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- PDB-5uxy: The crystal structure of a DegV family protein from Eubacterium e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uxy
タイトルThe crystal structure of a DegV family protein from Eubacterium eligens loaded with heptadecanoic acid to 1.80 Angstrom resolution (ALTERNATIVE REFINEMENT OF PDB 3FDJ with HEPTADECANOIC acid)
要素DegV family protein
キーワードTRANSFERASE / DEGV / GUT MICROBIOME / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / heptadecanoic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


DegV, N-terminal domain, peripheral subdomain / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 - #10 / Dihydroxyacetone kinase; domain 1 / DegV / DegV, C-terminal domain / Uncharacterised protein, DegV family COG1307 / DegV domain profile. / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 / : / Rubrerythrin, domain 2 ...DegV, N-terminal domain, peripheral subdomain / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 - #10 / Dihydroxyacetone kinase; domain 1 / DegV / DegV, C-terminal domain / Uncharacterised protein, DegV family COG1307 / DegV domain profile. / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 / : / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / heptadecanoic acid / DegV family protein
類似検索 - 構成要素
生物種[Eubacterium] eligens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cuypers, M.G. / Ericson, M. / subramanian, C. / White, S.W. / Rock, C.O.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: The structure of a DegV family protein from Eubacterium eligens.
著者: Cuff, M.E. / Hendricks, R. / Freeman, L. / Joachimiak, A.
履歴
登録2017年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DegV family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0934
ポリマ－30,7401
非ポリマー3533
水6,810378
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.445, 57.445, 186.558
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-697-

HOH

21A-747-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DegV family protein


分子量: 30739.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) [Eubacterium] eligens (バクテリア)
プラスミド: PMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D0VX07
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-X90 / heptadecanoic acid / ヘプタデカン酸


分子量: 270.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H34O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M SODIUM ACETATE, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942, 0.97929
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月19日 / 詳細: SAGITALLY FOCUSED SI(111)
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979421
20.979291
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 30039 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 19.873
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.804 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2614: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→48.914 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1955 1512 5.07 %
Rwork0.1525 --
obs0.1546 29849 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.914 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2099 0 24 378 2501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172208
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4032973
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0471841
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008385
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.85810.26181450.19462452X-RAY DIFFRACTION98
1.8581-1.92460.26771360.18792486X-RAY DIFFRACTION99
1.9246-2.00160.22641300.17552511X-RAY DIFFRACTION99
2.0016-2.09270.19291320.16152541X-RAY DIFFRACTION100
2.0927-2.2030.20151260.16222568X-RAY DIFFRACTION100
2.203-2.34110.24071230.15622551X-RAY DIFFRACTION100
2.3411-2.52180.21121390.15792585X-RAY DIFFRACTION100
2.5218-2.77560.22651450.15782565X-RAY DIFFRACTION100
2.7756-3.17710.18691460.15532617X-RAY DIFFRACTION100
3.1771-4.00260.17041370.13132646X-RAY DIFFRACTION100
4.0026-48.93160.15241530.13962815X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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