PDB-5uzw: PCY1 G696Insertion Variant in Complex with Follower Peptide and t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uzw

タイトル

PCY1 G696Insertion Variant in Complex with Follower Peptide and the Covalent Inhibitor ZPP

要素

Peptide cyclase 1
Presegetalin A1

キーワード

LYASE / Natural Product / Orbitide / Cyclase

機能・相同性

機能・相同性情報

oligopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Vaccaria hispanica (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.82 Å

データ登録者

Chekan, J.R. / Nair, S.K.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Characterization of the macrocyclase involved in the biosynthesis of RiPP cyclic peptides in plants.
著者: Chekan, J.R. / Estrada, P. / Covello, P.S. / Nair, S.K.

履歴

登録	2017年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月21日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_molecule_features Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年7月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uzw.cif.gz	554.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uzw.ent.gz	455.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uzw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uzw_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uzw_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5uzw_validation.xml.gz	93.3 KB	表示
CIF形式データ	5uzw_validation.cif.gz	126.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/5uzw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/5uzw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uw3C 5uw5C 5uw6C 5uw7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5uw5-1 5uw5-2 5uw3-2 5uw5-3 5uw3-3 4ax4-d 5uw5-4 5o3u-2 5o3w-1 4amy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Peptide cyclase 1

E: Presegetalin A1

B: Peptide cyclase 1

F: Presegetalin A1

C: Peptide cyclase 1

G: Presegetalin A1

D: Peptide cyclase 1

H: Presegetalin A1

ヘテロ分子

346 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptide cyclase 1

E: Presegetalin A1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptide cyclase 1

F: Presegetalin A1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Peptide cyclase 1

G: Presegetalin A1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Peptide cyclase 1

H: Presegetalin A1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.001, 85.325, 137.871
Angle α, β, γ (deg.)	87.74, 78.53, 89.64
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	12 - 1031
2	1	B	12 - 1031
1	2	A	12 - 1031
2	2	C	12 - 1031
1	3	A	12 - 1032
2	3	D	12 - 1032
1	4	B	5 - 1032
2	4	C	5 - 1032
1	5	B	3 - 1032
2	5	D	3 - 1032
1	6	C	5 - 1032
2	6	D	5 - 1032

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Peptide cyclase 1 分子量: 85657.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccaria hispanica (植物) / 遺伝子: Pcy1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R4P353
#2: タンパク質・ペプチド	Presegetalin A1 分子量: 557.597 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 27-32 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vaccaria hispanica (植物) / 参照: UniProt: F6LNL5
#3: 化合物	ChemComp-ZPR / N-BENZYLOXYCARBONYL-L-PROLYL-L-PROLINAL / Z-PRO-PROLINAL / Z-プロリルプロリナ-ルタイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 330.378 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₂N₂O₄ / 参照: Z-PRO-PROLINAL
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.35 %
結晶化	温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 18% PEG 8,000, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 12 mg/mL Protein, Protein was preincubated with 1 mM ZPP and 1 mM PSA1 [27-32]

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.82→45.7 Å / Num. obs: 68702 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.3 % / R_sym value: 0.126 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 2.82→2.829 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 704 / R_sym value: 0.426 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.82→45.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.867 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.794 / SU B: 19.602 / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.458 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26965	3296	4.8 %	RANDOM
R_work	0.22669	-	-	-
obs	0.22881	65404	98.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.348 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.42 Å²	0.79 Å²	0.1 Å²
2-	-	-2.06 Å²	-1.23 Å²
3-	-	-	-0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.82→45.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22403	0	99	61	22563

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	23186
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	21645
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.445	1.957	31400
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.153	3	49896
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.266	5	2795
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.959	23.995	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.168	15	3879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.601	15	146
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	3329
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	26321
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	5515
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.876	2.857	11210
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.876	2.857	11209
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.156	4.278	13995
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.156	4.278	13996
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.739	3.036	11976
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.739	3.036	11977
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.964	4.493	17406
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.989	22.346	25076
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.989	22.346	25077
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	42239	0.08
1	2	B	42239	0.08
2	1	A	41915	0.08
2	2	C	41915	0.08
3	1	A	41438	0.08
3	2	D	41438	0.08
4	1	B	42412	0.09
4	2	C	42412	0.09
5	1	B	42163	0.07
5	2	D	42163	0.07
6	1	C	42079	0.08
6	2	D	42079	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.82→2.893 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	215	-
R_work	0.286	4828	-
obs	-	-	98.36 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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