PDB-5uqt: Clostridium difficile Toxin B (TcdB) glucosyltransferase domain c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uqt

タイトル

Clostridium difficile Toxin B (TcdB) glucosyltransferase domain co-crystallized with apigenin

要素

Toxin B

キーワード

TRANSFERASE / glucosyltransferase / toxin

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosyltransferase activity / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridioides difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Alvin, J.W. / Lacy, D.B.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
Department of Veterans Affairs	Bx002943	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI095755	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	T32 GM008320	米国

引用

ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2017
タイトル: Clostridium difficile toxin glucosyltransferase domains in complex with a non-hydrolyzable UDP-glucose analogue.
著者: Alvin, J.W. / Lacy, D.B.

履歴

登録	2017年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uqt.cif.gz	454.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uqt.ent.gz	377.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uqt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uqt_validation.pdf.gz	750 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uqt_full_validation.pdf.gz	779.3 KB	表示
XML形式データ	5uqt_validation.xml.gz	40.1 KB	表示
CIF形式データ	5uqt_validation.cif.gz	54.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/5uqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/5uqt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uqkC 5uqlC 5uqmC 5uqnC 2bvmS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2vl8-2 2vkd-3 4dmv-d 3ss1-d 2vkd-1 3srz-d 2vkh-3 5rlo-2 5uqm-d 4dmw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (4) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Toxin B

B: Toxin B

ヘテロ分子

131 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Toxin B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Toxin B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.090, 154.810, 271.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Toxin B 分子量: 65356.988 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-543 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア) 遺伝子: toxB, tcdB / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P18177, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-AGI / 5,7-dihydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)-4H-chromen-4-one / Apigenin / アピゲニン分子量: 270.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₀O₅

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.7 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5-8.5, 0.2 M Mg(CH3CHOO)2, PEG 3350 5-25%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→44.437 Å / Num. obs: 45388 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.549 / Net I/σ(I): 21.33

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BVM

2bvm

解像度: 2.75→44.437 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2359	1978	4.37 %
R_work	0.1964	-	-
obs	0.1981	45276	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→44.437 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8820	0	22	0	8842

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9004
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.906	12154
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.595	3393
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1322
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1583

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.75-2.8188	0.4529	137	0.3868	3078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8188-2.895	0.3684	150	0.3283	3006	X-RAY DIFFRACTION	100
2.895-2.9802	0.3107	128	0.2817	3076	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9802-3.0763	0.2999	152	0.2629	3055	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0763-3.1863	0.28	130	0.2522	3066	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1863-3.3138	0.2814	145	0.2562	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3138-3.4646	0.2901	136	0.2279	3092	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4646-3.6471	0.2505	145	0.2063	3077	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6471-3.8755	0.2407	138	0.1953	3088	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8755-4.1745	0.2034	143	0.1775	3108	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1745-4.5942	0.192	148	0.1578	3105	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5942-5.2581	0.2081	131	0.1598	3110	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2581-6.6212	0.2314	152	0.2042	3160	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6212-44.4433	0.2114	143	0.1662	3207	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8961	-1.6472	-0.5015	3.2168	-0.4268	1.3272	-0.3864	-0.2273	-0.8199	0.172	0.2448	0.2441	0.8378	0.1689	0.0902	1.2156	0.1278	0.1074	0.5241	0.0858	1.1259	109.5164	-3.8058	19.9467
2	1.6719	-0.2931	0.2588	1.6614	0.9002	2.3114	-0.0991	-0.1335	0.1754	0.119	0.0428	-0.0096	-0.1399	-0.3026	0.0858	0.4466	0.0246	-0.0263	0.5078	-0.0192	0.6807	97.7235	42.5502	14.2491
3	6.9006	0.4621	0.8399	2.6121	-1.0077	3.4621	-0.1316	0.822	0.1446	-0.3081	0.1288	-0.0594	-0.3114	0.4045	0.0076	0.5268	-0.0933	-0.0341	0.5354	0.0073	0.6736	110.2815	36.287	-14.7153
4	1.6685	-0.0729	-0.0472	1.1416	0.4556	2.4876	-0.0549	-0.1879	-0.22	0.1541	0.1117	-0.1365	0.2481	0.1456	-0.0458	0.5092	-0.0189	-0.0373	0.4417	-0.0033	0.7242	107.8031	27.589	12.8327
5	1.6716	0.8274	2.0796	0.5079	1.2384	3.0566	-0.1195	-0.4222	0.0251	-0.0317	-0.0743	0.4682	-0.5308	-0.2285	0.0877	0.6887	-0.1026	0.0116	0.8766	-0.0694	0.8211	115.6344	50.7134	8.3871
6	1.2504	0.7721	0.2474	0.9494	-0.4406	0.8983	-0.3479	0.0275	-0.3592	0.1292	0.6287	-0.3441	0.9911	1.6554	-0.3173	1.3993	0.766	-0.3196	1.6526	-0.3537	0.9159	148.8469	13.4141	32.3518
7	2.1589	-1.2697	0.6785	3.4933	0.5009	4.5473	0.0775	-0.2455	0.239	0.5708	0.2711	-0.2028	-0.0392	1.0705	-0.2486	0.812	-0.0351	-0.0837	1.0905	-0.2926	0.7255	136.9225	42.3862	51.5203
8	3.2447	0.3911	-0.0663	0.507	0.9805	2.3794	0.0841	-1.0876	-0.7866	0.4721	-0.2479	-0.2176	1.8332	0.3013	0.0124	2.5577	0.6704	-0.4936	1.4852	-0.0762	0.8476	136.9598	11.1357	69.8265
9	4.52	-1.2492	0.5949	2.701	-0.3572	2.4844	0.1876	0.2894	0.4557	0.0666	0.2017	-0.7669	0.7383	1.3958	-0.2259	0.7945	0.3694	-0.2347	1.1475	-0.3001	0.5582	137.448	30.536	37.0977
10	1.8997	-1.406	0.2373	5.0505	-0.0769	1.2668	0.2916	0.6408	-0.5254	0.1346	-0.2125	0.6936	0.7053	0.1176	-0.0907	0.8638	0.3276	-0.1618	1.1597	-0.2329	0.7442	132.5487	26.0295	35.8027
11	1.7792	0.344	0.8215	0.7148	-0.7742	1.6761	0.5934	-0.0965	0.0699	0.0264	-0.3105	0.2883	0.7111	-0.0724	-0.2947	1.3097	0.1584	-0.0778	1.1488	-0.0252	0.7471	127.8839	25.7914	54.879

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 88 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 89 through 298 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 299 through 339 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 340 through 512 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 513 through 539 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 2 through 137 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 138 through 298 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 299 through 366 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 367 through 438 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 439 through 494 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 495 through 539 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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