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- PDB-2fjt: Adenylyl cyclase class iv from Yersinia pestis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fjt
タイトルAdenylyl cyclase class iv from Yersinia pestis
要素Adenylyl cyclase class IV
キーワードLYASE / CYCLASE / beta barrel / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylate cyclase / lyase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adenylyl cyclase CyaB / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / CYTH / CYTH domain / CYTH domain / CYTH domain profile. / CYTH-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenylate cyclase 2 / Adenylate cyclase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Gallagher, D.T. / Smith, N.N. / Kim, S.-K. / Reddy, P.T. / Robinson, H. / Heroux, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of the class IV adenylyl cyclase reveals a novel fold
著者: Gallagher, D.T. / Smith, N.N. / Kim, S.-K. / Heroux, A. / Robinson, H. / Reddy, P.T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Crystallization of the class IV adenylyl cyclase from Yersinia pestis
著者: Smith, N.N. / Kim, S.-K. / Reddy, P.T. / Gallagher, D.T.
履歴
登録2006年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 QUATERNARY STRUCTURE FOR THIS ENTRY: DIMER THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ... BIOMOLECULE: 1 QUATERNARY STRUCTURE FOR THIS ENTRY: DIMER THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS (1 BIOLOGICAL DIMER). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylyl cyclase class IV
B: Adenylyl cyclase class IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4694
ポリマ－41,2772
非ポリマー1922
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area16900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.529, 35.548, 71.985
Angle α, β, γ (deg.)88.89, 82.63, 65.47
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細the biol. assembly is a homodimer equal to the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Adenylyl cyclase class IV / E.C.4.6.1.1 / COG1437: Adenylate cyclase / class 4


分子量: 20638.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Triclinic form, pH 4.6 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: KIM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7CH76, UniProt: A0A5P8YEL9*PLUS, adenylate cyclase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.35 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 100 mM Ammonium sulfate, 100 mM Sodium acetate, 14% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年9月20日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 21019 / Num. obs: 20986 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.04 % / Rmerge(I) obs: 0.026 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.04 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 83.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
AMoRE位相決定
REFMAC5.2精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: orthorhombic crystal form

解像度: 1.901→9.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 5.679 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27293 1280 6.1 %RANDOM
Rwork0.21227 ---
all0.21608 19540 --
obs0.21608 19540 88.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.005 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å20.23 Å2-0.29 Å2
2---0.14 Å20.08 Å2
3---0.52 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.901→9.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2804 0 10 304 3118
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6851.9583864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4335351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.14624.861144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.87715506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1961516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2429
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022167
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.21836
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2150.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2750.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.031.51819
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53122809
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4531178
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7364.51055
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.456 88 -
Rwork0.347 1279 -
obs--80.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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