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万見
- PDB-5ur1: FGFR1 kinase domain complex with SN37333 in reversible binding mode -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ur1
タイトルFGFR1 kinase domain complex with SN37333 in reversible binding mode
要素Fibroblast growth factor receptor 1
キーワードtransferase/transferase inhibitor / transferase / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / diphosphate metabolic process / vitamin D3 metabolic process / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification ...Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / diphosphate metabolic process / vitamin D3 metabolic process / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / cementum mineralization / response to sodium phosphate / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / receptor-receptor interaction / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / auditory receptor cell development / ventricular zone neuroblast division / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / positive regulation of parathyroid hormone secretion / chordate embryonic development / mesenchymal cell proliferation / paraxial mesoderm development / FGFR1b ligand binding and activation / fibroblast growth factor receptor activity / branching involved in salivary gland morphogenesis / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / positive regulation of phospholipase activity / lung-associated mesenchyme development / cell projection assembly / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / outer ear morphogenesis / middle ear morphogenesis / embryonic limb morphogenesis / skeletal system morphogenesis / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / ureteric bud development / inner ear morphogenesis / midbrain development / regulation of cell differentiation / positive regulation of stem cell proliferation / fibroblast growth factor binding / Formation of paraxial mesoderm / PI-3K cascade:FGFR1 / phosphatidylinositol-mediated signaling / PI3K Cascade / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / epithelial to mesenchymal transition / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / chondrocyte differentiation / : / calcium ion homeostasis / SHC-mediated cascade:FGFR1 / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cell maturation / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR1 in disease / positive regulation of neuron differentiation / NCAM signaling for neurite out-growth / SH2 domain binding / stem cell proliferation / Signal transduction by L1 / skeletal system development / stem cell differentiation / positive regulation of cell differentiation / sensory perception of sound / Negative regulation of FGFR1 signaling / positive regulation of MAP kinase activity / neuron migration / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / MAPK cascade / neuron projection development / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / gene expression / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cytoplasmic vesicle / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / angiogenesis / in utero embryonic development / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / protein phosphorylation / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YY9 / Fibroblast growth factor receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yosaatmadja, Y. / Paik, W.-K. / Smaill, J.B. / Squire, C.J.
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2017
タイトル: 2-Oxo-3, 4-dihydropyrimido[4, 5-d]pyrimidinyl derivatives as new irreversible pan fibroblast growth factor receptor (FGFR) inhibitors.
著者: Li, X. / Guise, C.P. / Taghipouran, R. / Yosaatmadja, Y. / Ashoorzadeh, A. / Paik, W.K. / Squire, C.J. / Jiang, S. / Luo, J. / Xu, Y. / Tu, Z.C. / Lu, X. / Ren, X. / Patterson, A.V. / Smaill, J.B. / Ding, K.
履歴
登録2017年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 1
B: Fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9884
ポリマ－70,7072
非ポリマー1,2812
水93752
1
A: Fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9942
ポリマ－35,3541
非ポリマー6411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9942
ポリマ－35,3541
非ポリマー6411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)213.050, 51.783, 66.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.87, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 1 / FGFR-1 / Basic fibroblast growth factor receptor 1 / bFGF-R-1 / Fms-like tyrosine kinase 2 / FLT-2 ...FGFR-1 / Basic fibroblast growth factor receptor 1 / bFGF-R-1 / Fms-like tyrosine kinase 2 / FLT-2 / N-sam / Proto-oncogene c-Fgr


分子量: 35353.613 Da / 分子数: 2 / 変異: C488A, C584S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR1, BFGFR, CEK, FGFBR, FLG, FLT2, HBGFR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11362, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-YY9 / 3-(2,6-dichloro-3,5-dimethoxyphenyl)-1-{1-[4-(dimethylamino)but-2-enoyl]piperidin-4-yl}-7-(phenylamino)-3,4-dihydropyrimido[4,5-d]pyrimidin-2(1H)-one


分子量: 640.560 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H35Cl2N7O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% MPEG 5000, 0.1 M sodium cacodylate pH 7.5, 0.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→19.54 Å / Num. obs: 35322 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 15 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3440 / Num. unique obs: 3248 / CC1/2: 0.736 / Rpim(I) all: 0.349 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WUN

4wun


解像度: 2.2→19.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 17.593 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27658 1758 5 %RANDOM
Rwork0.22715 ---
obs0.2296 33557 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.735 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å20.38 Å2
2--0.42 Å2-0 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→19.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4161 0 79 52 4292
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194341
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024109
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3831.9995893
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7823.0049449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7725537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.23824.302172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.03415725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8391525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2659
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214841
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02912
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2292.6022169
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2292.6012168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0473.892699
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0473.892700
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2572.6262172
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2572.6262173
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0423.8973194
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.41920.0974845
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.40820.0984837
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 129 -
Rwork0.341 2448 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2636-0.09750.79940.8855-0.68913.33930.0484-0.0699-0.10020.0434-0.02590.06110.16310.017-0.02250.04170.01070.01180.1642-0.00920.0126-18.3399-8.79183.877
21.8751-0.46461.45491.0153-0.87543.40120.0014-0.2910.00550.13810.01460.0506-0.013-0.0448-0.0160.11490.01390.0210.0751-0.00630.0579-46.643915.216422.4498
313.1-12.0555-10.188113.19689.40327.9246-0.35950.6434-1.34890.4286-0.68071.21060.2904-0.50411.04020.22790.0434-0.03230.2946-0.03540.1712-32.5603-0.479922.2666
40.6473-0.1845-0.35080.27960.00320.28570.01050.00530.03010.0259-0.02370.0109-0.05980.10670.01320.1061-0.0415-0.03730.21220.03220.0203-32.50715.38267.5995
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A464 - 765
2X-RAY DIFFRACTION2B464 - 763
3X-RAY DIFFRACTION3A801
4X-RAY DIFFRACTION3B801
5X-RAY DIFFRACTION4A901 - 928
6X-RAY DIFFRACTION4B901 - 924

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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