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万見
- PDB-5uvd: Crystal structure of an antigenic nucleotidyltransferase-like pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uvd
タイトルCrystal structure of an antigenic nucleotidyltransferase-like protein from Paracoccidioides brasiliensis
要素Nucleotidyltransferase-like protein
キーワードTRANSFERASE / antigen / putative nucleotidyltransferase
機能・相同性Nucleotidyl transferase AbiEii toxin, Type IV TA system / Nucleotidyl transferase AbiEii toxin, Type IV TA system / Nucleotidyltransferase superfamily / metal ion binding / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Paracoccidioides brasiliensis
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Nagem, R.A.P. / Costa, M.A.F. / Rodrigues, F.T.G. / Coitinho, J.B.C.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)484466/2007-0 ブラジル
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2019
タイトル: Structural and immunological characterization of a new nucleotidyltransferase-like antigen from Paracoccidioides brasiliensis.
著者: Coitinho, J.B. / Costa, M.A.F. / Melo, E.M. / Morais, E.A. / de Andrade, L.G.A. / da Rocha, A.M. / de Magalhaes, M.T.Q. / Favaro, D.C. / Bleicher, L. / Pedroso, E.R.P. / Goes, A.M. / Nagem, R.A.P.
履歴
登録2017年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleotidyltransferase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8304
ポリマ－24,7571
非ポリマー733
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.649, 51.105, 121.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nucleotidyltransferase-like protein


分子量: 24757.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccidioides brasiliensis (strain Pb18) (菌類)
株: Pb18 / 遺伝子: PADG_08402 / プラスミド: pET28a(TEV)
詳細 (発現宿主): pET28a modified to contain TEV protease cleavage site
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C1GM11
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
12.141.5thin and long rod-like crystals
22.141.5thin and long rod-like crystals
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細PH範囲
293.151蒸気拡散法, ハンギングドロップ法0.25 M MgCl2, 25% PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl pH 7.0 - 8,07.0 - 8.0
293.152蒸気拡散法, ハンギングドロップ法0.25 M MgCl2, 25% PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl pH 7.0 - 8,0 Crystal was incubated in a cryo-soaking solution containing 100 mM NaI and 10% (v/v) ethylene glycol7.0 - 8.0

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Ambient temp detailsCrystal-ID
1100nitrogen stream1
2100nitrogen stream2
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンLNLS W01B-MX211.4587
シンクロトロンLNLS W01B-MX221.4587
検出器
タイプID検出器日付詳細
DECTRIS PILATUS 2M1PIXEL2013年5月24日collimating mirror and toroidal bendable mirror
MAR CCD 165 mm2CCD2014年4月14日collimating mirror and toroidal bendable mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) double-crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) double-crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.45871
21
反射

Biso Wilson estimate: 22.5 Å2 / Entry-ID: 5UVD / Observed criterion σ(I): -3

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)CC1/2Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.86-47.091789497.99.50.9980.088119.2
1.68-31.773975186.11.90.039218.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.86-1.975.50.4094.226130.954189.9
1.68-1.711.70.1723.71586268.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PHENIX1.8.2精密化
XDSJanuary 10, 2014 BUILT=20140307data processing
DENZO2.3.2data processing
XDSJanuary 10, 2014 BUILT=20140307データスケーリング
HKL-20002.2.0データスケーリング
AutoSol1.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.86→47.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 3.152 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.144 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22168 895 5 %RANDOM
Rwork0.15909 ---
obs0.16216 16999 97.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.673 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.93 Å20 Å20 Å2
2--2.25 Å2-0 Å2
3----1.33 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.86→47.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1718 0 3 247 1968
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0191749
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021713
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8781.9752372
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.07533945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2365217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.06124.68479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.74115316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9541512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211974
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02386
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3381.487871
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3251.485870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9082.2211087
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9092.2221088
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3081.833878
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3081.832878
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5782.6251285
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.57313.6122182
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.23613.0412085
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 56 -
Rwork0.242 1064 -
obs--85.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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