PDB-5uwx: Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uwx

タイトル

Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from Clostridium perfringens Complexed with IMP and P176

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / TIM barrel / IMPDH / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / OXIDOREDUCTASE / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Maltseva, N. / Kim, Y. / Mulligan, R. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D.R. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from Clostridium perfringens Complexed with IMP and P176
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Mulligan, R. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D.R. / Hedstrom, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2017年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月9日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.2	2017年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / diffrn_detector / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _citation_author.name / _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5uwx.ent.gz	445.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uwx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5uwx_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uwx_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	5uwx_validation.xml.gz	54.7 KB	表示
CIF形式データ	5uwx_validation.cif.gz	76.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/5uwx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/5uwx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4q32 4q33
類似構造データ	7elc-d 5eft-d 3rue-d 3e15-d 4kf1-d 3ruc-d 6zrx-d 3ru9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP04376

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

158 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.278, 118.943, 96.992
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.88, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH 分子量: 38441.266 Da / 分子数: 4 変異: CBS domain (residues 89-215) is replaced with SGG residues 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) 遺伝子: guaB_2, guaB, ERS852446_02285, JFP838_13815 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: A0A127ELD1, IMP dehydrogenase

#1: タンパク質

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH

分子量: 38441.266 Da / 分子数: 4
変異: CBS domain (residues 89-215) is replaced with SGG residues
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
遺伝子: guaB_2, guaB, ERS852446_02285, JFP838_13815 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: A0A127ELD1, IMP dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 493分子

#2: 化合物	ChemComp-8L7 / N-{2-chloro-5-[({2-[3-(prop-1-en-2-yl)phenyl]propan-2-yl}carbamoyl)amino]phenyl}-alpha-D-ribofuranosylamine 分子量: 475.965 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₀ClN₃O₅
#3: 化合物	ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP 分子量: 348.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₄O₈P
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#6: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.56 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 45% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月24日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→47.5 Å / Num. obs: 118158 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.9 % / R_sym value: 0.096 / Net I/σ(I): 16.34
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.79 / Num. unique obs: 5833 / CC_1/2: 0.804 / R_sym value: 0.705 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→47.5 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.197	5793	4.9 %
R_work	0.1625	-	-
obs	0.1642	118136	97.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→47.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10131	0	276	477	10884

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10693
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.021	14481
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.013	3988
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	1682
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1846

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8459-1.8668	0.3198	193	0.2811	3455	X-RAY DIFFRACTION	90
1.8668-1.8888	0.319	199	0.2715	3702	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8888-1.9118	0.2839	181	0.2385	3602	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9118-1.936	0.2674	184	0.2362	3727	X-RAY DIFFRACTION	97
1.936-1.9615	0.2498	174	0.2107	3772	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9615-1.9884	0.2232	181	0.2001	3755	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9884-2.0168	0.2276	215	0.1915	3730	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0168-2.0469	0.2405	191	0.1881	3689	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0469-2.0789	0.2364	201	0.1816	3749	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0789-2.113	0.2095	193	0.171	3736	X-RAY DIFFRACTION	98
2.113-2.1494	0.213	182	0.1727	3788	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1494-2.1885	0.2191	192	0.1685	3772	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1885-2.2306	0.201	183	0.1715	3745	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2306-2.2761	0.2074	202	0.1617	3688	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2761-2.3256	0.1775	180	0.1585	3656	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3256-2.3797	0.2155	191	0.1593	3787	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3797-2.4392	0.1907	217	0.1598	3764	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4392-2.5052	0.198	208	0.1584	3752	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5052-2.5789	0.2071	190	0.1577	3790	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5789-2.6621	0.2	203	0.1574	3783	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6621-2.7572	0.2042	197	0.168	3788	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7572-2.8676	0.1983	201	0.1657	3753	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8676-2.9981	0.2153	184	0.1738	3664	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9981-3.1561	0.1933	201	0.1678	3783	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1561-3.3538	0.2229	189	0.1647	3842	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3538-3.6127	0.1906	225	0.1596	3800	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6127-3.9761	0.1674	200	0.1479	3809	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9761-4.551	0.1667	147	0.135	3759	X-RAY DIFFRACTION	96
4.551-5.7323	0.1818	197	0.1494	3869	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7323-47.5219	0.1786	192	0.1594	3834	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5618	-0.0453	-0.8826	0.4271	0.4899	1.7999	0.1144	-0.2675	0.0807	0.1711	-0.0971	-0.1046	-0.3178	0.0149	-0.0352	0.3538	-0.0514	0.0361	0.2313	0.0188	0.2316	3.9861	3.5085	38.3743
2	1.1388	0.1657	-0.1287	1.1343	-0.0612	0.6991	0.1139	-0.1959	-0.1446	0.1638	-0.0778	-0.3022	-0.1281	0.2372	-0.0371	0.302	-0.1074	-0.0175	0.3261	0.0154	0.3464	21.6688	-3.4512	37.4188
3	2.4445	-0.7181	-0.8189	1.5257	0.4487	1.3365	0.1259	0.2024	-0.0471	-0.1625	-0.0831	-0.1845	-0.2033	0.1062	-0.0599	0.3218	-0.0833	0.0344	0.3078	0.0068	0.3289	16.2676	0.0697	21.3775
4	3.1858	1.3654	0.3383	3.1347	0.1468	2.8516	0.0879	-0.0023	0.1439	-0.0269	-0.1041	-0.0407	-0.1017	-0.1316	0.0122	0.2962	0.0699	0.0578	0.189	0.0237	0.3	-2.0504	5.5384	26.7911
5	4.2098	0.1914	2.4016	3.6872	0.5642	3.5882	0.0468	-0.4224	-0.4903	0.1342	-0.1614	-0.1105	-0.0982	-0.0542	0.0682	0.2028	-0.0456	0.0153	0.2453	0.0842	0.2439	-1.0475	-21.4553	37.1732
6	1.1194	0.0265	-0.1263	2.0596	0.4956	2.0461	-0.0306	0.027	-0.6449	-0.1018	0.051	-0.653	0.1923	0.1981	-0.0215	0.269	0.0594	0.0691	0.3087	0.0184	0.7608	9.2701	-45.9611	25.5199
7	6.1022	-2.5486	-0.1245	1.18	-0.5869	3.2561	0.0236	0.3224	-0.9009	-0.1262	-0.1248	-0.2441	0.6654	-0.0423	0.0761	0.3437	0.0374	0.0608	0.2789	-0.0289	0.7373	-0.878	-55.4956	25.2713
8	3.8705	-4.2093	0.4637	4.5623	-0.4489	2.0664	-0.0035	0.0012	-0.6409	-0.0918	-0.0709	-0.2376	0.447	-0.0359	0.0608	0.2838	-0.0334	0.0074	0.237	-0.0049	0.611	-6.9709	-51.2495	31.2598
9	1.9903	0.5354	0.336	1.6738	-0.0361	1.3476	-0.0586	0.0181	-0.3688	-0.0658	0.009	-0.4296	0.0666	0.0872	0.0496	0.1724	0.0096	0.0322	0.194	-0.002	0.3881	-0.8558	-36.031	27.4988
10	6.4662	-1.2022	-2.1119	3.5195	0.3839	4.5202	-0.2493	0.6977	-0.7669	-0.3537	0.0396	-0.0311	0.3201	-0.3419	0.1831	0.354	-0.0338	0.102	0.3445	-0.1159	0.3403	-2.8067	-38.1525	11.7767
11	2.3835	-0.6326	0.1217	2.7705	0.7324	1.3148	0.0826	-0.1624	-0.2506	0.1178	-0.0461	-0.4781	0.0064	0.1787	-0.0365	0.2127	-0.0587	-0.0224	0.2937	0.0718	0.4091	9.4198	-24.0784	34.1538
12	5.5659	-3.2403	-2.2868	3.1752	-0.8296	4.5178	0.0375	0.4481	-0.606	-0.7147	-0.0991	0.2919	-0.0796	-0.0142	0.0966	0.3482	-0.0444	0.015	0.3539	-0.0276	0.4163	12.2001	-14.8957	18.0624
13	1.2951	0.2765	0.0166	2.2905	0.325	1.1832	0.023	0.0446	-0.0575	-0.075	-0.0484	-0.126	-0.1723	0.1197	0.1333	0.2172	-0.0335	-0.0095	0.2988	-0.0148	0.2446	22.4255	-19.8722	-31.2159
14	2.637	0.3265	0.6732	1.1718	0.4534	2.7739	0.2438	-0.6628	-0.2209	0.4913	-0.2585	-0.4909	0.0859	0.4216	-0.0363	0.3629	-0.0534	-0.1409	0.615	0.1523	0.3957	41.9606	-26.6003	-9.0723
15	4.7588	-3.4682	2.3955	3.3819	-1.8328	1.8451	0.0191	-0.2236	0.0356	0.1468	-0.0547	-0.2926	-0.0664	0.2691	0.0577	0.2648	-0.1268	-0.0816	0.577	0.0441	0.4003	47.9706	-16.0088	-17.849
16	1.6783	0.1353	0.1114	1.869	-0.0746	0.5007	0.1075	-0.0996	0.0407	0.0216	-0.0964	-0.2932	-0.0862	0.2859	-0.0265	0.1949	-0.0403	-0.0162	0.3762	0.0183	0.2571	34.378	-18.7301	-23.1271
17	1.3866	0.6515	-0.1775	2.7304	0.6991	1.6255	0.2152	-0.6267	-0.0145	0.7244	-0.2964	0.0234	-0.0209	0.2433	0.0818	0.3837	-0.1153	-0.0328	0.533	0.0387	0.255	25.7981	-23.6117	-5.9205
18	4.3782	-0.7346	-1.2632	2.674	-0.7175	2.6474	0.0361	-0.1361	-0.1579	0.2191	-0.0411	0.0894	-0.099	-0.019	-0.0074	0.1972	-0.0415	-0.047	0.2283	-0.0364	0.2379	14.9421	-28.992	-21.6246
19	9.0448	2.3297	1.6801	3.1748	0.7354	2.9488	0.3022	-0.0051	0.2849	0.097	-0.2385	0.0658	-0.2345	-0.1408	-0.0419	0.295	0.0503	0.0546	0.2208	0.0332	0.1775	41.1953	-61.8199	29.4916
20	2.17	-0.0634	-0.8241	2.4852	-0.2327	1.9349	0.044	0.2416	0.57	-0.3402	0.0611	0.3039	-0.805	-0.307	-0.0694	0.8118	0.2657	0.0587	0.4301	0.1865	0.5365	40.5252	-37.0759	15.2923
21	2.5384	-2.4546	0.7048	3.6493	-2.4256	2.5886	0.6163	0.248	0.8904	0.1546	-0.3168	-0.2982	-0.8198	-0.0694	-0.107	0.9386	0.1401	0.1588	0.3727	0.1284	0.6272	48.6202	-26.7156	21.956
22	3.4327	-3.2021	0.8782	4.4472	-1.8179	0.8818	0.093	-0.0373	0.6547	0.1031	-0.0472	-0.0693	-0.7135	-0.2254	0.0265	0.7651	0.0863	0.1282	0.2532	0.0125	0.4124	49.3681	-32.2062	29.8853
23	3.7093	-2.8763	1.3493	2.6354	-1.106	0.5043	-0.0993	-0.4602	0.4375	0.485	0.092	0.0392	-0.8155	-0.3541	-0.0315	0.6765	0.1569	0.0978	0.3603	-0.0026	0.4242	45.7251	-37.3137	34.1809
24	1.4916	0.6159	0.231	1.139	0.2173	0.728	0.0367	-0.0436	0.1512	0.0704	0.0338	0.1445	-0.3826	-0.1845	-0.077	0.4244	0.1217	0.0659	0.2871	0.0599	0.2882	46.7203	-50.2863	27.7594
25	1.1412	1.1906	-0.271	1.3799	-1.0258	4.4117	0.0555	0.5002	0.1147	-0.3707	0.1731	0.0761	-0.5979	-0.1968	-0.2571	0.5387	0.0775	0.0264	0.3734	0.1173	0.3476	49.5484	-47.8087	7.2948
26	8.8508	1.3415	5.4287	2.2304	1.0397	3.3787	0.1255	0.4851	0.0566	-0.2073	0.0609	-0.1515	-0.4814	0.1046	-0.0757	0.5802	-0.0118	0.1268	0.4253	0.0909	0.2944	57.6185	-45.5523	11.1967
27	4.049	3.4252	-3.9433	3.5611	-2.9914	3.9871	-0.0498	0.4182	-0.0753	-0.5634	-0.3512	-0.1614	-0.0009	-0.1076	0.2675	0.4271	0.2106	-0.0244	0.4908	0.1282	0.377	33.2268	-54.5038	13.7618
28	2.0905	0.0997	1.074	3.0505	-0.0088	4.118	0.0884	0.3304	0.2415	-0.2387	-0.1159	0.1551	-0.2713	-0.1748	0.0137	0.2577	0.0755	0.0332	0.3137	0.0963	0.2876	39.056	-63.8655	19.0155

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 46 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 47 through 350 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 351 through 441 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 442 through 481 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 24 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 25 through 89 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 90 through 237 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 238 through 265 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 266 through 384 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 385 through 422 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 423 through 466 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 467 through 482 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid -2 through 24 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 25 through 237 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 238 through 265 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 266 through 350 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 351 through 440 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 441 through 482 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 2 through 24 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 25 through 89 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 90 through 237 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 238 through 265 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 266 through 288 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 289 through 350 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 351 through 384 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 385 through 422 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 423 through 441 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 442 through 481 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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