PDB-5uyt: Crystal structure of ice binding protein from an Antarctic bacter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uyt

タイトル

Crystal structure of ice binding protein from an Antarctic bacterium Flavobacteriaceae

要素

Ice-binding protein

キーワード

ANTIFREEZE PROTEIN / ice binding protein / right-handed beta-helix / beta-solenoid

機能・相同性

Ice-binding protein / Ice-binding-like / Secretion system C-terminal sorting domain / Secretion system C-terminal sorting domain / NITRATE ION / Ice-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Flavobacteriaceae bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Wang, C. / Pakhomova, S. / Newcomer, M.E. / Christner, B.C. / Luo, B.-H.

引用

ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Structural basis of antifreeze activity of a bacterial multi-domain antifreeze protein.
著者: Wang, C. / Pakhomova, S. / Newcomer, M.E. / Christner, B.C. / Luo, B.H.

履歴

登録	2017年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uyt.cif.gz	322.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uyt.ent.gz	271.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uyt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uyt_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uyt_full_validation.pdf.gz	452.4 KB	表示
XML形式データ	5uyt_validation.xml.gz	36 KB	表示
CIF形式データ	5uyt_validation.cif.gz	54.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/5uyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/5uyt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5o7o-1 2fjt-d 5he8-5 3n0z-d 2pd7-d 5ve4-2 5cmp-3 2xvo-2 5a5c-4 5cmp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#120 - 2009年12月不凍タンパク質 (Antifreeze Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ice-binding protein

B: Ice-binding protein

ヘテロ分子

106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ice-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
52.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ice-binding protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.826, 119.826, 367.764
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-978- HOH
2	1	A-980- HOH
3	1	A-1042- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	A	23 - 444
2	0	1	0	B	23 - 444

#1: タンパク質	Ice-binding protein 分子量: 52785.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: A bacterial antifreeze protein 由来: (組換発現) Flavobacteriaceae bacterium (バクテリア) 株: 3519-10 / 遺伝子: FIC_00493 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B3GGB1
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 684 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.57 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 15-20% PEG 3350, 0.2 M ammonium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月2日 / 詳細: Oxford Danfysik toroidal focusing mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→36.08 Å / Num. obs: 101962 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.6 % / B_iso Wilson estimate: 20.6 Å² / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 29.1
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 10103 / R_sym value: 0.732 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→36.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 3.674 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.087 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19051	2071	2 %	RANDOM
R_work	0.16846	-	-	-
obs	0.16892	99891	99.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.613 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	-0.06 Å²	0 Å²
2-	-	-0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.75→36.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5991	0	4	684	6679

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.02	6135
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.457	1.949	8424
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.539	5	863
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.51	26.697	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.38	15	886
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.182	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.532	1.124	3404
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.799	1.681	4256
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.9	1.192	2730
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.587	10.985	9670
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 619 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.751→1.796 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	135	-
R_work	0.235	7046	-
obs	-	-	95.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7133	0.2982	0.6419	2.0622	-0.2548	2.6636	-0.1895	0.2987	0.4	-0.1861	0.0313	0.1611	-0.2419	-0.0212	0.1582	0.1585	0.0059	-0.0786	0.1784	0.1256	0.1782	-6.9257	28.2675	61.8869
2	1.5592	0.5345	0.8809	2.7221	0.1046	0.9614	-0.1268	0.5886	0.275	-0.5921	-0.0368	0.358	-0.1644	0.1318	0.1636	0.3096	0.0399	-0.0894	0.4159	0.0987	0.1536	-12.6961	20.8127	46.5775
3	1.7547	-0.0118	0.0187	1.4998	0.3878	1.0674	-0.0319	0.3303	0.0411	-0.2145	-0.039	0.2289	-0.0581	-0.0008	0.0709	0.1598	0.0446	-0.0806	0.2367	0.0578	0.1473	-15.6414	17.5313	54.6161
4	0.7323	-0.0197	0.0358	0.7146	-0.3711	1.8692	-0.0236	0.105	0.141	-0.023	-0.1017	-0.165	-0.1857	0.2209	0.1253	0.0432	-0.0171	-0.0006	0.0835	0.0378	0.1082	19.2968	13.4683	86.5496
5	1.0187	-0.1982	-0.0142	0.6942	-0.331	2.1225	-0.0386	0.1504	0.1617	-0.034	-0.0354	-0.0421	-0.0559	0.0334	0.0739	0.0515	-0.0137	-0.0149	0.0491	0.0384	0.0821	5.2195	18.4431	79.5289
6	2.6104	0.2356	-0.5723	2.8401	-0.041	4.1045	-0.0718	0.1821	0.1536	-0.0494	-0.0671	-0.2421	0.0112	0.31	0.1389	0.0208	-0.005	-0.0072	0.0647	0.0389	0.0687	15.1609	10.9718	87.9011
7	2.0386	-0.7484	0.6242	1.9853	0.5506	2.8547	-0.1189	-0.2811	0.2733	0.3683	0.0893	-0.207	-0.168	0.0703	0.0296	0.2994	0.0149	-0.1168	0.2641	-0.132	0.1593	19.4811	23.0283	146.8448
8	1.4018	0.4142	1.0446	2.7908	-0.1033	1.8453	0.064	-0.6301	-0.2624	0.7502	0.0683	-0.2984	0.2087	-0.0343	-0.1323	0.6152	0.0731	-0.1728	0.6583	0.0785	0.1419	20.8573	3.7615	161.5573
9	1.7586	-0.0098	0.3243	1.2315	-0.0284	1.8585	0.0167	-0.3201	-0.0722	0.3741	0.0355	-0.2188	0.1458	0.1	-0.0522	0.3562	0.0432	-0.1589	0.3336	-0.0814	0.132	23.0857	9.6362	150.897
10	1.0051	0.1384	0.1331	0.868	0.5251	0.6759	-0.0039	-0.1676	0.1586	0.1156	-0.0504	0.0673	-0.035	-0.0649	0.0544	0.1106	-0.0031	0.0255	0.0491	-0.0411	0.0714	-7.1773	21.6244	122.6982
11	0.7086	-0.2681	0.1761	0.8848	0.2963	1.9096	-0.0325	-0.1545	0.0623	0.1671	0.0253	-0.0233	0.0449	0.0284	0.0072	0.1086	0.0026	-0.0064	0.0778	-0.0437	0.0661	3.4869	17.4882	126.7107
12	1.4385	-0.6791	-0.7999	3.2377	0.4617	3.22	-0.0736	-0.1354	0.089	0.1721	-0.0222	0.1104	0.048	-0.1567	0.0958	0.0546	-0.0005	-0.008	0.0604	-0.0365	0.0603	-8.2916	16.4544	119.2628

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	23 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	72 - 117
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	118 - 223
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	224 - 308
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	309 - 419
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	420 - 445
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	23 - 86
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	87 - 141
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	142 - 222
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	223 - 323
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	324 - 418
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	419 - 446

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)