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- PDB-5uvf: Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uvf
タイトルCrystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to BI-D1870
要素Serine/threonine-protein kinase VRK1
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / transferase / protein kinase domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Transferase-Transferase Inhibitor Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AX kinase activity / Golgi disassembly / Cajal body organization / Nuclear Envelope Breakdown / positive regulation of protein localization to chromatin / mitotic nuclear membrane disassembly / Golgi stack / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / regulation of neuron migration / nucleosomal DNA binding ...histone H2AX kinase activity / Golgi disassembly / Cajal body organization / Nuclear Envelope Breakdown / positive regulation of protein localization to chromatin / mitotic nuclear membrane disassembly / Golgi stack / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / regulation of neuron migration / nucleosomal DNA binding / Cajal body / histone H3S10 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / neuron projection development / kinase activity / protein autophosphorylation / histone binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / chromatin remodeling / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / protein kinase binding / chromatin / nucleolus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...: / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7DZ / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Serine/threonine-protein kinase VRK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Counago, R.M. / Bountra, C. / Arruda, P. / Edwards, A.M. / Gileadi, O. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)13/50724-5 ブラジル
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural characterization of human Vaccinia-Related Kinases (VRK) bound to small-molecule inhibitors identifies different P-loop conformations.
著者: Counago, R.M. / Allerston, C.K. / Savitsky, P. / Azevedo, H. / Godoi, P.H. / Wells, C.I. / Mascarello, A. / de Souza Gama, F.H. / Massirer, K.B. / Zuercher, W.J. / Guimaraes, C.R.W. / Gileadi, O.
履歴
登録2017年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年3月22日ID: 5UGE
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase VRK1
B: Serine/threonine-protein kinase VRK1
C: Serine/threonine-protein kinase VRK1
D: Serine/threonine-protein kinase VRK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,20920
ポリマ－164,5534
非ポリマー2,65716
水12,304683
1
A: Serine/threonine-protein kinase VRK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7194
ポリマ－41,1381
非ポリマー5813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase VRK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6253
ポリマ－41,1381
非ポリマー4862
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Serine/threonine-protein kinase VRK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0518
ポリマ－41,1381
非ポリマー9137
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Serine/threonine-protein kinase VRK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8145
ポリマ－41,1381
非ポリマー6764
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.141, 95.242, 192.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase VRK1 / Vaccinia-related kinase 1


分子量: 41138.125 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 3-364 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VRK1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / Variant (発現宿主): R3
参照: UniProt: Q99986, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 699分子

#2: 化合物
ChemComp-7DZ / (7S)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-5,7-dimethyl-8-(3-methylbutyl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one / BI-D1870


分子量: 391.415 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23F2N5O2
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 683 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG3350, 0.1M BISTRIS, 0.2M, LITHIUM SULFATE, PH 6.5
PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→29.66 Å / Num. obs: 156295 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 41.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.943 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OP5

3op5


解像度: 2→29.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.139 / SU Rfree Blow DPI: 0.127 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.126
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 5538 4.99 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.175 110975 96.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6299 Å20 Å20 Å2
2---12.1543 Å20 Å2
3---10.5244 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9597 0 170 683 10450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019995HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg113574HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3430SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes221HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1458HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9995HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.23
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1264SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12016SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 381 4.6 %
Rwork0.204 7901 -
all0.205 8282 -
obs--98.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.158-1.28570.24654.63982.71626.35310.0974-0.13440.22320.04670.3247-0.7003-0.29260.5357-0.4221-0.0809-0.05390.08290.1185-0.0499-0.088535.3881-3.28793.7792
24.94320.5311-0.091.60954.50633.6799-0.01910.52290.2841-0.44140.352-0.5437-0.78160.2374-0.3329-0.0728-0.07470.12060.007-0.0976-0.118833.5522-1.54145.6345
35.1095-2.83710.64476.38931.51790.41560.12190.3557-0.1693-0.8573-0.2460.3136-0.3908-0.29910.12420.13280.10510.0150.0649-0.0355-0.208315.539-5.556710.5673
40.717-0.4679-0.73982.12271.61342.25660.14450.14130.1451-0.1947-0.1209-0.196-0.4036-0.0757-0.02360.03690.01990.03430.0116-0.0167-0.109920.07923.308116.2202
51.49130.49810.05872.95141.18593.539-0.02110.026-0.10530.2388-0.083-0.13690.3707-0.13190.1041-0.00550.01370.0564-0.0448-0.0667-0.188714.7902-2.610530.6239
62.2224-0.1888-0.13142.2359-0.08662.8221-0.0564-0.12740.2350.350.0376-0.1331-0.29970.0750.01880.1255-0.0060.0188-0.0969-0.0631-0.154315.39759.073641.3309
71.5416-0.3922-0.05774.3067-0.07562.9983-0.0119-0.05180.2342-0.2347-0.30260.4111-0.3248-0.58160.3145-0.04410.1181-0.00050.0979-0.1648-0.11354.33439.519825.1525
82.56140.89741.17263.36212.69854.1286-0.10870.051-0.40730.15950.10070.16250.856-0.22270.00810.1615-0.10840.01-0.21770.0691-0.1714-18.1872-61.599645.2584
91.7222-1.06982.72814.8726-1.26174.7970.1685-0.187-0.49530.3469-0.07270.30010.8398-0.4557-0.09580.142-0.2055-0.0398-0.15040.0348-0.07-19.486-60.083642.4053
102.8553-0.33670.85822.59980.33042.859-0.0613-0.224-0.03920.2652-0.02150.0630.1109-0.08220.0828-0.013-0.0401-0.0142-0.05040.0325-0.1915-16.6961-42.927137.9149
113.55590.30592.26920.0134-0.57743.1346-0.0009-0.3033-0.21620.05990.04010.20420.3369-0.3554-0.0393-0.0005-0.05430.0571-0.08670.0315-0.1953-19.7708-47.564940.4678
121.6434-0.26550.66791.5918-0.62862.1028-0.0215-0.0694-0.388-0.02030.14220.19620.6329-0.5723-0.12070.1124-0.20140.01250.05160.0288-0.0488-27.9055-55.542531.7415
132.4387-0.23830.61521.149-0.26373.2867-0.0913-0.1398-0.07570.20580.05340.19980.1292-0.47410.0379-0.0277-0.0591-0.00280.03540.0066-0.1006-26.7952-42.856730.2054
145.84471.3009-1.011700.43222.5571-0.06980.2996-0.4546-0.0120.0377-0.40590.11560.5050.0321-0.051-0.0492-0.10350.18310.0402-0.058-10.1301-40.541219.2133
151.1352-0.10671.16150.38110.06913.14730.00560.1526-0.0425-0.04070.0350.13590.1496-0.2362-0.0407-0.0668-0.051-0.05290.0122-0.0011-0.1216-26.428-42.449816.8369
162.6899-0.5455-0.08661.5783-0.55852.0664-0.0270.3897-0.1065-0.207-0.00780.34040.1788-0.72140.0348-0.057-0.0787-0.09720.219-0.0237-0.0826-33.9545-42.75217.9944
175.6046-1.66571.13992.3163-0.6494.8056-0.06380.11990.2756-0.0487-0.06650.2041-0.2652-0.32630.1304-0.1115-0.0049-0.094-0.09020.0277-0.1292-27.4192-30.678217.9391
180.9353-1.0751-1.52671.2757-1.50144.31720.0425-0.39130.33690.14120.0870.5355-0.3627-0.8794-0.1295-0.12370.1012-0.0180.2329-0.0126-0.0589-38.8994-33.047629.3823
196.5108-1.2569-0.11776.01140.71421.7143-0.3040.26770.1788-0.19410.31450.971-0.0219-0.2497-0.0104-0.1075-0.0326-0.0987-0.16870.0922-0.0948-23.249111.187243.1146
202.10690.23350.10391.9025-0.37561.1905-0.04220.1294-0.0675-0.10080.06790.42760.0864-0.2342-0.0257-0.0391-0.0206-0.0124-0.1362-0.0032-0.0957-17.53883.703350.083
211.63510.1253-0.06990.9145-0.17171.8833-0.039-0.2388-0.3560.0594-0.00770.1080.2196-0.07970.04670.04110.00130.0171-0.1090.0451-0.0483-7.8547-4.108960.9279
223.9661-0.90932.41554.80550.87332.7425-0.0191-0.13970.55990.1262-0.0411-0.0504-0.4686-0.26610.06020.29210.29050.3555-0.2929-0.03620.176-36.47989.40977.9055
231.53230.7926-2.73872.2658-0.93920.2021-0.02190.25120.59570.06440.48570.5675-0.352-0.855-0.4639-0.1530.14330.06720.02810.1026-0.0409-39.4203-2.77130.9031
244.82390.96070.5184.1714-0.99227.340.2175-0.73990.0790.70740.0203-0.09210.059-0.0917-0.2379-0.0830.025-0.0115-0.0307-0.0422-0.1881-29.2303-14.034712.7794
252.55850.1998-1.87381.3204-0.76884.01840.2273-0.2310.52210.29140.0964-0.0181-0.64840.1936-0.3236-0.04040.00650.0354-0.0159-0.0792-0.0162-24.1562-6.05171.852
261.67690.13190.13081.11570.04792.6555-0.06020.13530.0655-0.0820.10590.0859-0.0347-0.2549-0.0458-0.12630.0215-0.00050.0690.0239-0.0736-30.3103-15.3695-10.2978
274.7781-0.73661.56042.2302-0.51983.9215-0.02950.47190.0088-0.3323-0.0447-0.19580.12490.38970.0742-0.1283-0.02510.07140.1218-0.0005-0.0824-15.7366-15.8285-19.308
282.75860.7673-0.61181.89170.10842.785-0.1184-0.492-0.08690.06810.0453-0.23740.27980.44220.0732-0.15120.1088-0.02970.1014-0.0388-0.0989-16.8415-22.5066-1.0489
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|20 - 56}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|57 - 77}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|78 - 103}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|104 - 205}
5X-RAY DIFFRACTION5{A|206 - 256}
6X-RAY DIFFRACTION6{A|257 - 296}
7X-RAY DIFFRACTION7{A|297 - 341}
8X-RAY DIFFRACTION8{B|22 - 56}
9X-RAY DIFFRACTION9{B|57 - 77}
10X-RAY DIFFRACTION10{B|78 - 102}
11X-RAY DIFFRACTION11{B|103 - 121}
12X-RAY DIFFRACTION12{B|122 - 150}
13X-RAY DIFFRACTION13{B|151 - 205}
14X-RAY DIFFRACTION14{B|206 - 223}
15X-RAY DIFFRACTION15{B|224 - 256}
16X-RAY DIFFRACTION16{B|257 - 296}
17X-RAY DIFFRACTION17{B|297 - 316}
18X-RAY DIFFRACTION18{B|317 - 341}
19X-RAY DIFFRACTION19{C|30 - 112}
20X-RAY DIFFRACTION20{C|113 - 216}
21X-RAY DIFFRACTION21{C|217 - 341}
22X-RAY DIFFRACTION22{D|26 - 67}
23X-RAY DIFFRACTION23{D|68 - 90}
24X-RAY DIFFRACTION24{D|91 - 112}
25X-RAY DIFFRACTION25{D|113 - 195}
26X-RAY DIFFRACTION26{D|196 - 256}
27X-RAY DIFFRACTION27{D|257 - 296}
28X-RAY DIFFRACTION28{D|297 - 341}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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