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- PDB-5uzd: Insights into Watson-Crick/Hoogsteen Breathing Dynamics and Damag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uzd
タイトルInsights into Watson-Crick/Hoogsteen Breathing Dynamics and Damage Repair from the Solution Structure and Dynamic Ensemble of DNA Duplexes containing m1A - A2-DNA structure
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*C)-3')
キーワードDNA / Hoogsteen base pairs / DNA structure and dynamics / N1-methyladenine / Damage recognition and repair
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Sathyamoorthy, B. / Shi, H. / Xue, Y. / Al-Hashimi, H.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103297 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Insights into Watson-Crick/Hoogsteen breathing dynamics and damage repair from the solution structure and dynamic ensemble of DNA duplexes containing m1A.
著者: Sathyamoorthy, B. / Shi, H. / Zhou, H. / Xue, Y. / Rangadurai, A. / Merriman, D.K. / Al-Hashimi, H.M.
履歴
登録2017年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月26日Group: Database references
改定 1.22017年5月31日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3262
ポリマ－7,3262
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 256structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3678.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*C)-3')


分子量: 3647.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N SOFAST-HMQC
121isotropic12D 1H-13C SOFAST-HMQC
131isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
141isotropic12D 1H-1H NOESY
151isotropic22D 1H-1H TOCSY
161isotropic22D DQF-COSY
171isotropic22D 1H-31P HSQC
181isotropic12D 1H-13C TROSY
292anisotropic12D 1H-13C TROSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution13.5 mM DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*GP*C)-3'), 90% H2O/10% D2O15 mM sodium phosphate buffer pH 6.8, 25 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 10% D2OA2-DNA90% H2O/10% D2O
solution23.5 mM DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*C)-3'), 90% H2O/10% D2O15 mM sodium phosphate buffer pH 6.8, 25 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 10% D2O, 25 mg/mL Pf1 phageA2-DNA_Pf190% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
3.5 mMDNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*GP*C)-3')natural abundance1
3.5 mMDNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*C)-3')natural abundance1
3.5 mMDNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*GP*C)-3')natural abundance2
3.5 mMDNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*C)-3')natural abundance2
試料状態

イオン強度: 100 mM / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

Conditions-IDLabelPH errTemperature err
1isotropic0.11
2Pf1 aligned

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
SparkyNMRFAMGoddardchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMRVariancollection
TopSpinBruker Biospincollection
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
SparkyNMRFAMGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 256 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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