PDB-5uqp: The crystal structure of cupin protein from Rhodococcus jostii RHA1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uqp

タイトル

The crystal structure of cupin protein from Rhodococcus jostii RHA1

要素

Cupin

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / CUPIN protein / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro

機能・相同性

Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / metal ion binding / Cupin_2 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Rhodococcus jostii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Tan, K. / Li, H. / Clancy, S. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of cupin protein from Rhodococcus jostii RHA1
著者: Tan, K. / Li, H. / Clancy, S. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2017年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uqp.cif.gz	107.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uqp.ent.gz	83.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uqp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uqp_validation.pdf.gz	445.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uqp_full_validation.pdf.gz	445.6 KB	表示
XML形式データ	5uqp_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	5uqp_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/5uqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/5uqp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6fsb-d 2pzv-d 6mbn-d 5pz4-d 3a1v-d 3e5q-2 5pyl-d 5tr9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: APC109888

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cupin

B: Cupin

ヘテロ分子

28.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cupin

B: Cupin

ヘテロ分子

A: Cupin

B: Cupin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.448, 139.448, 80.075
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Cupin 分子量: 13876.456 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus jostii (strain RHA1) (バクテリア) 株: RHA1 / 遺伝子: RHA1_ro08652 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q0RYE0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.62 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Potassium Iodide, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月5日 / 詳細: mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 18365 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19 % / B_iso Wilson estimate: 63 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.021 / Χ²: 0.991 / Net I/σ(I): 32.3
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 20 % / R_merge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique obs: 899 / CC_1/2: 0.95 / R_pim(I) all: 0.194 / Χ²: 0.911 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→48.212 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.66

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1996	943	5.13 %	random
R_work	0.1659	-	-	-
obs	0.1677	18365	99.56 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.212 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1752	0	10	88	1850

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	1802
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.325	2457
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.95	1057
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	267
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	322

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4001-2.5266	0.2947	137	0.2099	2367	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5266-2.6849	0.2376	139	0.1907	2452	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6849-2.8921	0.226	126	0.1787	2446	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8921-3.1831	0.2083	119	0.1721	2487	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1831-3.6436	0.1742	125	0.1538	2494	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6436-4.59	0.1779	148	0.1396	2509	X-RAY DIFFRACTION	100
4.59-48.2214	0.1892	149	0.1718	2667	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0209	3.5233	-2.2599	8.3946	-4.6003	2.7482	-0.5634	0.8392	-0.874	-0.6052	0.1649	-0.5614	1.4959	0.1956	0.1973	0.7288	0.1524	-0.0674	0.66	-0.2125	0.4751	38.8405	44.5471	-15.9086
2	8.2813	7.0338	-6.641	6.1781	-5.0683	6.962	-0.1712	-0.1317	0.5756	-0.2849	0.2732	0.247	-0.163	-0.4933	-0.1487	0.4295	0.2607	-0.0111	0.5801	-0.0698	0.3093	50.4011	58.9771	-23.8667
3	3.0123	-3.3079	-2.2009	4.2851	1.8519	1.9801	0.1571	0.929	-1.0009	0.1209	-0.2374	0.5558	0.4385	0.2036	0.149	0.355	0.2502	-0.1201	0.5511	-0.1586	0.3187	31.7887	53.7636	-16.6202
4	9.0677	-0.9269	-6.4303	1.531	0.7534	4.6352	0.0964	0.5659	-0.3333	-0.1096	-0.211	0.3555	0.3244	-0.2886	0.1208	0.2341	0.077	-0.0292	0.2297	-0.0459	0.2206	10.095	66.497	-7.4602
5	9.2028	0.0088	-3.1405	1.8213	0.9407	3.9934	-0.8648	-0.6816	-0.6361	0.7086	0.1175	0.3353	0.7873	0.2667	0.5813	0.3748	0.0261	0.0726	0.2187	-0.0087	0.3718	5.4015	62.0929	5.583
6	2.3305	-2.2785	-0.9769	4.1968	1.522	0.6342	0.3735	0.3459	-0.0362	-0.2328	-0.1303	0.224	0.3497	0.1839	-0.1335	0.1806	0.0563	-0.0479	0.2843	0.016	0.1795	9.3656	71.7999	0.2082
7	7.8726	-5.5199	3.7333	8.9404	-3.895	5.9047	-0.1448	-0.4909	-0.3795	0.429	0.2134	0.1816	0.0299	0.1613	-0.1287	0.1793	0.0401	0.0282	0.1928	0.0133	0.2167	3.4063	72.8588	11.1288
8	3.4154	-1.718	-0.4589	2.1621	0.2508	1.6948	-0.2519	-0.4702	-0.125	0.3074	0.2309	-0.0425	0.267	0.2861	0.0194	0.2617	0.1062	0.0014	0.3223	-0.0022	0.1674	10.0987	68.7349	7.1121
9	1.3223	0.6292	-1.528	1.9126	-0.1079	4.5259	0.1631	0.1844	0.1204	0.0338	-0.0426	0.1572	0.1508	-0.0104	-0.055	0.1573	-0.0062	-0.0441	0.1423	-0.0181	0.1728	5.8843	69.0039	-0.362
10	6.1458	7.173	-5.6354	9.647	-7.4909	5.8445	-0.925	1.9036	0.3171	-1.7643	0.9088	0.4562	1.7253	-1.4077	0.1563	0.5529	-0.0583	-0.0792	0.6378	-0.0775	0.3145	7.7325	70.3679	-22.6621
11	6.6805	5.7151	-5.5535	7.2587	-7.347	7.4836	-0.8402	0.3479	-0.5546	-0.327	-0.2256	0.4661	2.106	-0.2493	0.4484	0.4865	-0.0513	0.1052	0.227	-0.0715	0.4856	-0.7892	60.1941	-5.2251
12	3.702	-2.4556	-5.1935	2.2614	2.9203	7.6376	0.0625	0.7578	-0.4085	0.1146	-0.0821	0.0283	0.3748	-0.3608	0.1553	0.3185	0.0588	-0.0983	0.3121	-0.0444	0.3101	10.0166	63.0354	-12.812
13	6.6911	-0.9598	-1.2399	0.502	0.3346	0.5013	0.362	0.2296	0.6308	-0.5777	-0.1334	-0.1782	-0.5317	0.0914	-0.0833	0.3266	0.3047	-0.097	0.6312	-0.0655	0.3062	44.4323	62.3837	-15.7842
14	3.7447	-3.4294	-1.3009	3.1929	1.2285	0.6981	-0.2517	-0.1275	0.0584	-0.1237	-0.0969	0.0927	-0.1691	0.4133	-0.3958	0.2617	0.3838	0.0266	0.7225	-0.1815	0.2918	47.9291	61.314	-8.1135
15	3.1964	0.1507	-1.1425	2.4051	0.0775	1.8365	-0.112	-0.6447	0.9541	-0.0074	0.2844	-0.3351	-0.2777	0.523	-0.1159	0.3168	0.225	-0.0792	0.6952	-0.1955	0.4763	52.1585	65.7847	-9.9493

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 32 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 33 through 42 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 43 through 54 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 55 through 67 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 68 through 75 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 76 through 90 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 91 through 106 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 107 through 122 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 11 through 20 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 21 through 30 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 31 through 40 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 41 through 67 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 68 through 75 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 76 through 122 )

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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