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万見
- PDB-5uza: Adenine riboswitch aptamer domain labelled with iodo-uridine by p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uza
タイトルAdenine riboswitch aptamer domain labelled with iodo-uridine by position-selective labelling of RNA (PLOR)
要素RNA (71-MER)
キーワードRNA / adenine riboswitch / iodo-uridine
機能・相同性ADENINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Liu, Y. / Stagno, J.R. / Wang, Y.-X.
引用ジャーナル: Nat Protoc / 年: 2018
タイトル: Incorporation of isotopic, fluorescent, and heavy-atom-modified nucleotides into RNAs by position-selective labeling of RNA.
著者: Liu, Y. / Holmstrom, E. / Yu, P. / Tan, K. / Zuo, X. / Nesbitt, D.J. / Sousa, R. / Stagno, J.R. / Wang, Y.X.
履歴
登録2017年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: RNA (71-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1475
ポリマ－22,9391
非ポリマー2084
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.985, 151.575, 24.735
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: RNA鎖 RNA (71-MER)


分子量: 22939.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio vulnificus (バクテリア)
#2: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE


分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 50mM Tris-HCl (pH:8.5), 100mM KCl, 10mM MgCl2 and 30% Polyethylene Glycol 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.55 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.55 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→46.611 Å / Num. obs: 17080 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 36.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.22-2.35.20.6580.7750.3070.7290.7799.3
2.3-2.397.60.5840.8960.2250.6270.79299.9
2.39-2.590.4210.9550.1480.4470.849100
2.5-2.639.20.290.9780.1010.3070.894100
2.63-2.89.30.1750.9850.0610.1850.901100
2.8-3.019.20.090.9960.0310.0950.92100
3.01-3.329.20.040.9980.0140.0421.062100
3.32-3.89.10.0310.9980.0110.0331.055100
3.8-4.7890.0270.9980.0090.0291.091100
4.78-5080.0290.9980.0110.0311.13898.1

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PHENIXdev_2447精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.22→46.611 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.17 / 位相誤差: 25.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2509 851 4.98 %
Rwork0.2152 --
obs0.217 17080 97.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 107.74 Å2 / Biso mean: 42.0833 Å2 / Biso min: 14.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.22→46.611 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1505 17 55 1577
Biso mean--26.09 35.38 -
残基数----71
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051705
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3862630
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023353
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00272
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.521833
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2196-2.35860.34561070.29122307241484
2.3586-2.54070.34571520.297127902942100
2.5407-2.79640.32441590.298627922951100
2.7964-3.2010.29941500.243627732923100
3.201-4.03250.2281400.185728042944100
4.0325-46.62160.17551430.16022763290699
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.431 Å / Origin y: 19.2257 Å / Origin z: -11.1448 Å
111213212223313233
T0.2233 Å2-0.0025 Å2-0.0438 Å2-0.1851 Å20.0366 Å2--0.1505 Å2
L1.6717 °20.0599 °2-0.3413 °2-2.2219 °20.0333 °2--0.4157 °2
S0.0205 Å °0.0537 Å °-0.298 Å °0.0224 Å °-0.0226 Å °-0.3009 Å °-0.0433 Å °-0.0878 Å °0.0232 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allX13 - 83
2X-RAY DIFFRACTION1allX101
3X-RAY DIFFRACTION1allX102 - 104
4X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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