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- PDB-5uw5: PCY1 H695A Variant in Complex with Follower Peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uw5
タイトルPCY1 H695A Variant in Complex with Follower Peptide
要素
  • Peptide cyclase 1
  • Presegetalin A1
キーワードLYASE / Natural Product / Orbitide / Cyclase
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Prolyl oligopeptidase, N-terminal domain / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / 7 Propeller ...: / Prolyl oligopeptidase, N-terminal domain / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / Presegetalin A1 / Prolyl endopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccaria hispanica (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Chekan, J.R. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Characterization of the macrocyclase involved in the biosynthesis of RiPP cyclic peptides in plants.
著者: Chekan, J.R. / Estrada, P. / Covello, P.S. / Nair, S.K.
履歴
登録2017年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide cyclase 1
E: Presegetalin A1
B: Peptide cyclase 1
F: Presegetalin A1
C: Peptide cyclase 1
G: Presegetalin A1
D: Peptide cyclase 1
H: Presegetalin A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)350,86818
ポリマ－350,0808
非ポリマー78810
水1,15364
1
A: Peptide cyclase 1
E: Presegetalin A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,7375
ポリマ－87,5202
非ポリマー2173
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area27950 Å2
手法PISA
2
B: Peptide cyclase 1
F: Presegetalin A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,7375
ポリマ－87,5202
非ポリマー2173
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area28140 Å2
手法PISA
3
C: Peptide cyclase 1
G: Presegetalin A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,7375
ポリマ－87,5202
非ポリマー2173
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area28550 Å2
手法PISA
4
D: Peptide cyclase 1
H: Presegetalin A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6573
ポリマ－87,5202
非ポリマー1371
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area28300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.020, 85.614, 137.870
Angle α, β, γ (deg.)87.49, 78.51, 89.44
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A9 - 1031
2010B9 - 1031
1020A9 - 1031
2020C9 - 1031
1030A9 - 1031
2030D9 - 1031
1040B5 - 1032
2040C5 - 1032
1050B4 - 1032
2050D4 - 1032
1060C5 - 1032
2060D5 - 1032

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Peptide cyclase 1


分子量: 85533.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccaria hispanica (植物) / 遺伝子: Pcy1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R4P353
#2: タンパク質・ペプチド
Presegetalin A1


分子量: 1986.205 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vaccaria hispanica (植物) / 参照: UniProt: F6LNL5
#3: 化合物
ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.69 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16 % PEG 8,000, 50 mM calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, 8 mg/mL protein, Protein was preincubated with 1 mM presegetalin A1 [14-32]

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→44.9 Å / Num. obs: 61150 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.94→2.95 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 637 / Rsym value: 0.506 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.94→44.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 18.074 / SU ML: 0.328 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.428 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22742 3094 5.1 %RANDOM
Rwork0.18633 ---
obs0.18843 58051 98.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.908 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.33 Å20.66 Å21 Å2
2--0.09 Å20.13 Å2
3----0.91 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.94→44.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22634 0 26 64 22724
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01923313
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0221763
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4071.95331592
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.132350155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.23752826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.00423.9951154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.904153897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.73415146
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.23350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02126499
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.025547
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0793.17511325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0793.17511324
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5194.75914144
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5194.75914145
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0953.40711988
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0953.40711989
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6175.02317449
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.71224.94425149
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.71224.94425150
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A427600.08
12B427600.08
21A423560.1
22C423560.1
31A423720.09
32D423720.09
41B427870.09
42C427870.09
51B429390.08
52D429390.08
61C428450.09
62D428450.09
LS精密化 シェル解像度: 2.94→3.016 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 205 -
Rwork0.275 4238 -
obs--98.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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