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- PDB-5uyj: Crystal Structure of the Human CAMKK2B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uyj
タイトルCrystal Structure of the Human CAMKK2B
要素Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 2
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / transferase / protein kinase domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Transferase-Transferase Inhibitor Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein kinase activity / positive regulation of autophagy of mitochondrion / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / CAMKK-AMPK signaling cascade / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / Activation of AMPK downstream of NMDARs / cellular response to reactive oxygen species ...regulation of protein kinase activity / positive regulation of autophagy of mitochondrion / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / CAMKK-AMPK signaling cascade / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / Activation of AMPK downstream of NMDARs / cellular response to reactive oxygen species / calcium-mediated signaling / MAPK cascade / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / positive regulation of protein phosphorylation / calmodulin binding / neuron projection / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8R7 / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Counago, R.M. / Drewry, D. / Arruda, P. / Edwards, A.M. / Gileadi, O. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)13/50724-5 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Human CAMKK2B
著者: Counago, R.M. / Drewry, D. / Arruda, P. / Edwards, A.M. / Gileadi, O. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2017年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4752
ポリマ－33,1271
非ポリマー3471
水6,089338
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.153, 73.153, 120.305
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 2 / CaMKK 2 / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase beta / CaMKK beta


分子量: 33127.250 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 161-449 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAMKK2, CAMKKB, KIAA0787 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3
参照: UniProt: Q96RR4, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-8R7 / 2-cyclopentyl-4-(7-methoxyquinolin-4-yl)benzoic acid


分子量: 347.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 3350, 20 mM Ammonium Sulphate, 0.1M Citric acid-Hepes-CHES buffer system

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→19.61 Å / Num. obs: 43864 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25.8 % / Biso Wilson estimate: 20.18 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/av σ(I): 21.3 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 10.9 / Num. unique obs: 2137 / CC1/2: 0.989 / Rpim(I) all: 0.063 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZV2

2zv2


解像度: 1.6→19.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU R Cruickshank DPI: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.074 / SU Rfree Blow DPI: 0.071 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.066
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.171 2169 4.95 %RANDOM
Rwork0.153 ---
obs0.154 43790 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3455 Å20 Å20 Å2
2---0.3455 Å20 Å2
3---0.6911 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→19.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2223 0 26 338 2587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014554HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.048282HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1320SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes60HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes645HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4554HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.66
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion296SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5135SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1627 154 4.87 %
Rwork0.1345 3007 -
all0.1358 3161 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8040.7876-0.64651.363-0.21051.2780.0303-0.18580.04620.1065-0.05250.0794-0.0928-0.07970.0222-0.01160.00430.0197-0.0169-0.0035-0.0372-32.7182-15.6207-5.8819
22.55590.5571.40614.0071.25792.161-0.09-0.14530.09670.15710.00230.0712-0.0781-0.25690.0877-0.02230.01670.0234-0.02950.0001-0.0655-31.377-11.4458-6.5462
30.4121-1.6931.50582.3949-2.03572.1975-0.00450.08910.0109-0.0787-0.0114-0.0566-0.01810.04680.01590.13340.0195-0.03480.02050.0140.1126-17.547410.70344.4658
41.0971-0.4565-0.1861.62480.26782.2862-0.015-0.01150.1502-0.0132-0.00720.1322-0.3791-0.23790.02220.00450.02890.009-0.05870.0056-0.0269-28.5701-2.4715-13.4747
50.98790.0585-0.21960.7301-0.09230.6617-0.0322-0.0178-0.0811-0.02150.0003-0.03410.0549-0.01440.03190.0089-0.00240.002-0.04990.011-0.0335-15.9888-14.9415-19.0495
60.91590.6754-0.30540.849-0.37231.9102-0.0522-0.0048-0.0559-0.0573-0.0381-0.06650.0479-0.03190.0903-0.0117-0.00330.0167-0.03040.005-0.0117-16.5268-9.5907-17.6712
71.02851.2743-0.09952.4084-0.38560.5397-0.01090.00520.1226-0.0533-0.02170.1272-0.0311-0.04620.03250.01840.00890.0035-0.04370.0051-0.0137-16.9396-0.6192-17.396
80.4497-0.22540.04641.88260.31691.0328-0.0192-0.00380.02270.01050.0434-0.1257-0.04160.0677-0.0242-0.01850.00080.0079-0.02530.01850.0041-4.5617-3.3042-13.2794
90.50910.16480.04661.21840.03742.17010.03270.01620.0061-0.04410.0564-0.20330.10390.162-0.089-0.0920.01590.0235-0.06350.0113-0.02351.6095-10.498-18.036
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|159 - 177}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|178 - 205}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|206 - 228}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|229 - 261}
5X-RAY DIFFRACTION5{A|262 - 305}
6X-RAY DIFFRACTION6{A|306 - 325}
7X-RAY DIFFRACTION7{A|326 - 343}
8X-RAY DIFFRACTION8{A|344 - 385}
9X-RAY DIFFRACTION9{A|386 - 448}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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