16.4529
2	1.0377	-0.2163	-0.7117	0.4764	0.55	3.7079	0.0265	0.0841	-0.0492	-0.0557	-0.0405	-0.0042	-0.0616	-0.196	0.0155	0.1466	0.0033	0.0006	0.1414	0.009	0.154	-5.595	-1.7659	30.0808
3	1.1166	0.2081	-0.2294	0.4385	-0.1457	3.136	0.0308	0.0729	0.1785	-0.0934	-0.0372	-0.063	-0.2824	0.1737	-0.0214	0.1446	-0.0095	0.0106	0.1556	0.0072	0.1658	5.9516	2.1416	31.2192
4	4.4729	0.8988	0.7049	4.8869	0.5979	3.7466	-0.0226	-0.3245	-0.1984	0.2429	0.0519	-0.1111	0.1124	0.0478	-0.0166	0.1473	0.0319	0.0084	0.1697	0.0131	0.0834	21.9278	-13.8403	6.9591
5	2.6989	-1.9982	0.1391	7.7929	-2.0853	4.3591	-0.0704	-0.1294	-0.1811	0.2027	0.1924	0.274	0.1613	-0.2269	-0.1221	0.0771	-0.0254	0.0209	0.1741	0.0007	0.125	10.6681	-11.9821	4.9123
6	0.71	-0.014	-0.0399	0.9865	-0.0288	2.4204	-0.021	-0.0233	0.0271	0.0444	0.0367	-0.0366	0.1525	-0.0086	-0.0127	0.1218	0.0024	0.0016	0.1315	0.0001	0.1334	20.247	-6.7811	-11.0374
7	1.5139	-0.7844	-0.7141	3.5382	-0.4414	2.7554	-0.1236	-0.0292	-0.0878	0.0267	0.0309	-0.1539	0.3697	0.182	0.0639	0.1266	0.0372	-0.0108	0.1963	-0.0206	0.1609	31.0916	-11.9107	-4.8208

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 78 )	A	7 - 78
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 79 through 141 )	A	79 - 141
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 142 through 237 )	A	142 - 237
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 7 through 39 )	B	7 - 39
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 40 through 78 )	B	40 - 78
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 79 through 177 )	B	79 - 177
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 178 through 237 )	B	178 - 237

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