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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5upj | ||||||
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タイトル | HIV-2 PROTEASE/U99283 COMPLEX | ||||||
要素 | HIV-2 PROTEASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ACID PROTEASE / HIV-2 PROTEASE-INHIBITOR COMPLEX / PROTEIN-SUBSTRATE INTERACTION / ASPARTYL PROTEASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-2 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-2 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Watenpaugh, K.D. / Mulichak, A.M. / Finzel, B.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1995 タイトル: Use of medium-sized cycloalkyl rings to enhance secondary binding: discovery of a new class of human immunodeficiency virus (HIV) protease inhibitors. 著者: Romines, K.R. / Watenpaugh, K.D. / Tomich, P.K. / Howe, W.J. / Morris, J.K. / Lovasz, K.D. / Mulichak, A.M. / Finzel, B.C. / Lynn, J.C. / Horng, M.-M. / Schwende, F.J. / Ruwart, M.J. / Zipp, ...著者: Romines, K.R. / Watenpaugh, K.D. / Tomich, P.K. / Howe, W.J. / Morris, J.K. / Lovasz, K.D. / Mulichak, A.M. / Finzel, B.C. / Lynn, J.C. / Horng, M.-M. / Schwende, F.J. / Ruwart, M.J. / Zipp, G.L. / Chong, K.-T. / Dolak, L.A. / Toth, L.N. / Howard, G.M. / Rush, B.D. / Wilkinson, K.F. / Possert, P.L. / Dalga, R.J. / Hinshaw, R.R. #1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1995 タイトル: Structure-based design of sulfonamide-substituted non-peptidic HIV protease inhibitors. 著者: Skulnick, H.I. / Johnson, P.D. / Howe, W.J. / Tomich, P.K. / Chong, K.-T. / Watenpaugh, K.D. / Janakiraman, M.N. / Dolak, L.A. / Mcgrath, J.P. / Lynn, J.C. / Horng, M.-M. / Hinshaw, R.R. / ...著者: Skulnick, H.I. / Johnson, P.D. / Howe, W.J. / Tomich, P.K. / Chong, K.-T. / Watenpaugh, K.D. / Janakiraman, M.N. / Dolak, L.A. / Mcgrath, J.P. / Lynn, J.C. / Horng, M.-M. / Hinshaw, R.R. / Zipp, G.L. / Ruwart, M.J. / Schwende, F.J. / Zhong, W.-Z. / Padbury, G.E. / Dalga, R.J. / Shiou, L. / Possert, P.L. / Rush, B.D. / Wilkinson, K.F. / Howard, G.M. / Toth, L.N. / Williams, M.G. / Kakuk, T.J. / Cole, S.L. / Zaya, R.M. / Lovasz, K.D. / Morris, J.K. / Romines, K.R. / Thaisrivongs, S. / Aristoff, P.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5upj.cif.gz | 56.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5upj.ent.gz | 40 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5upj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5upj_validation.pdf.gz | 447.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5upj_full_validation.pdf.gz | 453.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5upj_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5upj_validation.cif.gz | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/5upj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/5upj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10712.315 Da / 分子数: 2 / 変異: K57L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04584, HIV-1 retropepsin #2: 化合物 | ChemComp-UIN / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.68 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE IN 4-7 UL HANGING DROPS OF EQUAL VOLUMES OF PROTEIN AT 8-10 MG/L AND WELL SOLUTION OF 30-35%(W/V) PEG 4000 IN 0.1 M HEPES AND PH RANGE 6.8 - 7.6., pH 7. ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE IN 4-7 UL HANGING DROPS OF EQUAL VOLUMES OF PROTEIN AT 8-10 MG/L AND WELL SOLUTION OF 30-35%(W/V) PEG 4000 IN 0.1 M HEPES AND PH RANGE 6.8 - 7.6., pH 7.1, vapor diffusion - hanging drop PH範囲: 6.8-7.6 / Temp details: room temp | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年2月23日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→10 Å / Num. obs: 8579 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 3.55 / % possible all: 73 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 33887 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: EARLIER STRUCTURE FROM SAME LABORATORY 解像度: 2.3→10 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CEDAR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.189 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |