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- PDB-5uv8: Interleukin-3 Receptor Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uv8
タイトルInterleukin-3 Receptor Complex
要素
  • Interleukin-3
  • Interleukin-3 receptor subunit alpha
キーワードSIGNALING PROTEIN / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-3 receptor activity / interleukin-3 receptor binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / interleukin-3-mediated signaling pathway / embryonic hemopoiesis / cytokine receptor activity / cytokine binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Interleukin receptor SHC signaling / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein ...interleukin-3 receptor activity / interleukin-3 receptor binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / interleukin-3-mediated signaling pathway / embryonic hemopoiesis / cytokine receptor activity / cytokine binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Interleukin receptor SHC signaling / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / cytokine activity / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell-cell signaling / nervous system development / RAF/MAP kinase cascade / receptor complex / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3850 / Interleukin-3 / Interleukin-3 / IL-3 receptor alpha chain, N-terminal / IL-3 receptor alpha chain N-terminal domain / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Growth Hormone; Chain: A; - #10 ...Immunoglobulin-like - #3850 / Interleukin-3 / Interleukin-3 / IL-3 receptor alpha chain, N-terminal / IL-3 receptor alpha chain N-terminal domain / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-3 / Interleukin-3 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Broughton, S.E. / Parker, M.W.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: A dual role for the N-terminal domain of the IL-3 receptor in cell signalling.
著者: Broughton, S.E. / Hercus, T.R. / Nero, T.L. / Kan, W.L. / Barry, E.F. / Dottore, M. / Cheung Tung Shing, K.S. / Morton, C.J. / Dhagat, U. / Hardy, M.P. / Wilson, N.J. / Downton, M.T. / ...著者: Broughton, S.E. / Hercus, T.R. / Nero, T.L. / Kan, W.L. / Barry, E.F. / Dottore, M. / Cheung Tung Shing, K.S. / Morton, C.J. / Dhagat, U. / Hardy, M.P. / Wilson, N.J. / Downton, M.T. / Schieber, C. / Hughes, T.P. / Lopez, A.F. / Parker, M.W.
履歴
登録2017年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-3 receptor subunit alpha
B: Interleukin-3
G: Interleukin-3 receptor subunit alpha
I: Interleukin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,32513
ポリマ－94,3334
非ポリマー2,9929
水1,802100
1
A: Interleukin-3 receptor subunit alpha
B: Interleukin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7075
ポリマ－47,1662
非ポリマー1,5403
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area20570 Å2
手法PISA
2
G: Interleukin-3 receptor subunit alpha
I: Interleukin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6188
ポリマ－47,1662
非ポリマー1,4516
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area19880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.039, 132.039, 210.631
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21G
12B
22I

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRCYSCYSAA28 - 2939 - 274
21THRTHRCYSCYSGC28 - 2939 - 274
12ASNASNASNASNBB15 - 1204 - 109
22ASNASNASNASNID15 - 1204 - 109

NCSアンサンブル:
ID
2
1

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AGBI

#1: タンパク質 Interleukin-3 receptor subunit alpha / IL-3RA


分子量: 33253.570 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-307 / 変異: N212Q, A298V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL3RA, IL3R
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P26951
#2: タンパク質 Interleukin-3 / IL-3 / Hematopoietic growth factor / Mast cell growth factor / MCGF / Multipotential colony- ...IL-3 / Hematopoietic growth factor / Mast cell growth factor / MCGF / Multipotential colony-stimulating factor / P-cell-stimulating factor


分子量: 13912.903 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 31-152 / 変異: W32Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08700

-
糖 , 4種, 6分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 103分子

#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 8000, 200 mM NaCI, 100 mM citrate-phosphate buffer pH 5
PH範囲: 4.6-5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月3日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→114.35 Å / Num. obs: 30501 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JZJ, 1JLI

4jzj

1jli


解像度: 2.7→114.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.849 / SU B: 15.381 / SU ML: 0.311 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.844 / ESU R Free: 0.365 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28564 1535 5 %RANDOM
Rwork0.24177 ---
obs0.24404 28930 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.007 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.64 Å2-0.82 Å20 Å2
2---1.64 Å20 Å2
3---5.33 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→114.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5964 0 197 100 6261
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0196325
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.025891
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4051.9738588
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.198313552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3165725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.7423.734308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.387151034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7661550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2967
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216965
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021511
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5494.2722936
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5494.2722935
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7636.3813649
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7626.3823650
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4554.6173389
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4554.6173390
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.566.8774940
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.67633.0386518
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.67633.046519
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A260540.16
12G260540.16
21B124440.12
22I124440.12
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 123 -
Rwork0.315 2053 -
obs--99.95 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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