PDB-5urb: Crystal Structure of Methionyl-tRNA synthetase (MetRS) from Acine...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5urb

タイトル

Crystal Structure of Methionyl-tRNA synthetase (MetRS) from Acinetobacter baumannii with bound L-Methionine

要素

Methionine--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / SSGCID / MetRS / amino acid tRNA ligase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Methionyl-tRNA synthetase (MetRS) from Acinetobacter baumannii with bound L-Methionine
著者: Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5urb.cif.gz	473 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5urb.ent.gz	383.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5urb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5urb_validation.pdf.gz	470.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5urb_full_validation.pdf.gz	473.7 KB	表示
XML形式データ	5urb_validation.xml.gz	48.2 KB	表示
CIF形式データ	5urb_validation.cif.gz	73.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/5urb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/5urb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1rqgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bit-1 4r5m-d 4r6u-2 4ffz-2 4r6u-1 6a77-d 1oxq-d 6bfq-4 4lmq-1 6spo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-AcbaB.10201.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Methionine--tRNA ligase

B: Methionine--tRNA ligase

ヘテロ分子

130 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methionine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
65 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methionine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
64.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.910, 108.410, 78.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.690, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Monomer as determined by size exclusion chromatography

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Methionine--tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / MetRS 分子量: 64243.102 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-546 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: metG, ABUW_3148 / プラスミド: AcbaB.10201.a.A2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0D5YKJ7, methionine-tRNA ligase

#1: タンパク質

Methionine--tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / MetRS

分子量: 64243.102 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-546 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: metG, ABUW_3148 / プラスミド: AcbaB.10201.a.A2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0D5YKJ7, methionine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 6種, 1029分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂S
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1007 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.92 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: AcbaB.10201.a.A2.PW37928 at 40 mg/ml incubated with 5 mM L-Met then mixed 1:1 with an equal volume JCSG+(c3): 20% (w/v) PEG-3350, 200 mM ammonium nitrate, cryoprotected with 20% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月10日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→37.726 Å / Num. obs: 91493 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.799 % / B_iso Wilson estimate: 22.22 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_rim(I) all: 0.075 / Χ²: 1.008 / Net I/σ(I): 13.93 / Num. measured all: 347616 / Scaling rejects: 32

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.9-1.95	3.804	0.45	3.11	6712	0.85	0.524	98.9
1.95-2	3.829	0.368	3.72	6565	0.888	0.428	99.3
2-2.06	3.825	0.288	4.72	6403	0.934	0.335	99.3
2.06-2.12	3.8	0.223	6.04	6256	0.958	0.26	99.4
2.12-2.19	3.829	0.184	7.27	5987	0.969	0.214	99.3
2.19-2.27	3.788	0.154	8.56	5812	0.978	0.179	99
2.27-2.36	3.824	0.129	10.02	5610	0.984	0.15	99.3
2.36-2.45	3.816	0.111	11.28	5417	0.988	0.129	99.3
2.45-2.56	3.81	0.089	13.36	5183	0.992	0.104	99.4
2.56-2.69	3.783	0.077	15.49	4990	0.993	0.09	99.3
2.69-2.83	3.808	0.067	17.32	4712	0.994	0.078	99.5
2.83-3	3.796	0.058	19.46	4495	0.996	0.068	99.4
3-3.21	3.808	0.051	21.94	4209	0.996	0.059	99.4
3.21-3.47	3.777	0.045	24.75	3908	0.997	0.052	99.5
3.47-3.8	3.779	0.04	27.39	3626	0.997	0.046	99.5
3.8-4.25	3.763	0.036	29.06	3271	0.998	0.041	99.6
4.25-4.91	3.781	0.034	30.55	2911	0.997	0.04	99.5
4.91-6.01	3.775	0.034	29.62	2454	0.998	0.04	99.6
6.01-8.5	3.73	0.035	29.81	1915	0.997	0.04	99.8
8.5-37.726	3.578	0.03	31.27	1057	0.998	0.036	97.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2666)	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
MR-Rosetta		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RQG

1rqg

解像度: 1.9→37.726 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.05

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1944	2061	2.25 %
R_work	0.1561	-	-
obs	0.157	91459	99.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.24 Å² / B_iso mean: 28.1013 Å² / B_iso min: 9.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→37.726 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8603	0	86	1012	9701
B_iso mean	-	-	50.93	37.14	-
残基数	-	-	-	-	1092

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9098
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.75	12390
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1335
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1644
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.86	5456

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9001-1.9442	0.2709	142	0.2168	5926	6068	99
1.9442-1.9929	0.2551	124	0.2034	5931	6055	99
1.9929-2.0467	0.278	115	0.1966	5969	6084	99
2.0467-2.107	0.2581	136	0.1852	5903	6039	99
2.107-2.175	0.2268	141	0.1733	5957	6098	99
2.175-2.2527	0.2303	133	0.1678	5919	6052	99
2.2527-2.3429	0.1841	157	0.1667	5930	6087	99
2.3429-2.4495	0.2215	143	0.166	5921	6064	99
2.4495-2.5786	0.202	154	0.1631	5953	6107	99
2.5786-2.7401	0.2207	146	0.1618	5943	6089	99
2.7401-2.9516	0.2391	126	0.16	5973	6099	100
2.9516-3.2485	0.1985	167	0.16	5941	6108	99
3.2485-3.7182	0.1762	125	0.1437	6015	6140	99
3.7182-4.6831	0.1316	116	0.1214	6027	6143	100
4.6831-37.7339	0.1536	136	0.143	6090	6226	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4912	0.4214	0.2292	1.6936	0.9253	1.6342	0.0613	-0.0252	-0.1234	0.2586	0.1313	-0.285	0.2102	0.2394	-0.1071	0.1252	0.0313	-0.0351	0.1347	-0.004	0.1558	-3.064	12.5472	-21.9933
2	1.6042	-1.1957	-0.2692	0.3598	-0.0729	0.7207	-0.0048	0.1901	0.0946	-0.0244	-0.0361	-0.191	-0.0472	0.1555	0.0458	0.2004	-0.0427	-0.0136	0.1986	0.001	0.1915	-0.1514	3.6938	-43.3264
3	0.8517	0.6506	0.638	1.8167	0.8117	1.4342	0.0174	0.0613	-0.0585	0.0054	0.1453	-0.2285	0.0165	0.199	-0.0974	0.0953	0.0172	0.0097	0.1437	-0.0301	0.1274	-3.4143	18.7856	-26.0648
4	1.2001	0.6176	0.2066	2.5522	1.337	1.2732	-0.0429	0.0158	-0.0662	0.0195	0.1725	-0.2181	0.0168	0.1485	-0.0932	0.1199	-0.0071	0.0049	0.1555	0.0014	0.1201	4.458	43.3691	-9.5197
5	3.5262	-1.107	0.9773	4.9543	-4.4027	3.9132	-0.3442	-0.9226	1.2601	-0.1	0.2352	-0.7792	0.054	0.4718	0.1044	0.2373	0.0232	-0.0518	0.2589	-0.0003	0.2583	0.0432	12.2367	-29.7952
6	0.9325	-0.0028	-0.2885	3.0475	-0.7201	2.1764	0.0107	-0.044	0.1015	0.221	0.2297	0.4381	-0.2852	-0.5182	-0.0846	0.1599	0.0704	0.0652	0.2001	0.0292	0.1717	-34.3064	39.4026	-59.9052
7	0.7075	-0.6353	0.1679	0.4241	-0.0782	0.7458	-0.0165	0.1239	-0.0416	0.0033	-0.0299	0.1249	0.046	-0.1675	0.0431	0.1754	-0.026	0.023	0.1655	-0.0224	0.1753	-31.246	49.8273	-79.162
8	0.7315	0.6323	-0.5283	1.7704	-0.987	1.357	0.0036	0.074	0.0665	-0.0089	0.2066	0.2886	0.0453	-0.2919	-0.1395	0.1223	0.0089	-0.0023	0.1738	0.0438	0.1523	-33.1889	32.5861	-64.6927
9	1.0246	0.7407	-0.2989	2.4643	-1.2937	1.3467	-0.0178	-0.0246	0.0076	0.0729	0.1147	0.1422	-0.0152	-0.1275	-0.0769	0.1112	-0.0154	0.0041	0.1629	0.0003	0.101	-37.5043	9.1276	-46.6081
10	3.5389	3.6746	3.4997	5.4533	5.374	9.7864	-0.17	0.044	-0.7647	0.0019	0.0144	0.5988	-0.1124	-0.344	0.0782	0.2323	0.0895	0.0565	0.3309	0.0471	0.2467	-33.9244	41.9701	-69.045

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 113 )	A	1 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 114 through 249 )	A	114 - 249
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 250 through 360 )	A	250 - 360
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 361 through 546 )	A	361 - 546
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 601 through 601 )	A	601
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 84 )	B	1 - 84
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 85 through 249 )	B	85 - 249
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 250 through 386 )	B	250 - 386
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 387 through 546 )	B	387 - 546
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 601 through 601 )	B	601

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 1029分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 6種, 1029分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 1029分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)