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- PDB-5uqo: Crystal structure of 2-methylcitrate synthase from Aspergillus fu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uqo
タイトルCrystal structure of 2-methylcitrate synthase from Aspergillus fumigatus
要素2-methylcitrate synthase, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / mcsA / 2-methylcitrate synthase / citrate synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-methylcitrate synthase / 2-methylcitrate synthase activity / propionate catabolic process, 2-methylcitrate cycle / citrate synthase (unknown stereospecificity) / propionate catabolic process / : / tricarboxylic acid cycle / carbohydrate metabolic process / mitochondrial matrix
類似検索 - 分子機能
Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily ...Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-methylcitrate synthase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Schlachter, C. / Chruszcz, M.
引用ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Comparative studies of Aspergillus fumigatus 2-methylcitrate synthase and human citrate synthase.
著者: Schlachter, C.R. / Klapper, V. / Radford, T. / Chruszcz, M.
履歴
登録2017年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 2-methylcitrate synthase, mitochondrial
A: 2-methylcitrate synthase, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,0582
ポリマ－102,0582
非ポリマー00
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8470 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area31910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.548, 116.333, 153.816
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 31 - 464 / Label seq-ID: 28 - 461

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BA
2AB

-
要素

#1: タンパク質 2-methylcitrate synthase, mitochondrial / Methylcitrate synthase / (2S / 3S)-2-methylcitrate synthase / Citrate synthase 1


分子量: 51029.078 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-465 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (カビ) / 遺伝子: mcsA, cit1 / プラスミド: pJExpress411 / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q50I20, 2-methylcitrate synthase, citrate synthase (unknown stereospecificity)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M NaTartrate dibasic dihydrate, 20% PEG3350 pH 7.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50.01 Å / Num. obs: 34715 / % possible obs: 95.05 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.104 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Num. unique obs: 1814 / CC1/2: 0.806 / Rpim(I) all: 0.318 / Rrim(I) all: 0.724 / Rsym value: 0.59 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 23.847 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.48 / ESU R Free: 0.268 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2331 1830 5 %RANDOM
Rwork0.19106 ---
obs0.19314 34715 95.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 56.911 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3 Å2-0 Å20 Å2
2--3.01 Å2-0 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6759 0 0 100 6859
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196922
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.026541
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6021.9719390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.024315190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6575866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.524.108297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.591151177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1611538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21040
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217674
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021372
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9743.8683470
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9733.8683469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3525.7974334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3525.7974335
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2224.1893452
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2214.193453
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8356.1315057
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.6444.997761
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.63744.9897759
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 27156 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1B
2A
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 132 -
Rwork0.303 2504 -
obs--94.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72470.0763-0.04150.7453-0.10641.65690.0695-0.1944-0.13590.0277-0.0539-0.125-0.01920.3712-0.01560.0086-0.0391-0.01550.34770.02960.0431-6.76531.55932.5109
21.19480.1357-1.11951.0654-0.7863.98-0.01920.1147-0.0457-0.07580.1351-0.02210.3446-0.4271-0.11590.1096-0.1101-0.04620.31380.09610.042-26.6082-13.364515.5637
30.34820.5561-0.03161.0363-0.09991.5813-0.0362-0.0263-0.1735-0.0639-0.0129-0.19660.16750.1590.04920.053-0.0030.01970.32180.00340.1365-14.1432-0.6522-8.3004
40.5459-0.1841-0.21231.1992-0.11111.34340.06140.0248-0.0602-0.05920.05590.1449-0.1321-0.2069-0.11730.0345-0.00090.00460.2759-0.00560.0357-28.621113.1939-17.0023
52.231.0811-1.01625.54331.64453.5333-0.0531-0.0443-0.20.08760.06990.132-0.37610.6498-0.01670.197-0.13460.02620.3732-0.0790.0607-2.485718.8928-35.945
60.60770.0287-0.41680.1556-0.48031.87540.06180.1349-0.0947-0.00750.05380.0378-0.1384-0.0073-0.11560.1314-0.08430.01850.306-0.06840.041-16.261313.2943-27.343
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 309
2X-RAY DIFFRACTION2A310 - 423
3X-RAY DIFFRACTION3A424 - 464
4X-RAY DIFFRACTION4B31 - 309
5X-RAY DIFFRACTION5B310 - 355
6X-RAY DIFFRACTION6B356 - 464

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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