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- PDB-5uu1: Crystal Structure of Human Vaccinia-related kinase 2 (VRK-2) boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uu1
タイトルCrystal Structure of Human Vaccinia-related kinase 2 (VRK-2) bound to BI-D1870
要素Serine/threonine-protein kinase VRK2
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / transferase / protein kinase domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Transferase-Transferase Inhibitor Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / Nuclear Envelope Breakdown / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / RHOD GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / mitochondrial membrane ...regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / Nuclear Envelope Breakdown / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / RHOD GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / mitochondrial membrane / nuclear envelope / cellular response to oxidative stress / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein domain specific binding / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7DZ / Serine/threonine-protein kinase VRK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Counago, R.M. / Bountra, C. / Arruda, P. / Edwards, A.M. / Gileadi, O. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)13/50724-5 ブラジル
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural characterization of human Vaccinia-Related Kinases (VRK) bound to small-molecule inhibitors identifies different P-loop conformations.
著者: Counago, R.M. / Allerston, C.K. / Savitsky, P. / Azevedo, H. / Godoi, P.H. / Wells, C.I. / Mascarello, A. / de Souza Gama, F.H. / Massirer, K.B. / Zuercher, W.J. / Guimaraes, C.R.W. / Gileadi, O.
履歴
登録2017年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年3月1日ID: 5TKX
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase VRK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1802
ポリマ－36,7881
非ポリマー3911
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.477, 72.683, 83.042
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase VRK2 / Vaccinia-related kinase 2


分子量: 36788.230 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 14-335 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VRK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3
参照: UniProt: Q86Y07, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-7DZ / (7S)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-5,7-dimethyl-8-(3-methylbutyl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one / BI-D1870


分子量: 391.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23F2N5O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22.5% PEG 3350; 20 MM MAGNESIUM, CHLORIDE, 0.1M CHC BUFFER pH 7.5, STABILIZED WITH 20% (V/V) GLYCEROL
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45869 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→28.41 Å / Num. obs: 22504 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 35.63 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.693 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1633 / CC1/2: 0.891 / Rpim(I) all: 0.32 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSMAY 1データ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.3精密化
2016データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V62

2v62


解像度: 2→28.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.173 / SU Rfree Blow DPI: 0.151 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.15
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1100 4.9 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.184 22467 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.6375 Å20 Å20 Å2
2---11.6452 Å20 Å2
3---2.0078 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2391 0 28 137 2556
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012483HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.033383HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d826SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes51HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes369HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2483HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.36
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.91
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion312SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2947SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.1 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2295 137 4.67 %
Rwork0.2136 2795 -
all0.2144 2932 -
obs--97.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.67690.6761-0.48490.63310.25321.7632-0.0066-0.0833-0.01570.1651-0.03280.03240.17540.1110.0393-0.06850.0401-0.0004-0.0126-0.034-0.03074.2455-18.4871-2.9641
20.95040.1576-0.39660.1607-0.02093.69790.0792-0.09010.1764-0.12740.0304-0.1031-0.0894-0.2169-0.1096-0.08770.01960.0365-0.0896-0.03660.02354.8661-13.2167-12.4498
33.3110.4105-1.34751.1974-0.67652.99-0.10940.00390.1193-0.10760.21460.11160.1031-0.1485-0.1052-0.1270.0049-0.0142-0.08580.0479-0.10569.8938-15.9375-30.4453
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|14 - 82}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|83 - 139}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|140 - 328}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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