[日本語] English
万見
- PDB-5uul: Human Bfl-1 in complex with PUMA BH3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uul
タイトルHuman Bfl-1 in complex with PUMA BH3
要素
  • Bcl-2-binding component 3
  • Bcl-2-related protein A1
キーワードAPOPTOSIS (アポトーシス) / Apoptosis Regulatory Proteins (アポトーシス) / Protein Binding (タンパク質) / Protein Structure (タンパク質構造) / Proto-Oncogene (がん遺伝子) / BCL2A1 / BCL2 related protein A1
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of growth / positive regulation of fibroblast apoptotic process / T cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / positive regulation of thymocyte apoptotic process / mitochondrial fusion / channel activity ...positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of growth / positive regulation of fibroblast apoptotic process / T cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / positive regulation of thymocyte apoptotic process / mitochondrial fusion / channel activity / fibroblast apoptotic process / execution phase of apoptosis / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to endoplasmic reticulum stress / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / determination of adult lifespan / cellular response to ionizing radiation / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to hypoxia / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Bcl-2-binding component 3 / Bcl-2-binding component 3, p53 upregulated modulator of apoptosis / Bcl-2-related protein A1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions ...Bcl-2-binding component 3 / Bcl-2-binding component 3, p53 upregulated modulator of apoptosis / Bcl-2-related protein A1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2ファミリー / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Bcl-2ファミリー / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-related protein A1 / Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Jenson, J.M. / Grant, R.A. / Keating, A.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM110048 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Epistatic mutations in PUMA BH3 drive an alternate binding mode to potently and selectively inhibit anti-apoptotic Bfl-1.
著者: Jenson, J.M. / Ryan, J.A. / Grant, R.A. / Letai, A. / Keating, A.E.
履歴
登録2017年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-related protein A1
B: Bcl-2-binding component 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3583
ポリマ－20,2622
非ポリマー961
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area9330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.213, 43.428, 47.384
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Bcl-2-related protein A1 / Bcl-2-like protein 5 / Bcl2-L-5 / Hemopoietic-specific early response protein / Protein BFL-1 / Protein GRS


分子量: 17442.889 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-151 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2A1, BCL2L5, BFL1, GRS, HBPA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16548
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2-binding component 3 / JFY-1 / p53 up-regulated modulator of apoptosis


分子量: 2819.144 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 132-154 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BXH1
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→50 Å / Num. obs: 35909 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 13.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 0.86 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 208187
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.33-1.3530.280.9210.1660.3280.60276.1
1.35-1.383.30.2720.9260.1530.3150.62686.8
1.38-1.44.20.2640.9510.1340.2980.61897.2
1.4-1.435.10.2450.9650.1140.2710.67399.1
1.43-1.465.40.2220.9770.1010.2440.68399.8
1.46-1.55.60.1950.9790.0880.2140.76299.7
1.5-1.545.60.1680.9820.0760.1850.75299.8
1.54-1.585.40.1450.9850.0670.1610.76899.8
1.58-1.625.80.1350.9890.0610.1490.76399.7
1.62-1.686.20.1310.9910.0560.1430.79999.9
1.68-1.746.20.1250.9930.0530.1370.81299.8
1.74-1.816.20.1230.9930.0530.1340.76999.2
1.81-1.895.80.1190.9910.0530.1310.81299.2
1.89-1.996.70.1030.9940.0430.1120.85599.7
1.99-2.116.80.090.9960.0360.0970.91499.5
2.11-2.276.70.0720.9970.0290.0780.91599.3
2.27-2.56.40.060.9970.0260.0660.88999.5
2.5-2.877.10.050.9980.020.0540.85299.7
2.87-3.616.50.0430.9970.0190.0471.03598.8
3.61-506.80.0480.9960.020.0511.61999.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZEQ

4zeq


解像度: 1.33→43.154 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1552 2013 5.61 %
Rwork0.1325 --
obs0.1338 35887 97.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 114.72 Å2 / Biso mean: 22.825 Å2 / Biso min: 7.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.33→43.154 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1427 0 5 147 1579
Biso mean--78.84 36.46 -
残基数----177
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061544
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7782102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07224
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005277
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.08609
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3301-1.36340.23851070.16921872197975
1.3634-1.40020.17581350.14392317245294
1.4002-1.44140.1891540.11982418257299
1.4414-1.4880.16071360.112324872623100
1.488-1.54110.15581480.109824572605100
1.5411-1.60280.15891480.098124762624100
1.6028-1.67580.13851460.099724552601100
1.6758-1.76410.14971540.10524682622100
1.7641-1.87470.17251400.11062466260699
1.8747-2.01940.14151460.11252458260499
2.0194-2.22260.13151480.11712474262299
2.2226-2.54420.13931470.122525142661100
2.5442-3.20530.14171500.15242472262299
3.2053-43.17660.17251540.15912540269499

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る