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Yorodumi- PDB-5uvf: Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to B... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5uvf | |||||||||
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Title | Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to BI-D1870 | |||||||||
Components | Serine/threonine-protein kinase VRK1 | |||||||||
Keywords | Transferase/Transferase Inhibitor / transferase / protein kinase domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Transferase-Transferase Inhibitor Complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Golgi disassembly / histone H3T3 kinase activity / Nuclear Envelope Breakdown / positive regulation of protein localization to chromatin / mitotic nuclear membrane disassembly / Golgi stack / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / histone H3S10 kinase activity / kinase activity / histone binding ...Golgi disassembly / histone H3T3 kinase activity / Nuclear Envelope Breakdown / positive regulation of protein localization to chromatin / mitotic nuclear membrane disassembly / Golgi stack / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / histone H3S10 kinase activity / kinase activity / histone binding / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cell division / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / nucleolus / protein kinase binding / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | |||||||||
Authors | Counago, R.M. / Bountra, C. / Arruda, P. / Edwards, A.M. / Gileadi, O. / Structural Genomics Consortium (SGC) | |||||||||
Funding support | Brazil, 1items
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Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2017 Title: Structural characterization of human Vaccinia-Related Kinases (VRK) bound to small-molecule inhibitors identifies different P-loop conformations. Authors: Counago, R.M. / Allerston, C.K. / Savitsky, P. / Azevedo, H. / Godoi, P.H. / Wells, C.I. / Mascarello, A. / de Souza Gama, F.H. / Massirer, K.B. / Zuercher, W.J. / Guimaraes, C.R.W. / Gileadi, O. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5uvf.cif.gz | 510.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5uvf.ent.gz | 419.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5uvf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5uvf_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5uvf_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 5uvf_validation.xml.gz | 51.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5uvf_validation.cif.gz | 73.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/5uvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/5uvf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3op5SC 5ukfC 5uu1C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 41138.125 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 3-364 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: VRK1 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): DE3 / Variant (production host): R3 References: UniProt: Q99986, non-specific serine/threonine protein kinase |
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-Non-polymers , 5 types, 699 molecules
#2: Chemical | ChemComp-7DZ / ( #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Chemical | ChemComp-PEG / | #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 25% PEG3350, 0.1M BISTRIS, 0.2M, LITHIUM SULFATE, PH 6.5 PH range: 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9763 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 5, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→29.66 Å / Num. obs: 156295 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 41.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.83 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.943 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 96.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3OP5 Resolution: 2→29.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.136 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.139 / SU Rfree Blow DPI: 0.127 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.126
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Displacement parameters | Biso mean: 52.86 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→29.66 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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