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- PDB-5ura: Enantiomer-Specific Binding of the Potent Antinociceptive Agent S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ura
タイトルEnantiomer-Specific Binding of the Potent Antinociceptive Agent SBFI-26 to Anandamide transporters FABP7
要素Fatty acid-binding protein, brain
キーワードLIPID BINDING PROTEIN/INHIBITOR / inhibitor / LIPID BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / Triglyceride catabolism / fatty acid transport / epithelial cell proliferation / fatty acid binding / nervous system development / negative regulation of cell population proliferation / lipid binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8KS / Fatty acid-binding protein, brain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85002167328 Å
データ登録者Hsu, H.-C. / Li, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA035924 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: The Antinociceptive Agent SBFI-26 Binds to Anandamide Transporters FABP5 and FABP7 at Two Different Sites.
著者: Hsu, H.C. / Tong, S. / Zhou, Y. / Elmes, M.W. / Yan, S. / Kaczocha, M. / Deutsch, D.G. / Rizzo, R.C. / Ojima, I. / Li, H.
履歴
登録2017年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, brain
B: Fatty acid-binding protein, brain
C: Fatty acid-binding protein, brain
D: Fatty acid-binding protein, brain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,21916
ポリマ－60,7614
非ポリマー2,45812
水10,431579
1
A: Fatty acid-binding protein, brain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8054
ポリマ－15,1901
非ポリマー6153
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fatty acid-binding protein, brain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8054
ポリマ－15,1901
非ポリマー6153
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Fatty acid-binding protein, brain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8054
ポリマ－15,1901
非ポリマー6153
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Fatty acid-binding protein, brain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8054
ポリマ－15,1901
非ポリマー6153
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.840, 73.330, 70.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.980, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
詳細Monomer as determined by gel filtration

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要素

#1: タンパク質
Fatty acid-binding protein, brain / Brain lipid-binding protein / BLBP / Brain-type fatty acid-binding protein / B-FABP / Fatty acid- ...Brain lipid-binding protein / BLBP / Brain-type fatty acid-binding protein / B-FABP / Fatty acid-binding protein 7 / Mammary-derived growth inhibitor related


分子量: 15190.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP7, BLBP, FABPB, MRG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15540
#2: 化合物
ChemComp-8KS / (1S,2S,3S,4S)-3-{[(naphthalen-1-yl)oxy]carbonyl}-2,4-diphenylcyclobutane-1-carboxylic acid


分子量: 422.472 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H22O4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, pH8.5, 0.1 M lithium sulfate, and 33% polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→53.77 Å / Num. all: 174183 / Num. obs: 46797 / Biso Wilson estimate: 21.2914842067 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.551 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 6795 / CC1/2: 0.636 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FDQ

1fdq


解像度: 1.85002167328→36.2521887721 Å / SU ML: 0.221034257719 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35214011819 / 位相誤差: 22.3950668524
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206216163601 2334 4.99176593879 %
Rwork0.179526537214 44423 -
obs0.180937689518 46757 99.8228010248 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.9522072011 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85002167328→36.2521887721 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4248 0 168 579 4995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003896854996914492
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6750998392066069
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0486404774227680
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00318993702471761
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.76000922722593
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.88780.3341266153531440.3012247674522578X-RAY DIFFRACTION100
1.8878-1.92880.3174590909721300.2659530929922621X-RAY DIFFRACTION100
1.9288-1.97370.249324192481240.247427969272607X-RAY DIFFRACTION100
1.9737-2.0230.2834101431781210.2305808166692640X-RAY DIFFRACTION100
2.023-2.07770.2787805592161300.2297400690232608X-RAY DIFFRACTION100
2.0777-2.13890.2449821994261310.2251543041382604X-RAY DIFFRACTION100
2.1389-2.20790.2563931808441550.207375828982603X-RAY DIFFRACTION100
2.2079-2.28680.2378892478731160.2060612889732611X-RAY DIFFRACTION100
2.2868-2.37830.2621606427181330.1985624459032598X-RAY DIFFRACTION100
2.3783-2.48660.267067373231230.1935414200372630X-RAY DIFFRACTION99.9274047187
2.4866-2.61760.2687707491951300.1856586307762651X-RAY DIFFRACTION100
2.6176-2.78160.2141253354631090.1834553083912617X-RAY DIFFRACTION100
2.7816-2.99620.21917660881330.1808809286252645X-RAY DIFFRACTION100
2.9962-3.29760.1919634046661600.1656396265012582X-RAY DIFFRACTION99.9271137026
3.2976-3.77430.1614507036591560.1395761449362641X-RAY DIFFRACTION100
3.7743-4.75360.1205886699361550.1290192187942604X-RAY DIFFRACTION100
4.7536-36.25910.1871157396411840.1554420997162583X-RAY DIFFRACTION97.2241742797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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