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- PDB-5uwv: Crystal structure of Mycobacterium abscessus L,D-transpeptidase 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uwv
タイトルCrystal structure of Mycobacterium abscessus L,D-transpeptidase 2
要素L,D-TRANSPEPTIDASE 2
キーワードTRANSFERASE / L / D-transpeptidase / Peptidoglycan synthesis enzyme / cell wall enzyme / LdtMab2 / Mycobacterium abscessus
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3710 / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain ...Immunoglobulin-like - #3710 / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable conserved lipoprotein LppS
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium abscessus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Kumar, P. / Ginell, S.L. / Lamichhane, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorDP2OD008459 米国
引用ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2017
タイトル: Mycobacterium abscessus l,d-Transpeptidases Are Susceptible to Inactivation by Carbapenems and Cephalosporins but Not Penicillins.
著者: Kumar, P. / Chauhan, V. / Silva, J.R.A. / Lameira, J. / d'Andrea, F.B. / Li, S.G. / Ginell, S.L. / Freundlich, J.S. / Alves, C.N. / Bailey, S. / Cohen, K.A. / Lamichhane, G.
履歴
登録2017年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32019年8月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: L,D-TRANSPEPTIDASE 2
A: L,D-TRANSPEPTIDASE 2
D: L,D-TRANSPEPTIDASE 2
E: L,D-TRANSPEPTIDASE 2
C: L,D-TRANSPEPTIDASE 2
F: L,D-TRANSPEPTIDASE 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,1326
ポリマ－237,1326
非ポリマー00
水1,08160
1
B: L,D-TRANSPEPTIDASE 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5221
ポリマ－39,5221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: L,D-TRANSPEPTIDASE 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5221
ポリマ－39,5221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: L,D-TRANSPEPTIDASE 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5221
ポリマ－39,5221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
E: L,D-TRANSPEPTIDASE 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5221
ポリマ－39,5221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
C: L,D-TRANSPEPTIDASE 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5221
ポリマ－39,5221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: L,D-TRANSPEPTIDASE 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5221
ポリマ－39,5221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.239, 130.937, 135.664
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
L,D-TRANSPEPTIDASE 2


分子量: 39522.059 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 42-406 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (strain ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543) (バクテリア)
株: ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543
遺伝子: MAB_1530 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1MMQ4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 13% PEG 8000, 110 mM sodium citrate tribasic dihydrate
PH範囲: pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→135.53 Å / Num. obs: 65870 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 56.54 Å2 / CC1/2: 0.96 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.02
反射 シェル解像度: 2.98→3.087 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.52 / Num. unique obs: 5838 / CC1/2: 0.78 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DU7

5du7


解像度: 2.98→135.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 18.041 / SU ML: 0.317 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.565 / ESU R Free: 0.409
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 3083 4.7 %RANDOM
Rwork0.1974 ---
obs0.2008 62793 97.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 138.68 Å2 / Biso mean: 58.908 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å2-0 Å2-0.22 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.98→135.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15128 0 0 60 15188
Biso mean---30 -
残基数----2011
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0215450
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0214288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6761.92721050
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.011332796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.08251994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.51424.844673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.13152343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8431582
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.22353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02117918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023492
LS精密化 シェル解像度: 2.981→3.058 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 194 -
Rwork0.301 4020 -
all-4214 -
obs--84.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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