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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5utg | |||||||||
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タイトル | Red abalone lysin F104A | |||||||||
要素 | Egg-lysin | |||||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / fertilization protein (受精) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Haliotis rufescens (無脊椎動物) | |||||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | |||||||||
データ登録者 | Wilburn, D.B. / Tuttle, L.M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018 タイトル: Solution structure of sperm lysin yields novel insights into molecular dynamics of rapid protein evolution. 著者: Wilburn, D.B. / Tuttle, L.M. / Klevit, R.E. / Swanson, W.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5utg.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5utg.ent.gz | 913.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5utg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/5utg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/5utg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16089.939 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-152 / 変異: F104A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haliotis rufescens (無脊椎動物) / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P04552 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 200 mM NaCl mM / Label: standard_condition / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2 詳細: torsion angle dynamics, molecular dynamics. The flexible Gly0 residue is left out of the coordinates, since it is unrestrained and not present in the native sequence of red abalone lysin. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |