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万見
- PDB-5uqk: Clostridium difficile toxin A (TcdA) glucosyltransferase domain i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uqk
タイトルClostridium difficile toxin A (TcdA) glucosyltransferase domain in complex with U2F
要素Toxin A
キーワードTRANSFERASE / glucosyltransferase / toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1190 / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1190 / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-U2F / Toxin A
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.851 Å
データ登録者Alvin, J.W. / Lacy, D.B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Department of Veterans AffairsBx002943 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI095755 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008320 米国
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2017
タイトル: Clostridium difficile toxin glucosyltransferase domains in complex with a non-hydrolyzable UDP-glucose analogue.
著者: Alvin, J.W. / Lacy, D.B.
履歴
登録2017年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3363
ポリマ－64,7131
非ポリマー6232
水8,431468
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area25220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.810, 142.810, 66.074
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Toxin A


分子量: 64712.988 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-544 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: toxA, tcdA / プラスミド: pHIS1622 / 発現宿主: Bacillus megaterium (バクテリア)
参照: UniProt: P16154, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-U2F / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-2-DEOXY-2-FLUORO-ALPHA-D-GLUCOSE


分子量: 568.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23FN2O16P2
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.08 % / 解説: Long, hexagonal bars.
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES, 0.2 M L-proline, PEG 3350 10-25% / PH範囲: 7-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→31.4 Å / Num. obs: 65449 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.597 / Net I/σ(I): 28.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SRZ

3srz


解像度: 1.851→31.4 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2071 1995 3.05 %
Rwork0.1817 --
obs0.1825 65417 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.851→31.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4403 0 37 468 4908
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0214699
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5986398
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.172919
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.102726
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014817
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8513-1.89760.26821410.27914406X-RAY DIFFRACTION98
1.8976-1.94890.2871390.2834519X-RAY DIFFRACTION100
1.9489-2.00620.2541410.23214524X-RAY DIFFRACTION100
2.0062-2.0710.25011450.22384510X-RAY DIFFRACTION100
2.071-2.1450.24271380.20724503X-RAY DIFFRACTION100
2.145-2.23080.21691410.19164512X-RAY DIFFRACTION100
2.2308-2.33230.21741420.19294528X-RAY DIFFRACTION100
2.3323-2.45530.20891450.18294541X-RAY DIFFRACTION100
2.4553-2.6090.22921420.18254511X-RAY DIFFRACTION100
2.609-2.81040.2261430.1854545X-RAY DIFFRACTION100
2.8104-3.09290.24571440.18144550X-RAY DIFFRACTION100
3.0929-3.540.21121390.17284539X-RAY DIFFRACTION100
3.54-4.4580.16851490.15774580X-RAY DIFFRACTION100
4.458-31.41480.18041460.17134654X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1482-0.19260.21560.27930.2840.8908-0.0492-0.14820.0252-0.0326-0.1175-0.0093-0.2316-0.1894-0.11550.24010.0358-0.0190.2417-0.04260.251389.284775.88550.0332
20.4481-0.3187-0.01250.24080.25570.5632-0.05380.1507-0.04690.03610.0271-0.0303-0.02870.0135-0.00020.2214-0.03890.00280.31580.01210.243298.606859.2843-4.9183
30.63470.03590.08010.08710.10950.0677-0.12870.3074-0.10890.17220.019-0.0202-0.33460.0803-0.01140.6354-0.0986-0.02720.4460.10870.5246101.43983.1033-7.6849
40.17570.06860.51210.59440.34480.66840.0735-0.1055-0.0160.045-0.10980.19310.1989-0.1125-0.00740.2622-0.0450.02980.3856-0.030.328579.445841.1625-12.7958
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 108 through 418 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 419 through 506 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 507 through 538 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 2 through 107 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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