PDB-5uro: Structure of a soluble epoxide hydrolase identified in Trichoderm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uro

タイトル

Structure of a soluble epoxide hydrolase identified in Trichoderma reesei

要素

Predicted protein

キーワード

HYDROLASE / epoxide hydrolase / Trichoderma reesei

機能・相同性

機能・相同性情報

phospholipid dephosphorylation / lipid phosphatase activity / epoxide hydrolase activity / cholesterol homeostasis / peroxisome / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Hypocrea jecorina (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.701 Å

データ登録者

Wilson, C. / de Oliveira, G. / Chambergo, F. / Dias, M.V.B.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: Structure of a soluble epoxide hydrolase identified in Trichoderma reesei.
著者: Wilson, C. / De Oliveira, G.S. / Adriani, P.P. / Chambergo, F.S. / Dias, M.V.B.

履歴

登録	2017年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uro.cif.gz	83.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uro.ent.gz	60.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uro.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5uro_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uro_full_validation.pdf.gz	436.2 KB	表示
XML形式データ	5uro_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	5uro_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/5uro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/5uro	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ansS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6o08-d 6a4g-d 6myw-3 6hp2-d 6uff-5 6uff-7 6dno-d 5upg-d 5v8d-3 6uje-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Predicted protein

ヘテロ分子

37.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.427, 78.281, 87.372
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Predicted protein 分子量: 37534.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hypocrea jecorina (strain QM6a) (菌類) 株: QM6a / 遺伝子: TRIREDRAFT_53220 / 発現宿主: Escherichia coli 55989 (大腸菌) / 参照: UniProt: G0R7E2
#2: 化合物	ChemComp-8LD / 2,2'-oxydi(ethyn-1-ol) 分子量: 98.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₂O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.701→44.32 Å / Num. obs: 74551 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.9 % / Net I/σ(I): 1.34

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.72 Å	44.32 Å
Translation	6.72 Å	44.32 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.8.4_1496	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ans

3ans

解像度: 1.701→44.32 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.62

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2106	3768	5.05 %
R_work	0.1827	-	-
obs	0.1841	74551	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.05 Å² / B_iso mean: 41.9977 Å² / B_iso min: 24.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.701→44.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2637	0	7	179	2823
B_iso mean	-	-	49.1	44.09	-
残基数	-	-	-	-	336

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関連情報:EMDBヘッダ

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