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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uyv | ||||||
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タイトル | YfeA ancillary sites that do not co-load with site 2 | ||||||
![]() | Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA | ||||||
![]() | METAL TRANSPORT / polyspecific / transition metal / transport | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to iron ion / iron ion transport / periplasmic space / cell adhesion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Radka, C.D. / DeLucas, L.J. / Aller, S.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Yersinia pestis virulence factor YfeA reveals two polyspecific metal-binding sites. 著者: Radka, C.D. / DeLucas, L.J. / Wilson, L.S. / Lawrenz, M.B. / Perry, R.D. / Aller, S.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5uxsSC ![]() 5uxuC ![]() 5uy0C ![]() 5uy4C ![]() 5uy5C ![]() 5uyaC ![]() 5uybC ![]() 5uycC ![]() 5uydC ![]() 5uyeC ![]() 5uyfC ![]() 5uygC ![]() 5uyhC ![]() 5uywC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36048.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.08 % / 解説: tetragonal prism |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.3 詳細: 30% PEG 4000, 20mM Bis-tris propane, 50mM sodium chloride, 0.05% w/v sodium azide SOAKING: Fiber used to streak 1.5uL droplet of 10mM zinc chloride into crystallization drop. Mixture ...詳細: 30% PEG 4000, 20mM Bis-tris propane, 50mM sodium chloride, 0.05% w/v sodium azide SOAKING: Fiber used to streak 1.5uL droplet of 10mM zinc chloride into crystallization drop. Mixture incubated 4-hrs prior to freezing. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.27932 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.69→50 Å / Num. obs: 27201 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 17.145 Å2 / CC1/2: 0.948 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 43.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.69→1.72 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.259 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 1217 / CC1/2: 0.752 / Rpim(I) all: 0.186 / % possible all: 88.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5uxs 解像度: 1.691→38.959 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 20.58 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.691→38.959 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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