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万見
- PDB-5utg: Red abalone lysin F104A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5utg
タイトルRed abalone lysin F104A
要素Egg-lysin
キーワードCELL ADHESION / fertilization protein
機能・相同性
機能・相同性情報


acrosomal lumen / single fertilization
類似検索 - 分子機能
Fertilization protein / Egg lysin (Sperm-lysin) / Egg-lysin superfamily / Egg lysin (Sperm-lysin) / Lysin / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Haliotis rufescens (無脊椎動物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wilburn, D.B. / Tuttle, L.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)R01-HD076862 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32-GM116298 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Solution structure of sperm lysin yields novel insights into molecular dynamics of rapid protein evolution.
著者: Wilburn, D.B. / Tuttle, L.M. / Klevit, R.E. / Swanson, W.J.
履歴
登録2017年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Egg-lysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0901
ポリマ－16,0901
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10270 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Egg-lysin / Sperm-lysin


分子量: 16089.939 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-152 / 変異: F104A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haliotis rufescens (無脊椎動物) / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P04552

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D 1H-15N NOESY
131isotropic13D 1H-15N TOCSY
141isotropic13D 1H-15N hetNOE
151isotropic12D 1H-15N T1
161isotropic12D 1H-15N T2
172isotropic13D HNHA
1102isotropic23D HNCO
182isotropic23D HNCA
1172isotropic23D HN(CO)CA
1162isotropic23D HN(CA)CB
1152isotropic23D HN(COCA)CB
1142isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1132isotropic23D (H)CCH-COSY
1122isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1112isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
193anisotropic22D 1H-15N HSQC-IPAP
1182isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
1192isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution1300 uM [U-15N] lysin, 200 mM natural abundunce sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 93% H2O/7% D2O15N_sample93% H2O/7% D2O
solution2300 uM [U-13C; U-15N] lysin, 200 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 93% H2O/7% D2O13C15N_sample93% H2O/7% D2O
solution3300 uM [U-15N] lysin, 5 w/v c12e6/hexanol, 200 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 93% H2O/7% D2O15N_c12e693% H2O/7% D2ORDC sample, 5% w/v c12e6/hexanol as alignment media.
solution4200 uM [U-13C; U-15N] lysin, 200 mM sodium chloride, 10 mM Tris, 93% H2O/7% D2OATCUN_lysin93% H2O/7% D2O13C,15N labelled ATCUN tagged sample. Cu2SO4 titrated in up to 1:1 ratio.
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMlysin[U-15N]1
200 mMsodium chloridenatural abundunce1
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
300 uMlysin[U-13C; U-15N]2
200 mMsodium chloridenatural abundance2
10 mMsodium phosphatenatural abundance2
300 uMlysin[U-15N]3
5 w/vc12e6/hexanolnatural abundance3
200 mMsodium chloridenatural abundance3
10 mMsodium phosphatenatural abundance3
200 uMlysin[U-13C; U-15N]4
200 mMsodium chloridenatural abundance4
10 mMTrisnatural abundance4
試料状態イオン強度: 200 mM NaCl mM / Label: standard_condition / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002Cryo Probe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
X-PLOR NIH2.43Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
TopSpinBruker Biospincollection
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
X-PLOR NIH2.43Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
詳細: torsion angle dynamics, molecular dynamics. The flexible Gly0 residue is left out of the coordinates, since it is unrestrained and not present in the native sequence of red abalone lysin.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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