[日本語] English
万見
- PDB-5ux0: X-ray crystal structure of Marinitoga piezophila Argonaute in com... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ux0
タイトルX-ray crystal structure of Marinitoga piezophila Argonaute in complex with 5' OH guide RNA and target DNA
要素
  • Argonaute protein
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*C)-3')
  • RNA (5'-R(*G*GP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*AP*U)-3')
キーワードHYDROLASE/RNA/DNA / Argonaute / RNAi / RNA / DNA / HYDROLASE-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / DNA endonuclease activity / DNA binding / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Bacterial argonaute protein N-terminal domain / Argonaute, middle domain, bacteria / Piwi domain / Piwi / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Protein argonaute
類似検索 - 構成要素
生物種Marinitoga piezophila (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.197 Å
データ登録者Doxzen, K.W. / Doudna, J.A.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: DNA recognition by an RNA-guided bacterial Argonaute.
著者: Doxzen, K.W. / Doudna, J.A.
履歴
登録2017年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Argonaute protein
B: RNA (5'-R(*G*GP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*AP*U)-3')
C: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*C)-3')
D: Argonaute protein
E: RNA (5'-R(*G*GP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*AP*U)-3')
F: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,5656
ポリマ－178,5656
非ポリマー00
水00
1
A: Argonaute protein
B: RNA (5'-R(*G*GP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*AP*U)-3')
C: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2823
ポリマ－89,2823
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6880 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area34630 Å2
手法PISA
2
D: Argonaute protein
E: RNA (5'-R(*G*GP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*AP*U)-3')
F: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2823
ポリマ－89,2823
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6550 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area33510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.003, 130.993, 171.468
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain B and resseq 2:18)
21(chain E and resseq 2:18)
12(chain A and (resseq 1 or (resid 2 and (name...
22(chain D and (resseq 1 or (resid 2 and (name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain B and resseq 2:18)B2 - 18
211(chain E and resseq 2:18)E2 - 18
112(chain A and (resseq 1 or (resid 2 and (name...A0
212(chain D and (resseq 1 or (resid 2 and (name...D0

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Argonaute protein


分子量: 76146.234 Da / 分子数: 2 / 変異: D516A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinitoga piezophila (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H2J4R4
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*G*GP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*AP*U)-3')


分子量: 6593.956 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*C)-3')


分子量: 6542.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 27% PEG 4,000, 0.1M MES, 275 mM KI

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.197→47.431 Å / Num. obs: 32393 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 74.34 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.2-3.374.90.87845830.6770.4430.98698.3
10.11-47.434.50.0270.9990.0140.0399.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.17データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I4A

5i4a


解像度: 3.197→47.431 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2587 1616 5 %
Rwork0.2154 --
obs0.2176 32316 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 220.77 Å2 / Biso mean: 81.3429 Å2 / Biso min: 12.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.197→47.431 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10699 1538 0 0 12237
残基数----1345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312680
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65517436
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471922
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061936
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2237420
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B402X-RAY DIFFRACTION10.167TORSIONAL
12E402X-RAY DIFFRACTION10.167TORSIONAL
21A4996X-RAY DIFFRACTION10.167TORSIONAL
22D4996X-RAY DIFFRACTION10.167TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1968-3.29080.37871280.32742423255197
3.2908-3.3970.36381340.292625472681100
3.397-3.51840.32841310.278925252656100
3.5184-3.65920.32521340.250125332667100
3.6592-3.82570.29861330.233225262659100
3.8257-4.02730.29031330.223525262659100
4.0273-4.27950.28751350.205225632698100
4.2795-4.60960.2511340.180125392673100
4.6096-5.0730.20291350.173625782713100
5.073-5.8060.22511370.190225902727100
5.806-7.31060.25931370.220626062743100
7.3106-47.4360.20081450.19727442889100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.66460.6824-1.63512.3247-1.26072.8254-0.2841-0.4345-0.59590.2815-0.3059-0.33570.31520.3106-5.40920.31690.1948-0.0160.0498-0.04740.142886.9666116.831550.5196
21.78740.4157-0.63032.3647-0.84051.47220.06850.42310.5747-0.2128-0.1017-0.3414-0.26550.1778-0.06260.44880.0498-0.00770.52710.11390.570795.5689144.000724.5495
31.98880.2077-0.02481.32791.37511.43230.18860.6416-0.57440.12871.2587-0.22170.21250.88680.98810.63190.21830.26970.9230.1860.9127100.4932137.174219.2341
41.03420.1028-0.64520.62530.03540.50280.7383-1.73010.85571.3086-0.2456-0.5069-0.90590.41660.04871.7772-0.1792-0.00461.6383-0.08710.963399.6742126.834648.9009
51.2387-0.0089-0.39590.1578-0.01770.11220.3354-1.42470.50790.587-0.2812-0.3226-1.02430.3721-0.06171.6979-0.23740.17531.44040.04871.0426101.7792127.509546.6837
60.03890.01980.05580.226-0.05190.0766-0.53010.50030.5455-0.88250.51560.5301-0.173-0.4464-0.0011.54210.37670.2651.20.34040.885694.4627129.061814.6759
71.3604-0.86270.1930.87460.80952.36410.0366-0.3175-0.25830.0337-0.31390.17090.1833-0.63330.07370.4995-0.0346-0.02380.4743-0.07540.255759.9745123.48313.399
81.0735-0.28810.26251.11250.31682.6160.13030.3306-0.1201-0.0561-0.1208-0.05470.1320.39920.00890.21780.0478-0.04140.46410.02270.310376.0956119.221-20.6596
91.32210.01040.5771.3519-1.49262.5747-0.28990.53870.75640.41660.389-0.288-1.15430.32490.18280.513-0.0254-0.0220.99730.00310.270578.934127.2485-23.5297
100.97030.6556-0.25772.1888-0.22780.0739-0.05140.5947-0.0283-0.58140.1570.24750.71850.05090.24810.88380.10880.12320.8546-0.13140.377568.1603131.125-8.5213
115.66731.4755.19753.52632.76725.76591.2648-1.4389-0.4321.5155-0.65130.55781.424-1.43820.0541.554-0.5853-0.31421.99230.11781.338852.1455121.0222-8.1536
125.92810.7563-2.87682.2246-0.60373.4041-0.6131-0.0712-0.51960.35090.58780.00760.8986-1.63830.22682.1685-0.39730.25451.8191-0.26681.564844.573115.94984.4364
135.9723-1.67524.57626.8918-2.69914.24660.6952-0.5-0.05852.03570.10480.9603-0.16-2.0042-0.18071.86690.17850.53021.5647-0.04671.931554.3147121.22870.5799
140.4703-0.5327-0.14760.62110.66630.3927-0.7771.7467-1.49990.61730.2960.40540.8525-0.4306-0.00051.262-0.04140.25241.4231-0.12630.891773.4955130.5287-15.6865
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 197 )A0 - 197
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 198 through 639 )A198 - 639
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 5 )B1 - 5
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 6 through 20 )B6 - 20
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 2 through 16 )C2 - 16
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 17 through 21 )C17 - 21
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 1 through 165 )D1 - 165
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 166 through 639 )D166 - 639
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 1 through 5 )E1 - 5
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 6 through 10 )E6 - 10
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 11 through 15 )E11 - 15
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 16 through 18 )E16 - 18
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 6 through 10 )F6 - 10
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 11 through 21 )F11 - 21

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る