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- PDB-5uxc: Crystal structure of macrolide 2'-phosphotransferase MphH from Br... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uxc
タイトルCrystal structure of macrolide 2'-phosphotransferase MphH from Brachybacterium faecium in complex with GDP
要素Predicted aminoglycoside phosphotransferase
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / antibiotic resistance / macrolide / cave bacterium / phosphotransferase / kinase / alpha/beta protein / azithromycin / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / AZITHROMYCIN / Predicted aminoglycoside phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Brachybacterium faecium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Wawrzak, Z. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSCN27220120026C 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: The evolution of substrate discrimination in macrolide antibiotic resistance enzymes.
著者: Pawlowski, A.C. / Stogios, P.J. / Koteva, K. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Wright, G.D.
履歴
登録2017年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02018年2月21日Group: Database references / Polymer sequence
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity_poly / pdbx_database_related
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_poly.pdbx_target_identifier / _pdbx_database_related.db_id / _pdbx_database_related.db_name
改定 2.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted aminoglycoside phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,95113
ポリマ－32,2891
非ポリマー2,66212
水8,377465
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.556, 77.002, 94.409
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Predicted aminoglycoside phosphotransferase


分子量: 32289.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brachybacterium faecium (バクテリア)
株: ATCC 43885 / DSM 4810 / NCIB 9860 / 遺伝子: Bfae_22410 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: C7MEP1

-
非ポリマー , 9種, 477分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ZIT / AZITHROMYCIN / アジスロマイシン


分子量: 748.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H72N2O12 / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2 M ammonium sulfate, 2% PEG 400, 0.1 M HEPES pH 7.5, 1% trehalose, 5 mM azithromycin, 5 mM GMP-PNP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→88 Å / Num. obs: 39085 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.056 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.72→1.82 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 6227 / CC1/2: 0.805 / Rpim(I) all: 0.345 / Rsym value: 0.688 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2733: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.72→40.244 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2074 1903 4.88 %
Rwork0.164 --
obs0.1661 39023 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→40.244 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2231 0 171 465 2867
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152526
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4973497
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.245866
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01435
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.72-1.7630.35691310.27032610X-RAY DIFFRACTION100
1.763-1.81070.3751520.23882573X-RAY DIFFRACTION100
1.8107-1.8640.26841190.21422632X-RAY DIFFRACTION100
1.864-1.92410.22881300.19312635X-RAY DIFFRACTION100
1.9241-1.99290.20181360.18152636X-RAY DIFFRACTION100
1.9929-2.07270.23121230.17432635X-RAY DIFFRACTION100
2.0727-2.1670.2081410.16722614X-RAY DIFFRACTION100
2.167-2.28130.21511470.1562636X-RAY DIFFRACTION100
2.2813-2.42420.2011410.15242640X-RAY DIFFRACTION100
2.4242-2.61130.20661200.15712682X-RAY DIFFRACTION100
2.6113-2.8740.19651260.16052668X-RAY DIFFRACTION100
2.874-3.28970.19541440.15182684X-RAY DIFFRACTION100
3.2897-4.14410.16141440.13062698X-RAY DIFFRACTION100
4.1441-40.25520.19141490.15982777X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4875-0.5949-0.29813.3069-0.71382.1205-0.2205-0.5036-0.01130.69080.1380.6114-0.1634-0.19430.06560.27590.06410.09970.2216-0.01130.30875.126853.333132.6917
21.45160.00760.46612.67910.26851.0942-0.0201-0.10760.06610.1714-0.01050.093-0.0027-0.0495-0.00390.1062-0.00480.02450.10240.00990.059216.943840.035625.3714
33.51730.4614-2.22281.2017-0.50753.474-0.0675-0.3231-0.04640.18390.0216-0.05740.17640.0630.03890.12310.0257-0.01460.1170.01770.066622.873518.969141.4992
42.22920.30710.72852.76160.14650.70240.00370.05440.0333-0.0517-0.03950.09630.0495-0.00710.03030.09030.00140.01860.09630.0110.048717.143729.876522.6759
52.4559-0.9639-2.64561.0821.83135.36610.1318-0.04370.09730.1211-0.0247-0.0415-0.0507-0.2624-0.11020.1377-0.00020.00680.12930.0250.09214.490723.249839.4299
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 0:56)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 57:146)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 147:188)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 189:251)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 252:295)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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