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- PDB-5uq3: Crystal structure of human Cdk2-Spy1-P27 ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uq3
タイトルCrystal structure of human Cdk2-Spy1-P27 ternary complex
要素
  • Cyclin-dependent kinase 2
  • Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B
  • Speedy protein A
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / phosphotransferase / protein kinase / cell cycle regulation / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin-dependent protein kinase regulator activity / regulation of lens fiber cell differentiation / meiotic attachment of telomere to nuclear envelope / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / negative regulation of kinase activity / autophagic cell death / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / establishment of protein localization to telomere / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development ...cyclin-dependent protein kinase regulator activity / regulation of lens fiber cell differentiation / meiotic attachment of telomere to nuclear envelope / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / negative regulation of kinase activity / autophagic cell death / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / establishment of protein localization to telomere / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / male meiotic nuclear division / regulation of cell cycle G1/S phase transition / regulation of exit from mitosis / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / ubiquitin ligase activator activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / XY body / telomere capping / RHO GTPases activate CIT / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / nuclear export / negative regulation of mitotic cell cycle / AKT phosphorylates targets in the cytosol / epithelial cell apoptotic process / cellular response to antibiotic / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / molecular function inhibitor activity / oogenesis / cellular response to lithium ion / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / cyclin-dependent protein kinase activity / G2 Phase / Y chromosome / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / protein kinase inhibitor activity / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / centriole replication / inner ear development / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / telomere maintenance in response to DNA damage / positive regulation of protein kinase activity / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / centrosome duplication / G0 and Early G1 / Telomere Extension By Telomerase / protein kinase activator activity / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / Activation of the pre-replicative complex / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cajal body / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / condensed chromosome / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Notch signaling pathway / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of microtubule polymerization / FLT3 Signaling / cellular response to nitric oxide / post-translational protein modification / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / regulation of cell migration / placenta development / positive regulation of DNA replication / meiotic cell cycle / male germ cell nucleus / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / sensory perception of sound / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / G1/S transition of mitotic cell cycle / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / negative regulation of cell growth / peptidyl-serine phosphorylation / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Orc1 removal from chromatin / potassium ion transport / Meiotic recombination / Cyclin D associated events in G1 / G2/M transition of mitotic cell cycle / Transcriptional regulation of granulopoiesis
類似検索 - 分子機能
Cell cycle regulatory protein Speedy / : / Cell cycle regulatory protein / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...Cell cycle regulatory protein Speedy / : / Cell cycle regulatory protein / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase 2 / Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B / Speedy protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者McGrath, D.A. / Tripathi, S.M. / Rubin, S.M.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2017
タイトル: Structural basis of divergent cyclin-dependent kinase activation by Spy1/RINGO proteins.
著者: McGrath, D.A. / Fifield, B.A. / Marceau, A.H. / Tripathi, S. / Porter, L.A. / Rubin, S.M.
履歴
登録2017年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 2
B: Speedy protein A
C: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0643
ポリマ－76,0643
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.650, 124.650, 88.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 2 / Cell division protein kinase 2 / p33 protein kinase


分子量: 34309.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK2, CDKN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24941, cyclin-dependent kinase
#2: タンパク質 Speedy protein A / Rapid inducer of G2/M progression in oocytes A / hSpy/Ringo A / Speedy-1 / Spy1


分子量: 19312.221 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 61-213 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPDYA, SPDY1, SPY1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5MJ70
#3: タンパク質 Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B / Cyclin-dependent kinase inhibitor p27 / p27Kip1


分子量: 22441.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDKN1B, KIP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46527
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.86 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 5% PEG 6000, 0.1M MES pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→68.44 Å / Num. obs: 9501 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 3.6→3.94 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2220 / CC1/2: 0.68 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.6→53.975 Å / SU ML: 0.63 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3237 953 10.09 %
Rwork0.243 --
obs0.2512 9448 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→53.975 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3680 0 0 0 3680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043783
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0225132
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.531388
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041557
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007654
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6002-3.78990.42741350.33081186X-RAY DIFFRACTION100
3.7899-4.02730.35171310.29991218X-RAY DIFFRACTION99
4.0273-4.33810.41081290.26571176X-RAY DIFFRACTION100
4.3381-4.77450.31831380.22611202X-RAY DIFFRACTION100
4.7745-5.46480.31241350.24721212X-RAY DIFFRACTION100
5.4648-6.88280.33181390.27951223X-RAY DIFFRACTION100
6.8828-53.98110.27241460.1911278X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.08150.2520.29980.2419-0.79710.7096-0.1526-0.16031.3778-1.29320.22590.2215-0.77271.68440.08440.13070.8839-0.3814-1.14320.84941.119931.126834.20215.5265
20.5250.1781-0.1870.1525-0.07320.0584-0.43760.1365-0.5511-0.37930.23980.549-0.3106-0.8362-0.18670.72080.01450.16420.45310.08370.675340.748123.818811.3182
30.00840.24010.03310.03210.0858-0.0273-0.22790.0868-0.0056-0.3790.0234-0.8229-0.3955-0.54710.02741.19420.13640.07840.40170.06890.632133.69532.193116.9392
40.03590.0071-0.0508-0.00880.05520.07440.6939-0.5127-0.1878-0.0384-0.0627-0.1609-0.0837-0.48180.00870.63880.1433-0.03430.72180.05950.964117.798718.8778-0.772
50.23570.0041-0.32370.1739-0.23360.45570.16370.39160.4866-1.0423-0.19860.71560.37140.3640.00270.65750.03130.02650.69630.17160.466734.022318.97292.1043
60.02760.15790.32020.26720.00070.0013-0.5312-0.3567-1.36671.28731.5507-1.29151.06380.90040.02151.05170.18920.2870.87120.19720.362739.53688.313214.0692
70.00320.01380.0374-0.0172-0.04080.04180.2170.55670.0009-0.0871-0.30910.33480.6204-0.69710.00121.00450.2059-0.01460.76730.19750.863637.58070.823911.06
80.4211-0.07720.0330.59210.04590.0583-1.266-0.5104-0.08720.69841.09460.76691.8985-0.1239-0.04391.5140.59560.2591-1.86790.32490.653527.77760.91053.4754
90.0858-0.1605-0.14220.0590.21470.0679-0.1560.0365-0.1108-0.2752-0.04020.48470.43480.4128-0.00022.17160.1502-0.1891.394-0.05810.858830.4162-10.78186.4113
100.49520.1549-0.01640.26360.15410.02670.55911.3651-0.3627-0.8794-0.52550.77650.74940.7860.65890.74540.21450.08050.66760.02910.475332.70067.0927-8.4722
110.2065-0.16960.05730.07880.10620.0822-0.13690.07210.8110.7516-0.2438-1.2118-0.79950.7798-0.0406-0.4266-0.8997-0.50621.0391-0.16860.680867.240422.272325.901
120.11230.03290.0740.09850.12240.1338-0.11910.36820.2050.4727-0.0838-0.22220.1384-0.3820.02050.8897-0.46920.09010.6841-0.58611.220559.796310.936536.3969
130.6053-0.7288-0.00610.20520.0430.69390.52241.0526-0.18380.50390.6636-0.56460.0680.33130.06950.6392-0.0777-0.12690.1397-0.08340.520653.486417.401827.4358
140.409-0.0097-0.24160.2138-0.26380.2865-0.0793-0.0725-0.36620.40390.30170.22340.0462-1.1040.01551.75720.18660.06821.0911-0.03460.618544.981317.7942.4422
150.62340.4009-0.74380.8243-0.6181.17831.04721.01331.79271.25250.7862-0.3216-0.8371-0.55660.12730.7138-0.0881-0.10420.9049-0.07850.830147.440626.524225.3411
160.10790.1022-0.0940.32360.17770.24390.4815-0.2728-0.2472-1.1870.2139-0.8447-0.12560.91430.01190.79270.26640.03671.1503-0.19081.02864.686114.871816.5935
170.23930.1972-0.10590.503-0.14980.00240.2190.04260.18320.44220.10850.1256-0.4247-0.12150.03610.95350.0833-0.68260.9273-0.07050.937660.5126.1921.8859
18-0.00610.01660.02680.0005-0.01170.0279-0.277-0.34950.32870.26040.4510.47670.101-0.05220.00111.56640.1422-0.01711.191-0.36410.862340.661342.359619.7505
190.6042-0.0063-0.35320.4749-0.00040.1412-0.5453-0.1234-0.58140.4032-0.61820.5124-0.5428-0.1753-0.09641.60590.21-0.23640.7924-0.04951.489830.021142.471922.2009
200.1122-0.03410.03620.0142-0.02760.0716-0.1739-0.1343-0.1391-0.3798-0.3193-0.09030.4953-0.17470.00211.03510.0930.11730.92190.13422.20830.278746.405811.675
210.5565-0.06030.77410.2607-0.24831.2941.2561-0.4829-0.13-0.29060.88460.63070.4831-1.55660.54470.69820.26220.74951.09330.41681.784122.626731.430113.7704
220.08730.06910.01750.0797-0.05790.1780.78330.098-0.25660.18770.2524-0.6543-0.3974-0.21760.00351.2771-0.1369-0.40771.4926-0.2991.105729.463116.947222.3249
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 19 through 45 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 46 through 65 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 66 through 85 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 86 through 100 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 101 through 148 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 149 through 168 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 169 through 181 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 182 through 229 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 230 through 247 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 248 through 292 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 67 through 80 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 81 through 89 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 90 through 147 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 148 through 157 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 158 through 178 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 179 through 193 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 194 through 201 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 557 through 566 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 567 through 576 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 577 through 581 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 582 through 595 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 596 through 602 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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