PDB-5uus: SrtF sortase from Corynebacterium diphtheriae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uus

タイトル

SrtF sortase from Corynebacterium diphtheriae

要素

Possible sortase-like protein

キーワード

HYDROLASE / sortase / structural genomics / IDP58950 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Gornicki, P. / Ton-That, H. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272200700058C	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201200026C	米国

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: SrtF sortase from Corynebacterium diphtheriae
著者: Osipiuk, J. / Gornicki, P. / Ton-That, H. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2017年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uus.cif.gz	181.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uus.ent.gz	143.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uus.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/5uus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/5uus	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2w1kS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4a1m-d 1lvm-1 4dum-d 3b6e-d 4u8t-4 1ipb-d 2m03-d 2b94-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP58950

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Possible sortase-like protein

B: Possible sortase-like protein

ヘテロ分子

51 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Possible sortase-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Possible sortase-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.990, 69.990, 237.292
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Possible sortase-like protein 分子量: 25078.727 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 48-273 / 変異: 47 N-termianal residues were deleted / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 3 N-terminal residues (SNA) are cloning artifacts 由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (strain ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis) (ジフテリア菌) 株: ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis / 遺伝子: DIP2272 / プラスミド: pMCSG7 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q6NEK1

#1: タンパク質

Possible sortase-like protein

分子量: 25078.727 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 48-273 / 変異: 47 N-termianal residues were deleted / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 3 N-terminal residues (SNA) are cloning artifacts
由来: (組換発現)

Corynebacterium diphtheriae (strain ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis) (ジフテリア菌)
株: ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis / 遺伝子: DIP2272 / プラスミド: pMCSG7
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q6NEK1

-
非ポリマー , 6種, 147分子

#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.25 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Sodium formate; 0.1M Ammonium acetate; 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.1M Sodium potassium tartrate tetrahydrate; 0.1M Sodium oxamate; 0.1M Tris-BICINE buffer; 12.5% MPD; 12.5% ...詳細: 0.1M Sodium formate; 0.1M Ammonium acetate; 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.1M Sodium potassium tartrate tetrahydrate; 0.1M Sodium oxamate; 0.1M Tris-BICINE buffer; 12.5% MPD; 12.5% PEG 1000; 12.5% PEG 3350

結晶

マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.25 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Sodium formate; 0.1M Ammonium acetate; 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.1M Sodium potassium tartrate tetrahydrate; 0.1M Sodium oxamate; 0.1M Tris-BICINE buffer; 12.5% MPD; 12.5% ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月13日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.02→42.396 Å / Num. obs: 45279 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9 % / B_iso Wilson estimate: 42.44 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.074 / Χ²: 1.178 / Net I/σ(I): 7.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.02-2.05	4.3	0.563	2.11	0.704	0.288	0.637	0.664	96.9
2.05-2.09	5.8	0.518		0.829	0.228	0.569	0.673	98
2.09-2.13	7.2	0.527		0.83	0.207	0.568	0.676	99.9
2.13-2.18	8.4	0.444		0.893	0.161	0.473	0.687	100
2.18-2.22	9.1	0.356		0.939	0.124	0.378	0.72	100
2.22-2.27	8.9	0.312		0.947	0.11	0.332	0.751	100
2.27-2.33	9.3	0.282		0.96	0.096	0.299	0.765	99.9
2.33-2.39	10.2	0.252		0.97	0.082	0.265	0.779	100
2.39-2.47	10.2	0.221		0.978	0.072	0.233	0.807	100
2.47-2.54	10	0.185		0.98	0.061	0.195	0.882	100
2.54-2.64	9.8	0.153		0.989	0.051	0.162	0.935	100
2.64-2.74	9.6	0.132		0.989	0.044	0.139	0.943	100
2.74-2.87	9.2	0.107		0.993	0.036	0.113	1.068	99.9
2.87-3.02	10.3	0.096		0.994	0.031	0.101	1.199	100
3.02-3.21	10.1	0.082		0.995	0.027	0.086	1.287	100
3.21-3.45	9.9	0.068		0.996	0.023	0.072	1.467	100
3.45-3.8	9.2	0.061		0.997	0.021	0.064	1.787	99.9
3.8-4.35	10.2	0.055		0.998	0.018	0.058	1.897	100
4.35-5.48	9.3	0.052		0.998	0.018	0.055	2.369	99.7
5.48-42.396	9.2	0.054		0.998	0.018	0.057	2.25	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2w1k

2w1k

解像度: 2.02→42.396 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.92

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1906	2129	4.71 %
R_work	0.1642	-	-
obs	0.1654	45201	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 129.49 Å² / B_iso mean: 50.6721 Å² / B_iso min: 27.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.02→42.396 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3188	0	53	136	3377
B_iso mean	-	-	61.78	50.32	-
残基数	-	-	-	-	413

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3320
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.228	4503
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	475
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	613
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.852	1222

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0202-2.0672	0.306	112	0.2335	2765	2877	97
2.0672-2.1189	0.2329	171	0.2081	2773	2944	99
2.1189-2.1762	0.2607	152	0.1955	2811	2963	100
2.1762-2.2402	0.1935	120	0.1705	2846	2966	100
2.2402-2.3125	0.1976	136	0.185	2850	2986	100
2.3125-2.3951	0.2585	135	0.191	2809	2944	100
2.3951-2.491	0.2296	130	0.1952	2893	3023	100
2.491-2.6044	0.2485	157	0.1881	2847	3004	100
2.6044-2.7417	0.2194	140	0.1945	2832	2972	100
2.7417-2.9134	0.2177	136	0.185	2905	3041	100
2.9134-3.1383	0.2289	151	0.1903	2864	3015	100
3.1383-3.454	0.2034	152	0.1699	2877	3029	100
3.454-3.9535	0.1856	138	0.1414	2933	3071	100
3.9535-4.9797	0.1229	152	0.1297	2945	3097	100
4.9797-42.4058	0.1821	147	0.1577	3122	3269	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8835	0.2176	-0.4305	-0.0908	-0.1784	0.6361	-0.3263	0.3464	0.1487	-0.0546	0.1958	-0.0656	-0.0061	-0.1601	-0.0001	0.3409	-0.0442	-0.0115	0.5901	0.0672	0.3982	56.5347	28.0432	27.6501
2	0.8635	-0.0168	-0.581	0.482	-0.5794	0.9558	-0.0108	0.6071	0.1166	-0.3015	-0.0049	0.3057	-0.0029	-0.3549	0.0009	0.3326	-0.0332	-0.027	0.7288	0.0339	0.3941	37.4261	27.2795	28.6216
3	1.1296	0.5673	-0.7719	0.6556	-0.0257	0.8124	-0.2122	0.2637	0.5643	0.0565	-0.026	-0.0415	-0.2183	0.3292	-0.0009	0.3015	-0.0622	-0.0216	0.5057	0.0868	0.4242	44.4042	32.6355	38.6517
4	2.8984	-1.6331	-1.0463	1.4035	0.4058	1.3422	-0.2112	0.4607	-0.3319	-0.1684	-0.0077	0.1177	0.092	-0.1678	-0.0007	0.2759	-0.0527	-0.0077	0.5614	0.0497	0.3985	36.0881	23.5052	37.0266
5	0.3511	0.3117	-0.0782	0.7156	-0.1257	0.3045	-0.2697	-0.5402	-0.5279	0.6389	0.1384	0.4111	0.4756	0.2252	-0.0007	0.4428	0.0405	0.1408	0.5499	0.1336	0.5037	35.7619	16.0579	54.6889
6	0.6351	-0.4862	-0.4318	0.4396	0.2266	0.635	-0.1542	0.0209	0.0349	0.0765	0.0445	0.0167	-0.0394	-0.076	0	0.2894	-0.0022	-0.0027	0.5137	0.0629	0.4032	31.9015	31.4989	48.3154
7	1.6849	0.0803	-1.1023	0.4763	-0.0715	1.1401	-0.1004	-0.0024	0.0383	0.0101	0.0841	-0.0038	0.06	-0.0571	-0	0.2911	-0.0205	0.0012	0.4911	0.0706	0.3714	36.7673	29.7936	43.3638
8	0.3253	-0.4538	0.3156	0.6455	-0.4313	0.695	-0.3407	0.9301	-1.3067	-0.1966	0.0447	-0.0574	0.4494	-0.3008	0.0014	0.5094	-0.0083	0.0787	0.6449	-0.02	0.6949	47.8302	12.2075	32.9091
9	1.3143	-0.231	-0.8937	1.6628	-0.5432	0.595	-0.2503	0.0516	0.3164	-0.4846	0.0977	0.7501	-0.1417	-0.3824	-0.0018	0.445	-0.0151	-0.1041	0.343	-0.041	0.514	34.2788	21.4486	-0.3594
10	1.4183	1.1939	0.1183	1.4036	0.8416	1.1345	-0.1175	0.0808	0.1084	-1.0735	0.0231	0.2289	0.4074	-0.0678	0.0004	0.5955	-0.0484	-0.0719	0.3537	0.0003	0.3925	44.7403	21.3302	-6.2371
11	2.6197	1.2087	0.0124	1.4486	-0.5921	0.4782	-0.0847	0.0546	0.4506	-0.2549	-0.0148	0.2818	-0.1481	-0.1176	-0.001	0.4713	-0.0201	-0.0669	0.2779	0.0026	0.4186	43.8175	29.4458	2.3937
12	1.0126	-0.8689	-0.6047	1.5035	-0.2771	1.066	-0.2478	-0.2163	-0.0809	0.1272	-0.0777	-0.082	-0.0691	0.0236	-0	0.4007	-0.1144	-0.0271	0.4324	0.0072	0.2987	52.1468	25.1173	15.335
13	0.0072	0.0635	0.0377	0.1775	0.1372	0.187	0.0553	-0.6634	-0.1889	0.0545	-0.0054	-0.0627	0.3925	0.0606	-0.0006	0.436	-0.0283	-0.0337	0.4319	0.0473	0.3514	55.1494	18.0914	18.1334
14	0.7925	0.3205	-0.4106	0.7213	0.5254	0.7294	-0.0928	-0.2523	-0.1372	-0.2393	-0.0731	-0.2946	0.0851	0.549	-0.0014	0.4094	-0.0135	0.0305	0.3551	0.0462	0.3603	59.1163	24.6212	2.8291
15	0.2237	-0.0696	-0.0676	0.0784	-0.0933	0.2215	-0.1479	0.5485	-0.075	0.0143	-0.2305	-0.5584	0.477	0.6737	-0.0005	0.4716	-0.0259	0.1133	0.4675	-0.0393	0.526	58.5998	15.0453	0.2814
16	1.5948	1.0741	0.7827	0.8871	0.7893	1.068	-0.075	-0.1055	0.0509	-0.0657	-0.1142	-0.0507	-0.0187	-0.0733	-0.0001	0.3746	-0.0272	0.0152	0.2584	-0.0077	0.331	50.3558	25.2433	2.5626
17	1.097	0.0611	0.696	0.6924	-0.2216	1.0557	0.2463	-0.6337	0.9661	0.1933	-0.9784	1.5512	-0.7024	-1.5329	-0.0058	0.5998	-0.0542	0.0699	0.7547	-0.2176	0.6984	32.0283	22.7505	13.0338

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 66 through 89 )	A	66 - 89
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 90 through 111 )	A	90 - 111
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 112 through 126 )	A	112 - 126
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 127 through 173 )	A	127 - 173
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 174 through 195 )	A	174 - 195
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 196 through 215 )	A	196 - 215
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 216 through 260 )	A	216 - 260
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 261 through 273 )	A	261 - 273
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 69 through 102 )	B	69 - 102
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 103 through 126 )	B	103 - 126
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 127 through 160 )	B	127 - 160
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 161 through 183 )	B	161 - 183
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 184 through 195 )	B	184 - 195
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 196 through 215 )	B	196 - 215
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 216 through 225 )	B	216 - 225
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 226 through 260 )	B	226 - 260
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 261 through 273 )	B	261 - 273

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 147分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 6種, 147分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 147分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)